黄瓜CSHSP70基因内含子结构分析
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中国农业科学2007,40(12):2915.2919
ScientiaAgriculturaSinica
黄瓜CSHSPTO基因内含子结构分析
杨寅桂1’2,娄群峰1,陈劲枫1,刘
强1,李为观1
(’作物遗传与种质创新国家重点实验室,南京农业大学园艺学院,南京210095;2江西农业大学农学院,南昌330045)
摘要:【目的】探明黄瓜CSHSP70基因的内含子数目及其结构特点。【方法】根据黄瓜CSHSPTO基因cDNA序列设计引物,应用PCR技术从gDNA中克隆CSHSP70基因,采用RT-PCR技术验证内含子的存在.【结果】经测序与拼接,得到长度为4
056
bp的黄瓜CSHSPTO基因,它包含7个内含子。经分析发现这些内含子富含A?T,
具有类似启动子和HSE核心结构的序列存在.对黄瓜,甜瓜和丝瓜CSHSP70基因部分序列的比较分析表明,该基因在这3个葫芦科作物中具有很强的保守性.【结论】内含子存在的特殊结构表明其可能对该基因表达具有调控
作用。
关键词:黄瓜;叶绿体基质HSP70基因;内含子
StructuralAnalysisoftheIntronsofCucumberCSHSP70Gene
YANGYin—guil'2,LOU
Qun.fen91,CHEN
Jin.fen91,LIU
Qian91,LIWei—guan91
(1StateKeyLaboratoryofCropGeneticsandGermplasmEnhancement∥CollegeofHorticulture,NanfingAgricultural
University,
Nanfing210095;2CollegeofAgriculture,Jiangxi
AgriculturalUniversity,Nanchang
330045)
Abstract:[Objective]Theobjectiveofthisstudywas
to
examinethenumberandstructureoftheintronsofthechloroplastic
stroma
HSP70(CSHSP70)geneincucumber.[Method]Primersweredesignedaccordingto
theeDNAsequence
fromcucumber
CSHSP70geneandcucumberCSHSP70genewasclonedfromgDNAusingpolymerasechainreaction(PCR)technique.The
existenceofintronswasshownby
reverse
transcription
polymerasechainreaction(RT—PCR)technique.[Result]Aftersequencing
thethreefragmentsclonedfromcucumberCSHSP70gene,a4056bpcucumberCSHSP70genewith
seven
introns
Wasobtained.
Analysis
oftheseintronsindicatedthatthey
are
richinA?T,havesimilar
structureof
promoterand
corestructure
oftheHSE.
ComparativeanalysisoftheCSHSP70partialsequenceincucumber。melonandluffaindicatedthatits
natureisconservative
among
thoseofothercucurbitcrops.[Conclusion]Thespecial
structurein
theintronsmayindicatetherolethattheymayplayinCSHSPTO
geneexpression.
Keywords:CucumissativusL.:CSHSP70gene;Intron
0引言
【研究意义】黄瓜(Cucumis
sativus
L.)是一种
重要的蔬菜作物。高温热害己成为影响黄瓜夏季栽培及保护地栽培产量与品质的重要因素之--I¨。目前有关黄瓜耐热性研究主要集中在高温伤害121、产量影响【3】、生理生化【4?51、遗传规律‘61、耐热性鉴定和提高耐热性方、法【71等方面,而对于黄瓜耐热性及热伤害分子机理
的研究尚少,这在一定程度上影响了黄瓜耐热资源的利用及耐热新品种的选育。【前人研究进展】热激蛋
白(heat
shock
proteins,HSPs)是植物耐热性研究的
一个热点。植物在热胁迫条件下,HSPs的表达量显著增jJI]t8,91,并以分子伴侣的形式(molecularchaperones)参与细胞保护【101。HSP70是HSPs家族中最保守、最重要的一类蛋白,它与植物的耐热性密切相关。目前,对于HSP70基因的研究,多集中在其eDNA的结构、
收稿日期:2007-01.26;接受日期:2007.03.21
基金项目:国家自然科学基金资助项目(30470120,30671419);国家“863”项目(2006AAIOZIA8,2006AAl00108);博士点基金(20050307009)作者简介:杨寅桂(1962一),男,江西南昌人,博士,副教授,研究方向为蔬菜遗传育种与生物技术。Tel:025.84396279;Fax:025.84396279:E-mail:
yangyingui@163.com。通讯作者陈劲枫(1959-),男,浙江临海人,教授,博导,研究方向为蔬菜育种与生物技术。Tel:025?84396279;Fax:025-84396279:E-marl:jfchen@njau.cdu.cn
2916中国农业科学40卷
功能及其上游调控序列上…】,而对于其内含子结构的研究尚少。内含子含有调控基因表达的元件,在基因表达调控中起着重要的作用[121。在生物体内,邯n基因为了保证在高温或其它逆境下能迅速表达,多数HSPs基因缺乏内含子¨3】;然而有报道在拟南芥(Arabidopsisthaliana)不同的HSP70基因中存在1~7个内含子【l41,但对于它们的结构与功能并未做进一步的研究。【本研究切入点】笔者在研究黄瓜CSHSP70基因的试验中,发现其中存在内含子,而目前对于该基因的研究,仅在GenBank中登录了一个长度为2511bp的cDNA序列(登录号:X73961),对其内含子结构分析的研究尚未见报道。【拟解决的关键问题】本研究以苗期耐热黄瓜为材料,研究黄瓜CSHSP70基因内含子及其结构特点,并分析了CSHSP70基因的内含子在黄瓜、甜瓜和丝瓜中的保守性。目的在于正确认识内含子在生命活动中的本质作用,帮助理解黄瓜CSHSP70基因与耐热性的关系。
1材料与方法
1.1材料与热处理
试验材料为北京截头(CsativusL.)、Poinsett97(CsativusL.)、西双版纳黄瓜(Csativusvar.Xishuangbannesis)、黄瓜野生变种(Csativusvar.Hardwickii)、金瓜(Cmelo.var.melo)、野生甜瓜(Cfigarei)、丝瓜[Luffacylindrica(L.)Roem]等7个材料,为本实验室多代自交系。种子浸种3h后,28℃下催芽;芽长2~3mm时,播种育苗;出苗后,在25℃、光照14h、黑暗10h下培养;幼苗2~3真叶时,取直径2~3cm的幼叶,用于提取DNA和总RNA。热处理在光照培养箱中进行,42℃下处理2h后,取样提取热激后的总RNA。
1.2基因组DNA和RNA提取及eDNA合成
黄瓜基因组DNA的提取采用CTAB法【15】。总RNA提取利用Trizol试剂盒进行。按Clark等【”】方法进行RNA纯化。按Sambrook和Russell[161方法合成cDNA。1.3黄瓜CSHSP70基因克隆
根椐GenBank中黄瓜CSHSP70基因的cDNA序列(登录号:X73961,2511bp),用Primer5.0软件设计3对特异引物,分3段从gDNA中克隆该基因。扩增第l段(HI)的引物对是:5'-TCAATTTCCCAGCGACTT.3’(Forward)和5’.ACACTCCATCGCCCAC,兀一3’(Reverse);扩增第2段(H2)的引物对是:5’?AAGTGGGCGATGGAGTG.3’(Forward)和5’一
CTCGGACTrTGAGGTAGGAA.3’(Reverse);扩增第3段(H3)的引物对是:5’.TCCTAccTCAAAGTccGA.37(Forward)和5'-TGCAGTAGTAGCAGTAAACATG.3’(Reverse)。依所获得的黄瓜CSHSP70基因的DNA序列设计特异引物57.TTGGTAGAAAGATGTCGGAGGT.37(Forward)和5’.ATGAAGCGGCAGTGGGTT.3’(Reverse),扩增含有该基因第l内含子的片段(H)。
PCR或RT.PCR反应体系为:10lam01.L。1的引物l和引物2各l“1,2.5mm01.L~dNTP2lal,5U.1al。1Taq酶0.2pl,10×PCRbuffer2pl,25mmol?L-1MgCl21.2lal,ddH2011.6pl,DNAlpl或cDNA1¨l。
PCR或RT.PCR反应程序参数如下。H1和H3:94℃4min;94℃30S,54.6℃30s,72℃1min20s,循环35次;72℃7min。H2:94℃4min;94℃1min,54.6℃1min,72℃1min40S,循环35次;72℃10min。H:94℃,4mira94℃,30s,54℃30s,72℃,lmin,循环41次;72℃7min。
1.4PCR产物测序与序列分析
PCR扩增产物委托Invitrogen公司(上海)进行双向测序。利用软件DNAmanVersion4.0拼接测序结果,分析黄瓜CSHSP70基因结构;并在NCBI的BLASTn(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast)进行在线同源性检索和相似性比对。
2结果与分析
2.1黄瓜CSHSP70基因片段的克隆
以北京截头gDNA为模板,用3对引物克隆黄瓜CSHSP70基因的3个片段,若无内含子存在,则它们的预期长度分别为:H1=925bp,H2=643bp,H3=965bp。而3个片段的PCR产物经双向测序,长度分别为H1:1272bp,H2-1780bp,H3:1048bp,经拼接后得到该基因DNA序列为4056bp,在NCBI中的登录号:EF208125,该序列大于黄瓜CSHSP70基因的cDNA序列(2511bp)。
2.2黄瓜CSHSP70基因含有7个内含子,
4056bp的黄瓜CSHSP70基因序列经在线比对,发现该序列与黄瓜CSHSPTO基因的cDNA序列同源性最高,除内含子序列外,同源性高达99.9%,确定该序列是黄瓜CSHSP70基因序列,并含有7个内含子,它们的长度与位置见图1。
用经42℃处理的北京截头提取的RNA合成cDNA,并进行RT—PCRl扩增H2和H3,所获PCR产
12期
杨寅桂等:黄瓜CSHSP70基因内含子结构分析
2917
11~17:内含子l~7;El~E8:外显子1~8;数字为内含子或外显子的长度(bp)
Il-17:Intron1-7;El-E8:Exon1-8;Number:LengthofintronOrexon(bp)
图1
黄瓜CSHSP70基因内含子分布
Fig.1
ThedistributionofCSHSP70geneintrons
物长度分别明显小于以gDNA为模板扩增的H2和H3(图2,图3),表明在北京截头CSHSP70基因的cDNA中缺少13、14、15、16、17,直接证实了黄瓜CSHSP70基因中内含子的存在。
l:DNA标记;2:42℃处理cDNA扩增的H3;3:gDNA中扩增的H3
l:DNA
marker;2:H3
fromcDNAat
42。C;3:H3from
gDNA
图3北京截头gDNA与cDNA扩增的H3
1;42蚴取删坩增矍:H2=2∽蹦A臻增的m一蜊脯记
Fig.3H3froBeijingjietou'sgDNAlH2fromcDNAat42。CH2fromgDNA;DNAmarker11.5IromglletougtJr、JA
ant…i
CONtA::2:3:j廿e^
图2北京截头gDNA与eDNA扩增的H2
Fig,2
H2from
Beijingjietou’SgDNA
andcDNA
2.3黄瓜CSHSP70基因内含子结构分析
分析黄瓜CSHSP70基因7个内含子的结构发现:(1)黄瓜CSHSP70基因的内含子中A.T碱基含量丰富(63.89%~73.96%),明显高于外显子A.T的含量(~50%);(2)内含子中存在6个类似于启动子(TAl'AA)框结构,其中14中有1个,16中有5个;(3)在I。和17中分别存在1个类似热激元件(heat
shockelement,HSE)
核心结构(-nGAAnnTrCnnAG.)的序列:(在11中)
TTAI’I坠△△!!坠△£]口匿笪匹垒Q△匝鱼△!!邕E篁£!j堑△△GGCAC和(在17中)TAGAAQ△△£££!Q出£卫£!
!£卫鱼Q£△£丛Q△△TCCTT的下划线部分。
2.4黄瓜CSHSP70基因内含子的保守性
…
从黄瓜(北京截头、Poinsett97、西双版纳黄瓜和Hardwickii)、甜瓜(金瓜和野生甜瓜)及丝瓜等7个材料的gDNA中扩增含有黄瓜CSHSP70基因第1
内含子的片段(H)(图4),经在线比对,证实所克隆H片段是含有黄瓜CSHSP70基因Il的片段,表明在黄瓜、甜瓜和丝瓜的7个材料中该基因均含有I.,说明内含子在黄瓜CSHSPTO基因中具有很强的保守性,同时也暗示着该基因内含子在黄瓜、甜瓜和丝瓜的CSHSP70基因中可能普遍存在。
3讨论
,。
本研究成功地获得了黄瓜CSHSPTO基因4
056bp
的DNA序列,发现该基因含有7个内含子,这些内含子富含A.T,存在多个类似TATA启动子框的结构
(TATAA)和类似HSE核心结构序列的结构。据研
2918
中国农业科学
40卷
1~4:黄瓜(北京截头、Poinsett、西双版纳黄瓜、Hardwickii);5,6:甜瓜(金瓜、野生甜瓜);7:丝瓜:8:标样DNA
l一4:Cucumber(Beijingjietou,Poinsett,XishuangbannaandHardwickii);5,
6:Melon(Jingua,Wildmelon);7:Luffa;8:DNA
marker
图4从几个葫芦科作物种的gDNA中扩增的CSHSPTO基因H
片段
Fig.4
HofCSHSP70fromthegDNAoftheseveralcucurbitspecies
究染色体中富含A.T的区段对于基因的转录表达具有重要的调节功能1171,内含子中也曾发现启动子结构1181,存在转录起始位点‘湖,同样有助于基因的起始转录㈣,HSE是HSP70基因在逆境下转录表达的响应元件部分。因此,推测黄瓜CSHSP70基因中的内含子可能具有增强该基因转录的作用,是热胁迫下该基因优先表
达的原因之一,但其具体功能仍有待进一步研究证实。
在黄瓜、甜瓜和丝瓜中CSHSP70基因第1内含子的保守性很高。暗示着其它葫芦科作物CSHSP70基因中也可能存在内含子。这与拟南芥HSP70基因中存在1~4个内含子类似。然而,要全面了解并证实黄瓜
傩P7D基因内含子在葫芦科作物的保守性,还应进
一步对瓜类蔬菜作物CSHSP70基因内含子进行研究。
4结论
本研究首次获得4056bp的黄瓜CSHSP70基因的全长DNA序列,发现其中含有7个内含子,内含子中存在调控基因表达的重要结构,为揭示黄瓜CSHSP70基因内含子在基因表达中的作用,以及理解黄瓜热害与耐热性的分子机理奠定了一定基础。
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(责任编辑曲来娥)
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