学习PowerMarker1

学习PowerMarker V3.25

看软件说明,及利用软件里的例子学习PowerMarker的应用.它这软件说明许多细节没写到,费了我不少工夫,把自己遇到的难题写下来,过一定时间说不定就忘了. 1 输入Marker数据的问题

从文本文件导入Dataset数据时,导入的数据有:群体信息,个体编号信息,及各分子标记基因型数据.如下图所示,但分子标记的一些其它信息是缺失的

如果点Markers这个按钮,是下图这个样子

从这里可以看出没有标记的任何信息,例如标记的染色体及具体位置等,怎样输入这些数据.就是在这步我比较伤脑筋了.

一开始我直接用菜单拦:Data/Attach marker data,它会弹出一个界面,如下

问题在什么地方呢?需要导入的数据文件不会在下面的框中出现,这里出现的是fbi(这是需要导入数据的文件),fbi.Subdata(这是fbi数据的一部分).从右边的拦中也无法导入数据. 后面终于想到了解决问题的办法,见下图

注意上图中的Table图标,可以将含marker信息的表导入到Table中,在图标的地方点右键按提示操作.按右键后点击import,弹出如下界面:

如果从文本文件中输入数据,注意选择Space

含marker数据的文件结构如下,第1列必须为Marker列,还可以添加其它列，我在分析中添了个position列，这个在后面的分析中要用到。然后一路按确认就是了 Marker Chr. RepeatUnitLength Bin bnlg1014 1 2 1.01 bnlg1017 2 2 2.02 bnlg1018 2 2 2.04 bnlg1022 3 2 3.05 bnlg1028 10 2 10.05 bnlg1043 6 2 6.00 bnlg1046 5 2 5.03 bnlg105 5 2 5.02 bnlg1065 8 2 8.06 bnlg1070 7 2 7.03 bnlg1074 10 2 10.04 bnlg1079 10 2 10.03 bnlg1094 7 2 7.02 当输入了这个以后，在回到Dataset点要附加数据的表，点右健会弹出一个下拉菜单，在菜单中选择Attach marker data,然后会弹出新的界面。如下图。（下图是我选择了一个表后的结果，上面步骤中输入的表会出现在下拉菜单中）。

到此就可以将marker数据输入到原来的数据库中，同样的道理可以输入表型数据及其它一些数据，方法类型。只是在上面的方法中选下拉菜单中的Advanced,这个下面有附加表型及其它数据的选项。 这个贴子就到此结束了,写这东西太费时了

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