西南交大省创srtp申请书

大学生科研训练计划项目申请书

□国创项目、?省创项目、□校级SRTP项目

项目名称：抑癌基因p53与ceRNA调控通路识别及其在肝癌中的功能实验研究 负 责 人： 学 号： 院系专业： 生命科学与工程学院 生物工程专业 联系电话： 1560 电子信箱： 指导教师：

联系电话：

填表日期： 2016年3月29日

西南交通大学教务处制表

项目名称 项目性质 项目来源 申请经费 姓名 抑癌基因p53与ceRNA调控通路识别及其在肝癌中的功能实验研究 □发明、设计 ?基础性研究 □应用性研究 □社会调研 □自主立题 ?教师指导选题 5000元 学号 学院专业 生物工程 生物工程 生物工程 生物工程 单位 时间 生命科学与工程学院 职务/职称 细胞培养 生物信息学与统计分析 基因与蛋白表达等实验 副教授 授课对象 生物信息专业 生物工程专业 获奖情况 所属学科 生物信息 2016 年 5 月至 2017 年 4 月 项目中主要承担任务 高通量测序数据分析 起止时间 项目组成员导师 姓名 电话 主要教学工作简历 E-mail 授课名称 生物信息学 分子生物学 项目名称 2005年至今 2005年至今 时间 2012年至今 主要科研工作简历 2012年至今 2012年至今 一、申请理由（包括项目背景及自身具备的知识、素质、能力和已参加过SRTP等科研项目的条件） 肝癌的发生是多因素、多阶段进展的结果，其主要致病因素包括乙型肝炎、丙型肝炎、肝硬化、 酗酒、黄曲霉毒素、糖尿病、肥胖和脂肪肝等。近年来国内外肝癌发病越来越呈现出年轻化的趋势。 肝癌年轻化，主要与年轻人越来越多不良生活习惯有着很大关系。 对肝癌的治疗可以使用手术、放疗以及化疗。但所有这些治疗效果都不佳。肝癌的5年生存率 为5%左右，绝大多数病人在确诊后—年内死亡，对肝功能正常、无肿瘤转移的肝癌病人要做剖腹探 查术，以确定肿瘤是否能被切除。统计表明：只有20%的病人其肝癌能被手术切除。肝癌的化疗也 是一种姑息性疗法，最好的疗效也只是延长病人存活期达九个月至一年左右。治疗肝癌常用的化疗 药物包括5—氟眠嘧啶、氨甲喋呤、阿霉素以及亚硝基脲类(卡氮芥、罗氮芥)等药物的联合应用。 肝动脉灌注化疗对50%一70%的病人有效，可延长病人存活期达十二个月至十六个月。肝癌与肿瘤相 关的疾病迫切的需要我们寻求新的出路。 研究表明miRNA在肿瘤中往往表达失调，并受转录因子调控，参与多种肿瘤相关生物学进程， 如细胞凋亡、增殖、分化等。并且，近年，科研人员提出了竞争性内源RNA（competing endogenous RNA, ceRNA）的概念。本实验以肝癌为模型，从识别的p53-ceRNA调控中选择关键的p53-ceRNA调控通路进行分子生物学实验验证。以期为p53与ceRNA调控通路在肝癌中的调控作用研究提供一定的理论与实验基础。 自身具备的知识：生物信息学，生物统计学，遗传学，细胞生物学，分子生物学等。 素质能力：1．设计实验并完成实验的能力。2．运用计算机处理数据并分析的能力。3.获取信息并利用信息的能力。4．综合与系统分析能力。5. 合理利用与支配各类资源的能力。6. 处理人际关系的能力 二、项目简介（300-500字左右） 抑制因子p53被称为“分子警察”，它在维持细胞正常生长及抑制恶性增殖过程中起重要作用。 MicroRNA(miRNA)是一类保守的~22nt的小非编码RNA，主要通过其“种子序列”与靶基因序 response element，MRE）特异性结合，经Ago2蛋白引 列3’非翻译区的miRNA反应元件（miRNA 导组装入诱导沉默复合体（RNA-induced silencing complex, RISC）执行对靶基因降解或阻遏其 翻译功能。研究表明miRNA在肿瘤中往往表达失调，并受转录因子调控，参与多种肿瘤相关生物 学进程，如细胞凋亡、增殖、分化等。 lncRNA是一类ncRNA，长度可达数万甚至数十万个核苷酸，具有极多复杂的二级结构。它们 可位于细胞核中，也可位于细胞质中，可被选择性剪接或聚腺苷酸化。许多lncRNA具有重要的生 物功能，如控制细胞周期、分化以及凋亡等等。 本课题拟通过下一代高通量测序技术对p53调控的microRNA、lncRNA以及mRNA进行分析筛 选，通过生物信息学方法对形成的p53-ceRNA网络进行识别，采用超几何检验（hypergeometric test）对找到的ceRNA进行统计学分析。以肝癌为模型，从识别的p53-ceRNA调控中选择关键的 以期为p53与ceRNA调控通路在肝癌中的调控作用 p53-ceRNA调控通路进行分子生物学实验验证。 研究提供一定的理论与实验基础。 三、特色与创新点（200字以内） 1. 竞争性内源RNA（competing endogenous RNA, ceRNA）是近年才提出的一种理论，但关于转录因子p53与ceRNA调控网络的研究还不清楚 2、采用生物信息学方法与实验相结合，通过高通量筛选确定感兴趣的p53调控ceRNA 3、阐明p53-ceRNA调控通路，尤其是在肝癌细胞中的调控对于肝肿瘤疾病的研究提供理论与实验基础。 四、项目进度安排（查阅资料、选题、自主设计项目研究方案、实验研究、数据统计、处理与分析、研制开发、填写结题表、撰写研究论文和总结报告、参加结题答辩和成果推广等） 起止时间 2016年5月 2016年6月 2016年7月至2016年10月 2016年10月至2017年2月 2017年3月 2017年4月 开展内容 查阅资料，学习相关理论知识，完成文献综述。 按实验要求拟定方案。 运用生物信息学分析测序数据，统计与筛选ceRNA。 进行体外肝癌细胞培养，识别p53与ceRNA的调控通路，检测其功能。 撰写研究论文。 结题答辩。 五、拟利用资源（实验室、研究所、实训基地、仪器设备、资料等） 实验室：生命科学与工程学院 生物工程实验中心 仪器设备：超净工作台，PCR仪 ，台式离心机，恒温培养箱，恒温摇床，高压灭菌锅，平板电泳槽，普通恒压恒流电泳仪、凝胶成像仪等 资料：老师科研小组相关科研资料和网上查询专业期刊文献资料 六、所需经费及使用计划（购置实验材料、试剂、药品、加工测试、图书资料、复印、调研、交通等经费开支） 支出科目 购买实验低值易耗品 购买分子生物学试剂（胎牛血清，荧光定量试剂盒等） 购买实验药品（Doxorubicin等抗肿瘤药） 项目所需的图书资料及复印 生物信息学相关软件 论文发表版面费 项目所需的交通费、网费 合计 七、预期研究成果形式： 1.√文献资料综述 2.□调查报告 3.√研究论文 4.□开发软件 5.□设计 6.□硬件研制； 7.□申请专利 8.√其他 名称： 经费预算 1250．00 2200.00 300.00 125.00 250.00 750.00 125.00 5000.00

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