NTSYSpc使用说明
更新时间:2023-03-10 20:57:01 阅读量: 教育文库 文档下载
NTSYSpc的使用方法
一、数据的处理 1、读板
2、把每一个引物的读板数据用Excel表格排成一列:
eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——
材料 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 引物satt140 3 4 5 2 4 1 3 —— 4 2 缺失数据 3、再把上表列成NTSYS能识别的格式—— eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表——
(有带读1、无带读0、缺失读999)
1 2 Excel-数据-筛选-自动筛选 3 4 5 2 4 1 3 —— 4 2 Satt140-1 0 0 0 0 0 1 0 999 0 0 Satt140-2 0 0 0 1 0 0 0 999 0 1 Satt140-3 1 0 0 0 0 0 1 999 0 0 Satt140-4 0 1 0 0 1 0 0 999 1 0 Satt140-5 0 0 1 0 0 0 0 999 0 0 3 4 5 6 7 8 这排在数据转换的时候应去掉!!! 9 10 注:应用筛选的方法填写数据 注:一般情况下不只是satt140一个引物,而是多个引物,则应该把各个引物的如上数据合
成在一个工作簿中,并只保存一个工作表sheet1,输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘,如下图——(这样就可以用NTSYS-pc分析)
二、NTSYSpc用法
1、生成矩阵:在excel按如下规则输入数据,A1=1表示有带记为1,B1=10表示扩增的总条带数, C1=5表示样本数,D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。见下图:
输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。并且只能保存sheet1一个工作簿。(注:这里的B1和C1颠倒,应该在qualitative data一步中选by rows) 2、生成系统树:
打开NTSYS-PC程序,点击similarity出现如下界面:
再点击Qualitative data,出现下面的界面:
点击input file,打开生成的excel文件,点击out file起一个文件名(假设叫A),然后点击
compute按钮。继续点击clustering,出现下面的界面,
再点SHAN,出现如下界面:
点击input file,打开文件A,点击out file起一个文件名(假设叫B),然后点击compute按
钮。然后点Graphics
再点tree plot,出现下面的界面:
点击input file,打开文件B,然后点击compute按钮,就会出现聚类图。
3、生成遗传相似度表:
点File中的Edit file,打开文件A,再点compute按钮,就会得到遗传相似度表。
这个软件的功能很强大,但我也只会做聚类图和遗传相似度,如果其他朋友还会使用其它功能,请多交流。
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