第四章第四章基因组序列注释基因组序列注释

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第四章基因组序列注释

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基因序列和非基因序列

编码序列和非编码序列

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第一部分基因位置确定

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Sequencing strategy

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Informatics Analysis:

Sequencing and Quality assessmentAssemblyRepeatsGene PredictionFunctional annotationComparative analysisInteresting gene categoriesSilkDB

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Quality assessment：phred

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RePsassembler

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Repeats 1. Simple Sequence Repeats (SSR)+ SatellitesGGGGGGGGGGGGG ATATATATATATATAT (G)n (AT)n

...... 2. Low complexity regionTTTTTTATTTTTTGTTTTTTTT

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Transposons

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Gene PredictionWhat we want is: From……TTCGTCATCGGCAGGATCCGACGGCTGGGTCGGGACGTGGCGCTCGATAAATCCCAGGCC CTGTTGTTTCACGGGGCCCGGAGAGCGCCGCCTCAGAGGGCCCACCTCGTGATCGGAGGCGTT CGCGTCGAGATCGAGGCAACTGGGTTCCGGTACCTCGGTCTTGTACTGGACGGTCGTTGGAGCT TCCGCGCTCACTTTGAAAGATTAGGTCCCCAACTGATGGCGGCCGCCGGCTCGTTAAGTCGGCT GTTGCCGAACGTCGGGGGGCCTGACGTCAGCGTCGCCAACTCGACATTCGTCAAGGTGGGAGA TAGAGTTCTACAACTTGGTAGTTTCCAACAAACCCTACTATGAAAAGTTGGTAGATCTACCACCAT CTACCACCCATACTTTTCAAGTTTTTTAGAGACCCTCCAATAAGAATCTGGCATCCTTAATTTACTT TTTGATTGGATAAGACATATTTGAACTTTTTTTATTAGAAATCCAATGGTAAAACAGAATTACAGGC CGCTAATATTCTTATTTTTCCCATAGTTGAGA……

To

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A:(ORF法)基因由开发阅读框构成：open reading frame ATG: initiation codon TAA TAG TGA: termination codon可能的六种ORF(图)

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细菌的应用：

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改良ORF法：

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