Materials Studio 5 安装及使用教学 - 图文

Materials Studio 5.0 安裝

OS:Sles10sp1 x64 Materials Studio 5.0

安裝說明可參考 安裝光碟內的 README_Materials_Studio 及Info目錄內的文件.

安裝前準備：

1.請先將基本的cluster環境建置完成 2.掛載安裝光碟至/mnt

3.新建一新帳號”msi”，使用該帳號安裝Materials Studio 5.0 4.安裝目錄為/opt/app/MS_5.0

開始安裝：

1.請先手動安裝 HPMPI (請選擇適合的版本)

/mnt/UNIX/Linux/hpmpi/ hpmpi-2.03.01.00-20090402r.i386.rpm (x86) /mnt/UNIX/Linux_IA64/hpmpi/ hpmpi-2.03.01.00-20090402r.ia64.rpm (IA64) /mnt/UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/ hpmpi-2.03.01.00-20090402r.x86_64.rpm (x64)

rpm -ivh /mnt/UNIX/Linux_x86_64/hpmpi/hpmpi-2.02.05.01-20070708r.x86_64.rpm 將會安裝HPMPI於 /opt/hpmpi

若cluster 有將/opt分享出去，則只須安裝於cluster 上。 若否，請每台節點安裝。

2.安裝 Materials Studio 5.0

*使用一般user權限安裝,不建議使用root權限安裝

使用 msi 權限安裝,並將MS 5.0安裝於/opt/app/MS_5.0 的家目錄下 $cd /mnt/UNIX

$./Install --type cluster (Installing Materials Studio on a Linux cluster)

1. Please specify an absolute destination path

[/home/paul/Accelrys/MaterialsStudio43] /opt/app/MS_5.0

2. 29. Everything (選29 完全安裝)

會依序安裝

1.Accelrys License Pack

2.Accelrys Materials Studio 4.3

1.Accelrys License Pack

Destination Directory [/home/paul/Accelrys] /opt/app/MS_5.0

安裝完會檢測系統是否有安裝HPMPI Checking for dependencies for SharedSetup:4 Checking for dependencies for IntelRuntime: None Checking for dependencies for HPMPI:1

Do HP-MPI Installation -- MesoDyn server selected. Should HPMPI use SSH? [Y/n]: 選 Y

affect performance [/tmp] : 按Enter不變更

If you would like the Gateway at /opt/app/MS_5.0/etc to be started automatically when the system is restarted you will need to get your administrator to place a copy of /opt/app/MS_5.0/etc/Gateway/msgateway_control_18888 in /etc/rc.d/init.d/msgateway_control_18888 and run:

/sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888

Would you like to start the Gateway service now? [Y/n]: 選Y

1) Enter temporary license password

2) Set connection to license server

3) List command line license administration tools 99) Finished with license configuration

Choose one of the above options: 選99

我是使用試用版的license,稍後再設定.

安裝完成

將license file放到

/opt/app/MS_5.0/LicensePack/Licenses/

root: #cp

/home/paul/Accelrys/MaterialsStudio43/etc/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/init.d/

#insserv msgateway_control_18888 on #/etc/init.d/msgateway_control_18888 start

此時便可瀏覽器連到Gate way server

使用瀏覽器連到Gateway介面作修改

Gateway Data ->edit (預設密碼為gatekeeper)

1.cpucorestotal 數量 設為所有計算節點的cpu數量加總

save 儲存設定

vi /opt/app/MS_5.0/share/data/machines.LINUX 為mpirun的machinefile

請修改為 \可用節點:CPU數\cn1:8 cn2:8

設定可用的 queue

cd /opt/app/MS_5.0/etc/Gateway/root_default/dsd/commands/queues/Torque vi qstat.out

or

qstat -Qf >qstat.out (將系統可用的queue name都加入)

Windows client

完全安裝,但不安裝license,不啟動Gateway功能

開始 -> Accelrys Materials Studio 5.0 ->Server Console 在Server Gateways新增Gateway URL http://xxx.xxx.xxx.xxx: port number:18888

Job完成後.status會變成successful。

執行中 Job的目錄 : /opt/app/MS_5.0/etc/Gateway/root_default/dsd/jobs (也可透過 web 介面 的jobs去瀏覽job的目錄)

PS: 1.執行的job在cluster系統上是以安裝MS的帳號去submit到queuing system 2.若要執行跨節點的jobs請確認安裝MS的帳號有正確產生ssh-keygen

(免密碼登入各計算節點)

3.HPMPI跟openmpi一樣會自動偵測系統上是否有infinibnad介面。

4.MS可多版本並存 ,只要在web介面中將不同版本的Gateway 的port號

分開.(未測試)

使用文字模式執行:

1. Sample檔 位於/opt/install_tmp/Samples/MS_5.0/ms_test.tgz 2. 解開後,直接summit job (qsub run.sh)

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/vaex.html