NCBI如何查找序列 - 图文

1、 请练习在GenBank获得一个GenBank序列文件，解释以一下各个部分代表的含义。

① 开Genbank主页（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/），②database选择

“Nucleotide”，输入“Monkey（猴子）“，点击“Search”

② 单击“search”后得到以下页面：

③ 然后选择第一个序列文献打开；找到如下图的位置，选择“file“，保存到电脑。

序列内容如下：

序列内容各部分意思如下：

Go to:

LOCUS AGMSV40RP 436 bpDNA linear PRI （名称）（碱基数）（分子类型）（分子类型）（灵长类） 27-APR-1993 （修正日期）

DEFINITION African green monkey SV40 homologue replication origin. （定义行，精要描述序列特征） ACCESSION K01786 （检索号）

VERSION K01786.1 GI:176550 （版本信息）

KEYWORDS origin of replication. （关键词）

SOURCE Chlorocebusaethiops (Cercopithecusaethiops) （物种来源及常用名）

ORGANISM Chlorocebus aethiops

（科学命名及该物种的分类地位）

Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;

Euteleostomi;Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;

Catarrhini; Cercopithecidae; Cercopithecinae; Chlorocebus. REFERENCE 1 (bases 1 to 436) （参考文献）

AUTHORS Queen,C., Lord,S.T., McCutchan,T.F. and Singer,M.F. （作者）

TITLE Three segments from the monkey genome that hybridize to simian （题目） virus 40 have common structural elements

JOURNAL Mol. Cell. Biol. 1 (12), 1061-1068 (1981) （期刊来源） PUBMED 6287216 （数据库编号）

REFERENCE 2 (sites) （参考文献）

AUTHORS Dynan,W.S., Saffer,J.D., Lee,W.S. and Tjian,R. （作者）

TITLE（题目） Transcription factor Sp1 recognizes promoter sequences

from themonkey genome that are simian virus 40 promoter

JOURNAL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 82 (15), 4915-4919 (1985) （期刊来源） PUBMED 2991898 （数据库编号）

COMMENT（注释）Original source text: African green monkey liver DNA, clone

pCaOri7.01 [1].

[2] sites; Sp1 binding sites.

Draft entry and clean copy sequences for [2] kindly provided by W.Dynan, 31-OCT-1985.

Two segments of monkey DNA were hybridized and compared to SV40 DNA. Each contained multiple copies of the sequence 'gggcggrr' which also appears six times near the origin of SV40 [1]. Both contained a long internal degenerate repeat [1]. The SV40 origin of replication contains several long repeats [1]. The SV40 hybridizing segments are members of a larger family of genomic monkey sequences that hybridize well to each other, but not necessarily to SV40 [1].

Two regions in the monkey DNA bind the promoter-specific cellular transcription factor (SP1) and are protected by it in DNase protection experiments [2].

FEATURES Location/Qualifiers

（特征）

source 1..436

（物种来源）/organism=\ /mol_type=\ /db_xref=\9534\

ORIGIN（序列区）SalI site.

1 tcgaccacagccagagtccatgcatcgggaggttcactcggtttgcgaagaacgggcagg 61 gcatgcacggcctgggctcggcgggcgggcgggcgggccggggcgcagttcccaggttcg 121 ccactagaggtcaggaggtgaccgcttcggggctggaagacgggcccgtcgtggattggc 181 tagtgccggcggagggcggggcggagagtggggcggggcggagagtggggcggggcgcag 241 ttccccagttcgccactagaggtcaggaggtgaccgcttcggggcgggaagactggcccg 301 tcggggattggctagtgccggcggggggcggggcggggggcggagggcggggtggacgtg 361 gcacctggttgctgacatctggaatgacttttttttggcatcggatttcctgtctttgtg 421 gggctgatggacccga //

2.预习genbank中blast的用法

BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。

Blast 是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。

Blast 基本步骤： 第一步：

第二步：

第三步：

第四步：

操作如下：

1.在刚才打开的“African green monkey SV40 homologue replication origin”页面的最右边找到run blast

、

2.在页面的最下方点击“Blast”，运行blast

3.运行后，就出现了结果页面。

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/uh46.html