!Analyst QS操作手册-简体中文版

AnalystQS标准操作手册

AnalystQS 文件结构及电脑系统的维护

1.1 Analyst QS 程序文件结构。电脑系统为Dell Precision 650 工作站,具有两个硬盘;分别为C盘和D盘。C 盘为Windows 2000系统(或NT4.0 / SP5以上)。 Analyst QS 则被安装在D 盘。

在Analyst 子目录下D:\\Program Files\\Analyst\\可找到五个子目录。 Bin 目录下包含Analyst QS 的主程序。oMALDI Server 目录下包含控制oMALDI 离子源的程序。 包含在这两个目录下的文件不能够被更改或删除, 否则会影响到软件的功能。 Firmware 目录下包含仪器上系统控制器的软件。Help 目录包含内建的帮助文件。 而Simulation 目录下则包含模拟程序的文件。

1.2 Analyst QS Project 文件结构。

所有被取得的图谱数据均被储存于D 盘中称为PE Sciex Data 的目录中。 在这个目录里, 所有的数据被划分储存于数个Projects 目录下。 API Instrument 是一个独一无二的Project,不能够被用于一般的扫描工作或是拷贝于其他的Project 下。 它包含所有仪器和软件执行工作时所需要一般信息参数。 只有一般使用者定义的Projects 才可以被用来执行一般的数据采集(Acquisition)。 每个Project 包含数个不同的子目录其包含各种不同的信息数据文件。 在PE Sciex Data 中, 还有一个Workspaces 的目录, 其包含AnalystQS 中的视窗编排。 这对在Data Explore 中显示处理过的定性质谱数据相当有用。

Project 目录的典型文件结构如下图:(范例为API Instrument Project)

采集方法(Acquisition Methods) - 所有调校(Tune)及批处理(Batch)的采集方法均被储存于这个目录下。 同时,自动校正Q1 与TOF MS 的预设方法亦存于此API Instrument Project。

API BioAnalyst - 包含BTB Data Dictionary。csv 文件, 这是预设作为BioAnalyst 运算的文件。 这个目录只有安装BioAnalyst 才会存在。

批处理Batch - 储存批处理编辑器(Batch Editor)中产生的批处理样品清单(Batch Sample lists)。

Bundler - 一个特殊的程序,用来将所有的采集数据整合成单一的*.wiff 文件。 Configuration - 储存硬件配置(Hardware Profiles)的地方。 Data - 储存所有被采集的数据。

Instrument Data - 一个核心文件叫InstrumentData.ins 存于此, 这个文件包含了所有质量校正资料以及分辨率的参数资料。 强烈建议将这个文件备份。 Log - 任何由Analyst QS 产生的文字报告文件均被存于此。

Parameter Settings - 所有仪器的电压设定及连结均被储存于这个文件中ParamSettingsdef.psf。 强烈建议将这个文件备份。

Preferences -所有的设定(包括parameter, tuning, instrument, processing, appearances 及queue)都被以Tunedata.tun 的形式存于这个目录中。

Processing Scripts - 处理数据的小程序被存于此; 这些小程序可在工具列中的Script 下找到。

Project Information - 定量设定文件存于此。

Quantitation Methods - 储存定量数据的积分方法。

Results - 储存定量模式下的结果列表(Results Tables)。 Templates - 储存一般的批处理模版。

Tuning Cache – 临时文件夹，所有在Tune 中由单击Start 而不是Acquire 所得到的采集数据被以日期和时间为档名存于此。 这些文件均可被易名并移动至任何Project 下的Data 子目录。 这里最多只存两个采集数据。

1.3 文件及电脑维护。

最好每日将电脑重新开机。 同时也建议不要安装其他软件于采集工作站的电脑中,除非绝对需要。 此外BioAnalyst 需要Internet Explorer 5.0 以上作为database searching。 每个月做一次:

1. 将C:\\Temp\\下所有的*.tmp 文件清除,仪器使用频繁则需缩短清除的间隔。 2. 将硬盘整理,可使用ScanDisk (Norton Utilities)或是DisKeeper。 每六个月做一次:

1. 将API instrument Project 下多余的数据删除。 2. 备份及删除不再使用的Project。 (我们建议所有的实验室均有自己的备份策略)

质量校正及最佳化 2.1 优化仪器 A.选择和激活硬件配置文件 (Hardware Profile)

双击以打开硬件配置编辑器(Hardware Configuration

Editor)。选择

, 然后单击

, 此时被选的图标会变成绿色，

表明此硬件配置被激活。然后单击以关闭此窗口

B. 建立一个TOFMS 的采样方法(Creating a TOF MS method)。

将Project 移至API instrument (这个project 只用作质量校正用)。 单击使仪器由待机(standby)转成准备(ready)状态, 此时可听到Exhaust Gas 喷出的声音。 下一步, 双击以打开一个空白的手动调校方法。 在TOF MS Scan type 模式下选择正离子模式(Positive mode), 设定TOF 扫描范围由100~1000 amu 并在Source/Gas 下设定气体及电压值如下图。扫描次数(Cycles)可设为30。

在Compound 及Advanced MS 下的参数值可以设定如下。

不论何时改变TOF 的扫描范围一定要记得在Advanced MS 下Q1 Transmission Window 中单击。

这会自动计算出针对新的扫描范围最佳的四极杆传输率(Optimal Quadrupole Transmission)。Pulser Frequency 应该设定在6.99 kHz。 如果是不同的扫描范围,亦可单击TOF Extraction Parameters 视窗下的键已获取最佳的脉冲频率。 Ion Energy (在Resolution 下)一般已经由工程师最佳化,正常使用下并不需要自行调整。 MCP (Multi-Channel Plate)可设定范围在2100-2600 以决定检测器的灵敏度。 样品的强度较低时可以设定较高的MCP 值。 在校正时为了获取更好的离子统计值, 样品离子的强度应高于60 counts。 同时, 应尽量避免离子强度高于1000 counts 以造成检测器的饱和, 这将会影响质量校正的准确度(Accuracy of

Calibration)。 在所有的参数都调整好后, 此采样方法便可以被储存起来便于日后的质量校正。 单击后命名此采样方法, 然后按下OK 即可。

C. 启动注射针泵(Starting the Syringe Pump)。

以1 mL 注射针取一些TOF MS 的校正标准品。 在此, 我们以ALILTLVS Peptide/CsI 为例。 要启动注射针泵, 在MS Method 下选择Syringe Pump Method。 在这个视窗中, 注射针的内径及流速可被定义。 对1 mL 的注射针而言, 其内径为4.61 mm。 在所有的参数键入正确后,单击以启动针泵。

如果在针泵启动后要改变流速, 则在键入新的流速后单击。 一般使用流速5uL/min来做质量校正。

D. 最佳化质量峰的形状及分辨率(Optimizing Peak Shape and Resolution)。 现在单击开始采样过程, 此时会有两个视窗出现在下方,左方是Total Ion Chromatogram (TIC,总离子流色谱图)而右方是TOF MS 质谱图。

所得到的图谱数据可由此观察, 或者你也可以在质谱图中右击鼠标键并点选Open File 以将整个图谱展开。 要放大质谱图的区域, 只要以鼠标在X 轴下方拖拉出所需的区域即可。 要缩小, 则在X 轴下方双击鼠标即可。 放大829 m/z 让同位素的峰也可被看到。 以鼠标突出829 的质量峰。 在View 下选择Graph Info Window。 分辨率及质量峰中心的质量会显示其中。

质量峰的形状与分辨率在仪器上可被调整。 打开仪器的前门并记录原始的数值,包括Plate Voltage (PV),Grid Voltage (GV), Focus Control Module (FCM), Mirror

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