细菌耐药性监测数据处理软件WHONET5_3简介

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国际学术交流

细菌耐药性监测数据处理软件WHONET513简介

李景云　许明哲　马越　胡昌勤　金少鸿

随着计算机技术的进步,药物敏感试验结果的收集,保存和处理也越来越多地依赖于计算机软件。WHONET软件就是这样一种软件,它能将各个实验室的数据文件采用通用的编码和文件格式,有利于各临床实验室分析、监控和处理当地的耐药性监测资料并把这些信息整合到全国或者全球的耐药性监测数据文件中[1],促进资源的共享,这是目前世界卫生组织推荐用于细菌耐药性监测的软件,能够满足美国临床实验室标准化委员会制定有关软件的要求

[2]

法判定标准,金黄色葡萄球菌产mecA基因菌株的筛选采用头孢西丁等,这些改动要求临床细菌室工作者马上采用。

2.语言选项:希腊和意大利语是新增加的可以应用两个

语种。当前可以应用的语言界面包括英语、保加利亚语、简体中文、爱沙尼亚语、法语、德语、、印度尼西亚语、意大利语、日语、博克马尔语((挪威)、葡萄牙语、俄语、:WHONET513比WHONET511就数据域的安

。目前软

件的最新版本是WHONET513版本,注册用户可以从世界卫生组织细菌耐药性监测中心能够免费下载WHONET513的软件,下载地址是:ftp://ftp1who1int/cds/是:http://www1cn/,,供邮寄光盘服务ONET511所占用的空间是912

Mb,WHONET513的大小是9138Mb,软件太大下载耗时较

。软件现在允许用户添加、移动或者修改(数据域可以填写的字段长度)几乎所有标准的或者供选择的数据域。例如现在可以将“姓”“、出生时间”两个数据域进行移动或者修改。这在药敏试验数据的录入,菌株的列表分析,摘要分析中会用到,下文也会提及。有一点需要指出就是格式化不能是完完全全随心所欲的,应当参照NCCLS制定的标准,因为数据的保存应当尽量不丧失其潜在的应用价值,所以某些数据域是必需的,比如病例号,它是质控结果录入简单化的必要窗口,病人的姓名,病区类型,标本的类型

(影响到判定标准的应用),菌种的名称都是必需的,病人的

长,并且现在网络上病毒泛滥,网络通信端口存在限制,有时下载并不方便。由于采用的是NCCLS的标准,受到知识产权保护的影响,所以判定标准更新肯定会迟于最新标准的发行时间,用户应当在实际应用之前加以适当的修正;现在该软件虽然可以免费下载,但是仍然不能做到在线升级;同时由于软件没有引入细菌药敏试验的专家系统,结果的判定和报告的发出还要依赖于临床微生物室工作人员对结果进行人工处理;这些都是需要软件工程师以后解决的问题。

软件的设计应当便于用户的应用,所以软件经历了从

DOS版到WINDOWNS版的改进,从单一英文界面到现在可

性别、年龄,菌株的产酶情况,疾病的诊断等是非常有意义的指标最好保留相应的数据域[2]。

2.抗生素:格式化中不再限制抗生素的应用数量。这对

于国家监测数据的管理者来说特别有价值,因为他们获得的数据量比地区性的要多很多。以前最多可以选择105种不同种类的抗生素。由于微软产品的限制,在单一的表格中能够显示的抗生素的种类还是有限制的,上限接近120种抗生素,但是可以用于分析的抗生素的种类数是没有限制的。

3.菌种抗生素组合:包括非发酵菌,沙门菌属和弯曲菌

以使用多种语言界面,包括中文,出现WINDOWNS版本的不断升级,每一次改进都给用户带来了很大的方便。由于这两个版本在实际工作中应用较多,本文对两个版本的主要差别进行总结,并对新版本的优势加以详细介绍以便于操作者应用。

一、概要

1.编码表:在菌种名、标本类型、数据域、抗生素数据库

属“,革兰阳性菌”现在分成了葡萄球菌属、链球菌属和草绿色链球菌。已经存在的组合肺炎链球菌和肠球菌没有进行修改。

4.菌株列表数据域的结构:用户可以自行选择在默认条

中加入了一些新的编码。抗生素数据库中采用了美国临床实验室标准化委员会2003年制定的药敏试验结果解释标准

[3]

件下显示的菌株列表数据域。以前软件自行确定了默认的数据域,用户可以选择“显示隐藏的列”来浏览剩余的其他信息。

三、数据录入和数据文件的管理

1.数据录入界面:现在用户可以自行确定数据录入界面

。由于2004年的标准产生一些重要的变化

[4]

,比如洋

葱博克霍尔德菌、嗜麦芽窄食单胞菌新增了某些药物的纸片

作者单位:100050北京,中国药品生物制品检定所国家细菌耐药监测中心

中各数据域的位置。合并数据域格式化中的适应性,用户可以设计更利于他们工作的数据录入界面。

806 2.数据文件:软件允许用户删除格式化文件中的某些不5.直方图和散点图MIC值的范围:以前软件在图表中显

再应用的数据域。

3.修改临床报告:以前软件确定了病人临床报告的内

示的MIC值范围是01002～2048μg/ml。现在用户可以更改此范围来改善结果的显示。

6.菌株列表摘要:用户现在可以选择摘要列表中显示的

容。现在用户可以选择报告中应用的数据域,题头,脚注的内容以及每张纸上可以打印的报告数。这对于用软件给临床出具实验报告的单位来说是非常有用的。这个界面在“数据录入”“,修改临床报告”项下。

4.打印临床报告:以前,用户可以利用数据录入时间选

行或者列的数据域。以前的版本只能对行的变量进行更改。例如现在可以给出按菌株排列的实验室来源的摘要或者按部门排列的标本类型的摘要。如果显示时间变量,可以选择以年份或者月份给出摘要。

7.耐药谱型摘要:用户可以自行选择列变量显示的数

项选择打印什么报告。现在用户可以通过多种选项选择需要打印的报告,如标本编号、标本采集日期、患者姓名、病区、菌种等。

5.修改数据文件结构:采用与微软Access软件相同的方

据域。以前的版本谱型摘要多根据标本的分离月份或者病区得出。现在可以根据月份或者年份得出。

8.回顾性分析:,用于

式,用户可以直接编辑已经存在的数据文件的结构:删除数据域,重名名数据域,改变数据域的长度。这个界面通过“数据录入”“,修改数据文件结构”项获得。

四、数据分析

1.新增加了“Macros”分析功能:(1)保存分析参数:。这5%(百分)。要应用此功能用户。

、用于进行数据转化的附送软件———BacLink数据转化软件可以将不同仪器,不同数据格式的数据文件转化成统一的WHONET格式的Dbase数据文件,便于数据在不同实验室之间的交流,便于利用WHONET软件强大的数据分析功能,得出更多的有利与临床抗感染治疗,有利于院内感染控制的分析资料。比如将计算机内保存的excel格式的单行数据文件转化为WHONET格式的文件。自动数据转化:这个附带的软件可以采用自动运行格式,让数据在一定的时间自动完成转化,这对自动化药敏实验仪器是非常有用的。目前此项功能上没有开启。

数据域:数据域管理更加适于应用,增加了一些新的可以进行转化的数据格式,仪器和实验室信息系统格式包括

Aura,Osiris,Mic2000,MADS以及其他的几种日本生产的仪器

现在有一个“Macro”,(凝固酶阴性葡萄球菌,,保

存分析参数(:分离时间,标本来源等),。此项功能对国家中心或者收集数据量较大实验室是非常有帮助的,避免了大量的重复性劳动。这里需要注意的是当将多个菌种作为一种菌来分析时经常出现判定标准不太合适的现象,报告分析结果时应当核实判定标准是否合适,这也是软件当前存在的一个严重的问题。另外采用此项分析功能,当您打开其他实验室格式化数据文件进行此项功能的应用时,实验室格式化文件会转到此项分析功能保存的实验室格式化格式,应用者应当适当留意,因为这是可能得出某些不能满足您的要求的或者多余的分析结果。(2)自动分析:利用WINDOWS的任务栏,可以进行确定时间的分析,例如每星期一的上午

6点钟。目前此项功能在实际应用时还存在问题。

2.菌株列表:如上所示用户可以选择菌株列表中默认显

所用的特殊数据格式,软件对某些仪器数据界面也进行了改进以适合转化功能。

参

考

文

献

示的数据域。这在进行数据域格式化时既可以确定。

3.耐药率,直方图,菌株数:用户可以打印出对某一抗

生素敏感、中介、耐药的百分率或者分离菌株数。分离菌株数在直方图中也会显示,可以提示用户结果的可信性,进行试验的菌株数越大越有说服力。

4.数据分析:百分率直方图分析,可以将纸片法,MIC和Etest三种实验方法的结果放在一起进行百分率的统计,直方

图分析无法将数种实验方法的结果合并在一起进行。以前,软件只能将不同方法的实验结果单独进行统计。现在作为一种选项,用户可以自行确定是否将两种实验方法的结果放在一起进行统计。这对于采用两种实验方法的实验室和国家是有用的,以免两种结果差异过大无法给临床作出解释,当然其具体原因还有待于专业人员去研究。

1StellingJM,O′BrienTF.Surveillanceofantimicrobialresistance:the

WHONETprogram.ClinInfectDis.1997,24Suppl1:S157268.

2NCCLS.Analysisandpresentationofcumulativeantimicrobialsusceptibilitytestdata;approvedguideline.NCCLSdocumentM392A[ISBN1256238246325].NCCLS,940Westvalleyroad,suite1400,Wayne,pennsylvania1908721898USA,2002.

3NCCLS.Perfomancestandardsforantimicrobialdisksusceptibilitytests;approvedstandard2eighthedition.NCCLSdocumentM228[ISBN1256238248526].NCCLS,940Westvalleyroad,suite1400,Wayne,pennsylvania1908721898USA,2003.

4NCCLS.Perfomancestandardsforantimicrobialsusceptibilitytesting;fourteethinformationalsupplement.NCCLSdocumentM1002S14[ISBN125623825162X].NCCLS,940Westvalleyroad,suite1400,Wayne,pennsylvania1908721898USA,2004.

(收稿日期:2004208210)

(本文编辑:袁桂清)

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/v184.html