ChemWindow6.0在3D分子模型绘制中的应用

ＣｈｅｍＷｉｎｄｏｗ6.0在3D分子模型绘制中的应用

摘要 主要介绍了如何使用ChemWindow 6．0中SymApps 6．0程序绘制三维分子模型，并结合具体实例，对SymApps 6．0的特点和功能进行了探讨。

关键词 ChemWindow 6．0 SymApps 6．0 三维分子模型 绘制

常用的3D分子结构绘制软件有CS Chem3D、HyperChem、WebLab ViewerPro和RasMol等，而很少有人用到ChemWindow 6．0中的SymApps 6．0程序，该程序也能将绘制的2D分子结构显示成三维图形，还可以计算给出键长、点群等信息，可制作分子三维旋转动画，也可将图形拷贝至Word、Powerpoint中，提高文档及多媒体课件的质量。本文结合实例，对如何在ChemWindow 6．0中绘制3D分子模型进行了介绍。

1 应用ChemWindow 6．0绘制3D分子模型的步骤

（1）打开ChemWindow 6．0窗口，绘制目标分子的二维分子结构图［1］。

（2）用“selection”箭头或者执行“EditSelect All”命令，将所绘制的2D分子结构图选中。需要注意的是这一步是绘制3D分子模型所必须的，否则无法打开SymApps程序窗口。

（3）建立目标分子的3D结构图。执行“OtherSymApps”命令，即可打开SymApps程序窗口。在打开的窗口中就可以发现2D分子模型被转化成了“Wireframe”形式的结构图（如图1所示为乙烯分子的“Wireframe”形式结构图）。

（4）结构合理化。对由2D结构产生的3D结构，须运行“Compute 3—D Structur”命令，使其结构合理化，否则在绘制稍微复杂分子结构（如桥环化合物）的时候，会产生错误的结构图。

（5）3D结构的形式。分子的三维结构有4种类型，分别为Wireframe，Sticks，Ball&Sticks和Spacefill，可依次按按钮进行转换，其形式依次为图2中的1、2、3、4所示。

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