Icimapping QTL中文操作说明MAPChinese
更新时间:2023-09-06 19:36:01 阅读量: 教育文库 文档下载
请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件!
双亲群体的QTL作图 (BIP)
1.
打开软件: QTL IciMapping 软件可通过两种方式打开 双击QTL IciMapping
面上的快捷图标 从”所有程序”菜单中选择QTL
IciMapping 软件
软件浏览. 单击StartPage
”
或 ” 2.
1
双亲群体的QTL作图
3.
建立一个”
单击
”File”
选择
输入
”
工程名称”
(例如, 图
示中的工程名称为
和选择路径
(例如
, 的路径为D:\)
单击”OK” 完成”新工程”建
或者
打开已存在的工程 单击“File”
指向“Recent Projects开的工程名称
用过的功能和已开展工作产生的结果
3.
与此工程相关的输入文件、输出文件都自动保存在工程所在的路径
双亲群体的QTL作图
4.
群体
单击““Open File”菜单,然后选择“*.bip”文件类型
然后选择“*.bip”功能 (即双亲群体QTL作图的BIP
选择待打开的群体文件 (例如: C:\CAAS\QTL
IciMapping\Examples\BIP
5.
BIP功能浏览:BIP功能包含三个窗口 工程窗口:
在BIPBarleyDH.BIP作图群体和结果展示窗口: 打开BarleyDH.bip的内容
6.
利用默认方法和默认参数的QTL作图
单击“Start”快捷键,系统则对选定方法和参数进行QTL
也可通过菜单项Task -> Start QTL Mapping进行QTL图
如选择“”缺失表型数据不用于QTL作图 (表型缺失个体的标记型数据仍会使用)
“逐步回归标记进入的概率 (PIN)”是 0.001 (POUT = 2*PIN = 0.002) ;“LOD 临近值”是 2.5; 未使用排列检验
法被选中,即 ICIM-ADD
QTL作图完成后,自动产生“Results
节点
双击文件名称,文件内容就会出现在“结果展示窗口”
双亲群体的QTL作图
7.
查看检测到的QTLs 双击输出文件
检测
QTL的信息显示在“结果展示窗
口”,例如QTL所在的染色体,位置, 8.
去那里看LOD曲线图?
BarleyDH.bip节点,
也可通过单击结果展示窗口中的BarleyDH.bip 文件名,
单击通过QTL
双亲群体的QTL作图9. QTL作图产生的图形 QTL作图产生的图形将显示在一个新的窗口中
双亲群体的QTL作图9. QTL作图产生的图形单击Add按钮将遗传效应曲线和LOD曲线绘制在; Add是一个开关按钮,再次单击将关闭功能.
双亲群体的QTL作图9. QTL作图产生的图形单击C-=按钮绘制所以染色体上的LOD/ADD曲线
LOD曲线
单击按钮将在连锁图QTL
双亲群体的QTL作图
10.QTL作图图形的输出
在图形窗口的任何地
方, 通过鼠标右击弹出快捷键, 从而对图形进行复制, 保存,
当选择Save Image
As…时, 可通过保存类型把图形存为不同的格式. *.emf的分辨率.
从方法列表中选择IM-ADD方法,
QTL作图
如需要, 可修改值
单击 单击Start按钮, 对已选方法框中的所有选定方法 (即图中的ICIM-ADD和IM-ADD) 进行QTL作图
方法ICIM-ADD检测到的QTL保存在
文件 BarleyDH.qic中
方法
IM-ADD
件
BarleyDH.qim
中
在工程列表中, 双击这些文件, 文件
BarleyDH.qim[Result], 在图示的箭头处松开鼠标
在结果展示窗口中比较ICIM和IM检测出的QTL. 例如, 两种方法均检测到
第5和7染色体上的QTL. ICIM比IM检测到更多的QTL, 等等.
将BarleyDH.bip激活为当前作图群体. 可通过两种途径实现, 一是双击工程
窗口中的BarleyDH.bip节点; 二是单击结果显示窗口中的BarleyDH.bip文件.
LOD
菜单选择Mapping绘制IM的LOD曲线图; 单击C-=按钮绘制所有染色体的LOD曲线图
12.比较ICIM和IM的LOD曲线图
改变图形窗口的大小; 变换图形窗口的位置, 在一个屏幕上对比ICIM和IM
的全基因组LOD曲线图
.
很荣幸听到您对此操作手册和 QTL
IciMapping的意见和建议!
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