vesta - 建模

我先来：

（a）首先，VESTA的作用可以是--画晶体结构，当你知道了晶体的空间群，原子的Wyckoff坐标之后，就可以用VESTA画结构了：(1)File->New Structure->Unit cell->Space group处输入空间群的编号，Setting处可以对该空间群编号下的不同表述方式进行调整，例如No. 62号空间群属于正交晶系，输入62在Space group处之后，如果setting是1，则显示为Pnma，如果setting为3，则显示为Pbnm，实际上这两个空间群是等价的。（2）接下来，structure parameters处，点击New，然后在Symbol处选择你想输入的元素，Label处输入你想显示的标签，同时把x，y和z后面的空格处填上该元素的坐标，则该原子输入完毕，再点击New，输入其他原子坐标，直至完成。（3）完成之后，你将看到你所画的晶体结构图。（4）对于该图，你可以有多种显示方式，例如键线式，八面体或四面体等等。这需要如下步骤来做到--点击Edit->Bonds->点击New，然后将A1和A2处填上成键的原子，例如考虑体系BiFeO3，如果想显示Bi-O八面体，则可把A1处的原子写成Bi，A2处写成O，然后注意调整Min. length和Max. length处的数值，这两个值的意思是，如果A2原子到A1原子的距离在Min. length和Max. length数值之间，则认为这两个原子成键，两原子直接连一线。然后点击OK即可。（5）如果要八面体或者四面体显示该晶体，在完成前4步之后，点击Style按钮，选上Polyhedral，则可以以多面体显示。（6）Objects->Properties处可以改变显示的风格--例如可以改变多面体的颜色，可以使用超晶报显示等等。 完成上述步骤后，点击File->Export data，你将把你画的晶体以不同格式导出，包括cif格式以及vasp格式等等，vasp格式导出的结果，第一行是你造的晶体的名称，由你来取，默认为New structure；第二行一般为1.0，是基矢的缩放系数，接下来的三列是基矢，也就是格子的abc轴的描述矢量；接下来是元素种类，接下来是不同种类元素的原子个数，接下来是原子坐标--导出的这部分数据可以作为VASP的POSCAR，也可以经过拷贝黏贴之后修

改格式作为PWSCF,ABINIT,ELK等软件的晶体坐标输入。

此外，也可以将所画晶体用图片格式导出，可以导出矢量图也可以导出普通的图片，请点击File->Export Raster Image或File->Export Vector Image

（b）VESTA可以显示电荷密度，VASP的计算结果，直接用VESTA打开CHGCAR或CHG文件，你将获得显示其原子以及电荷密度。这个也可以调整，（1）首先是3D显示，可以如下修改或者调整：Objects->Properties->Isosurfaces->Isosurface level处的数值做适当调整，你将显示出漂亮的电荷密度等高线图。（2）Utilities->2D data display将使你可以显示出电荷密度等高线的2维投影，输入你想显示的晶面指数，当然你可以实现选定一个原子，输入晶面指数之后，再点击Calculate the best plane for the selected atoms，你将获得通过这个原子，且是你选定晶面上的2D电荷密度。（3）你同样可以试着在Edit->Lattice planes处做类似操作，获得在原晶体结构上显示的某一晶面的2D电荷密度投影。 （c）改变基矢：对于一个已经用VESTA打开的晶体结构，你可以点击Edit->Edit data->unit cell，然后点击Option按钮，在弹出对话框的Rotation matrix P处输入基矢的变换矩阵，你将对晶体的基矢作一定的变换。最最简单的玩法是，当你把Rotation matrix P第三行第三列的那个数值由1改成2的时候，你将获得z方向的超晶报；同理如果把第二行第二列的数值由1改为2，你将或者y方向的超晶胞。

VESTA是一个功能很强大的晶体建模显示工具，我个人认为其基本上可以囊括MS的可视化模块，而且显示起来的图更好看。也希望大家多多交流，说说你所知道的VESTA的用法或作用。有金币悬赏！

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/say2.html