chemsketch 教程

ACD/ChemSketch

Version 10.0 for Microsoft Windows

中文使用指南

化学结构式和图形图像的绘制

高级化学发展有限公司（ACD）

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2

目 录 目 录 .................................................................................................................................................................... 3 1.

ACD/CHEMSKETCH基础 ........................................................................................................................ 7 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 2.

目标： .................................................................................................................................................... 7 启动ACD/CHEMSKETCH ....................................................................................................................... 7 设定可兼容的文件类型 ........................................................................................................................ 7

1.3.1

改变可兼容的文件类型 ................................................................................................................ 8 改变默认路径 ........................................................................................................................................ 8 安装附件 ................................................................................................................................................ 8 退出CHEMSKETCH ................................................................................................................................ 9

绘制简单结构 .............................................................................................................................................. 10 2.1 2.2

目标 ...................................................................................................................................................... 10 画原子、化学键和标签 ...................................................................................................................... 10

使用常用画图工具 ...................................................................................................................... 10

2.2.2 双键和三键................................................................................................................................... 11 2.2.3 个别原子的删除 ........................................................................................................................... 11 2.2.4 撤销命令....................................................................................................................................... 11 2.2.5 聚合物 .......................................................................................................................................... 11 2.2.6 非原子 ......................................................................................................................................... 12 2.2.7 改变原子...................................................................................................................................... 12 2.2.8 使用连续画图工具 ...................................................................................................................... 13 2.2.9 使用鼠标拖拽绘图 ...................................................................................................................... 14 2.2.10 优化结构...................................................................................................................................... 14 2.2.11 编辑原子标签 .............................................................................................................................. 14 2.2.12 使用画链工具 .............................................................................................................................. 15 2.3 清除屏幕 .............................................................................................................................................. 16 2.4 使用ACD/字典 ................................................................................................................................... 16 2.5 翻转结构 .............................................................................................................................................. 17 2.6 输出 ...................................................................................................................................................... 19 2.6.1 保存ChemSketch(.sk2)文件 ........................................................................................................ 19 2.6.2 保存结构为 MDL Molfile 格式 ................................................................................................. 19 2.6.3 打印 ............................................................................................................................................. 20 2.6.4 在文件中插入结构式 .................................................................................................................. 20

3.

绘制更复杂结构 .......................................................................................................................................... 21 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6

目标 ...................................................................................................................................................... 21 使用基团表 .......................................................................................................................................... 21 使用环节构 .......................................................................................................................................... 22 删除原子和基团 .................................................................................................................................. 23

2.2.1

3.4.1

同时删除多个原子 ...................................................................................................................... 24

替换原子 .............................................................................................................................................. 24 设置双键和三键 .................................................................................................................................. 25

3

3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 4.

标定电荷和定义阳离子与阴离子 ...................................................................................................... 25 标记键 .................................................................................................................................................. 27

3.8.1

原子团标记键 .............................................................................................................................. 28 使用立体键 .......................................................................................................................................... 29 绘制配位键 ...................................................................................................................................... 30 离域电荷及曲线 .............................................................................................................................. 33 更多键类型 ...................................................................................................................................... 34 改变原子属性 .................................................................................................................................. 37

超级结构、简化线性分子式和化学反应式 .............................................................................................. 39 4.1 4.2

目标 ...................................................................................................................................................... 39 2D－优化 ............................................................................................................................................. 39

创建环烷烃结构 .......................................................................................................................... 39 4.2.2 画环形的缩氨酸 .......................................................................................................................... 40 4.3 简化线性分子式(SMILES NOTATIONS) .............................................................................................. 41 4.3.1 创建简化线性分子式 .................................................................................................................. 42 4.3.2 从简化线性分子式创建结构式 .................................................................................................. 42 4.4 IUPAC国际化学标识分子式 ............................................................................................................. 43 4.4.1 生成国际化工标识分子式 .......................................................................................................... 43 4.4.2 从国际化学标识分子式生成结构 .............................................................................................. 44 4.5 3D－优化 ............................................................................................................................................. 45 4.5.1 创建双[2，2，2]环己烷结构 ..................................................................................................... 45 4.5.2 创建三蝶烯结构 .......................................................................................................................... 46 4.5.3 创建立方烷结构 .......................................................................................................................... 47 4.5.4 创建C20球碳分子 ....................................................................................................................... 49 4.6 绘制、标记和映射化学反应 .............................................................................................................. 50 4.6.1 绘制化学反应 .............................................................................................................................. 50 4.6.2 标记化学反应 .............................................................................................................................. 52 4.6.3 映射化学反应 .............................................................................................................................. 52 4.6.4 计算化学反应数据——仅限商业版！ ....................................................................................... 54

5.

高级绘制：模型 .......................................................................................................................................... 56 5.1 5.2 5.3

目标 ...................................................................................................................................................... 56 概述 ...................................................................................................................................................... 56 原子团表 .............................................................................................................................................. 56

4.2.1

创建荧光胺结构 .......................................................................................................................... 56 5.4 快速模型工具 ...................................................................................................................................... 58 5.4.1 创建环状体聚物结构 .................................................................................................................. 58 5.5 模型窗口 .............................................................................................................................................. 59 5.5.1 创建DNA分子片断 .................................................................................................................... 59 5.5.1.1 绘制去氧核糖-5-磷酸盐链的图象 ......................................................................................................... 60 5.5.1.2 添加碱基 ................................................................................................................................................. 61

5.6 5.7

绘制复杂的生物化学结构 .................................................................................................................. 61 5.6.1

5.3.1

创建β-麦芽糖酶结构 ................................................................................................................ 61 定义用户模型 ...................................................................................................................................... 63

4

5.7.1

模型窗口组织者 .......................................................................................................................... 64

5.7.2 *.cfg模板文件 ................................................................................................................................. 64

6.

计算宏观性质 .............................................................................................................................................. 65 6.1 6.2

概述 ...................................................................................................................................................... 65 计算宏观性质 ...................................................................................................................................... 65

菜单命令...................................................................................................................................... 65

6.2.2 状态栏自动显示 .......................................................................................................................... 66 6.3 计算单一同位素质量 .......................................................................................................................... 66

7.

特殊功能键 .................................................................................................................................................. 67 7.1 7.2

目标 ...................................................................................................................................................... 67 同分异构体 .......................................................................................................................................... 67

6.2.1

举例 ............................................................................................................................................. 68

7.2.2 化学文献中的错误 ...................................................................................................................... 68 7.3 字典 ...................................................................................................................................................... 70 7.4 ACD/免费名称附件 ............................................................................................................................ 70 7.4.1 ACD/免费名称的局限 ..................................................................................................................... 71

8.

结构搜索――仅限商业版！ ...................................................................................................................... 72 8.1 8.2

目标 ...................................................................................................................................................... 72 搜索结构 .............................................................................................................................................. 72

7.2.1

8.2.1 8.2.2 9.

通过哪些文件搜索 ...................................................................................................................... 72

鉴于搜索结果 .............................................................................................................................. 74

创建绘画对象 .............................................................................................................................................. 76 9.1 9.2

目标 ...................................................................................................................................................... 76 绘制反应能量图 .................................................................................................................................. 76

画一条曲线.................................................................................................................................. 76

9.2.2 修改曲线...................................................................................................................................... 77 9.2.3 绘制X、Y轴 ............................................................................................................................... 78 9.3 绘制各种不同轨道 .............................................................................................................................. 79 9.3.1 绘制p轨道.................................................................................................................................. 79 9.3.2 绘制d轨道.................................................................................................................................. 80 9.3.3 绘制pi轨道 ................................................................................................................................ 81 9.4 绘制真空蒸馏装置 .............................................................................................................................. 82 9.4.1 在图形上加注释 .......................................................................................................................... 83 9.4.1.1 文字注释 ................................................................................................................................................. 84 9.4.1.2 插入注释框 ............................................................................................................................................. 85 9.4.1.3 修改注释框的形状 .................................................................................................................................. 85 9.4.1.4 将元素编组/拆开 .................................................................................................................................... 86

9.5 9.6 9.7

绘制一个双链DNA螺旋结构 ........................................................................................................... 86 绘制脂肪和胶体 .................................................................................................................................. 89

9.2.1

9.6.1

绘制脂肪...................................................................................................................................... 90 创建表格 .............................................................................................................................................. 91

5

9.7.1 9.7.2 9.7.3 9.7.4 9.7.5 10.

绘制表格内容 .............................................................................................................................. 92 插入表格...................................................................................................................................... 93 置入数据...................................................................................................................................... 93 修改表格内容 .............................................................................................................................. 95 编辑表格外观 .............................................................................................................................. 96

管理文件 .................................................................................................................................................. 98

插入页眉和页脚 .............................................................................................................................. 98 转换成PDF――仅限商业版！ ...................................................................................................... 99 创建海报 .......................................................................................................................................... 99

10.1 10.2 10.3 11.

结构模式中的样式 ................................................................................................................................ 101

目标 ................................................................................................................................................ 101 改变结构样式 ................................................................................................................................ 101

11.1 11.2 11.2.1 11.2.2 11.3 11.3.1 11.3.2 11.3.3 11.3.4 11.4 11.5 12.

应用期刊样式 ............................................................................................................................ 101 准备发表.................................................................................................................................... 102 创建用户样式 ................................................................................................................................ 102 用户定义样式：糖 .................................................................................................................... 103 用户定义样式：磷酸盐 ............................................................................................................ 103 用户定义样式：碱 .................................................................................................................... 104 用户定义样式：强调 ................................................................................................................ 104 应用现有样式 ................................................................................................................................ 105 设定默认样式 ................................................................................................................................ 106

画图模式中的样式 ................................................................................................................................ 107

目标 ................................................................................................................................................ 107 改变对象样式 ................................................................................................................................ 107 保存样式 ........................................................................................................................................ 107 应用现有样式 ................................................................................................................................ 108 设置默认样式 ................................................................................................................................ 108 管理样式 ........................................................................................................................................ 108

12.1 12.2 12.3 12.4 12.5 12.6 13.

创建汇报模型 ......................................................................................................................................... 110

目标 ................................................................................................................................................. 110 关于汇报模型 ................................................................................................................................. 110 输入汇报模型 ................................................................................................................................. 110 插入模型对象 ................................................................................................................................. 111 设定显示参数 ................................................................................................................................. 112 编排模型对象 ................................................................................................................................. 117 保存和应用汇报模型 ..................................................................................................................... 117

13.1 13.2 13.3 13.4 13.5 13.6 13.7

6

1. ACD/ChemSketch基础

1.1 目标： 本章讲解如下内容：

? 如何启动ACD/ChemSketch

? 如何设定和改变文件可兼容的文件类型(File Assosciation) ? 如何设定默认文件路径

? 如何退出ACD/ChemSketch

1.2 启动ACD/ChemSketch

安装完毕后，按以下步骤操作可启动程序。 1. 打开Windows。 2. 双击图标，启动；

或任务栏中，由开始菜单击图标；

或在ACD 栏目中双击CHEM.exe程序文件；

或从正在运行的其他ACD程序中的ACD/Labs 目录中选择ChemSketch。 3. 如果是免费版本，您将看到15秒ACD产品滚动图象，请等待并点击取消键(Cancel)。

1.3 设定可兼容的文件类型 1. 在您第一次使用此软件时, 设定可兼容的文件类型(File Associations)对话框将出现.

7

2. 这些可兼容的形式包括CS ChemDraw(*.CHM), REACCS Rxnfiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) , 可能还有其他格式的文件, 这些文件都可以在ChemSketch 中打开. 具体做法是在您想要添加的选项前的方框内点上对号, 然后点击YES键即可。

3. 如果您不知道或者不确切地知道 ChemSketch将打开的文件的扩展名, 不要选任何选项, 然后点击NO键。

4. 然后今日诀窍(Tip of the Day)窗口将跳出, 您可以在阅读结束后关闭。 1.3.1 改变可兼容的文件类型

在您没有选择可兼容文件类型以前, ChemSketch将自动使用默认的文件类型,您可以随时改变默认文件类型, 只要在文件 (File)菜单下选择相关ACD产品命令(File Associations)即可。

重要启事：如果在Window NT的系统中您没有被授权改变可兼容文件的同时选择File Associations的命令，会出现警告信息，请联系您的系统管理员解决问题。

如果您已经选择了所有的可兼容文件类型, 一条信息会提示您已经选择了所有的文件类型-“all supported file types are already associated with the current application, 您可以通过Windows Explorer选择选项：

1. 打开 Windows Explorer, 选择您想选的选项:

2. 按住 SHIFT键, 在要打开的文件上右击鼠标,在菜单中选择 Open With.

3. 选择您要打开的文件相对应的文件类型, 然后选择 Always use this

program(只要在前面的方框内打对号即可)。 4. 点击 OK,然后关闭 Windows Explorer.

1.4 改变默认路径 如果您使用的是单一用户(可以单独使用的版本), 默认路径可能是没有任何问题的. 如果您使用的是网络版本, 我们建议您改变您的默认路径,将您的文件保存在您自己的硬盘,而不是网络服务器。当做好了单机路径后, 再在每一个单机上进行以下操作:

1. 打开 ChemSketch 的窗口后,从Options菜单中选择 Preferences 命令键。 2. 点击 General, 然后在默认栏内键入每次您要输入, 打开, 保存和输出文件的路径。

注意: 在 Private 栏内, 您可以设定记录每次ChemSketch操作的设置。

3. 点击 OK。

1.5 安装附件 从8.00的版本开始就可以安装附件了—编写的用于扩展主要应用的一些程序（有.ADDON的扩展名）。每个附件都包含了用于当前记录或整个数据库的一整套命令。当附件被安装, 它的命令可能被安置或在工具栏作为按钮或在主菜单作为添加子菜单的命令, 或二者都有。

请按以下步骤安装附件：

8

1. 从选择菜单, 选择附件组织者（Add-on Organizer）。

2. 点击添加, 在出现的打开对话框中, 找到.ADDON 文件。点击打开将其添加至目录中。

3. 用户化一些添加选项, 在目录选择它点击编辑:

4. 在可用的命令框中,从ChemSketch界面选择命令是容易实现的。在插入区域, 选择添加命令应该增加的地方: 作为命令对菜单并且/或者作为按钮对一般工具栏（若通过附件自动执行）。点击OK。

5. 点击OK在附件组织者对话框和核实是否菜单或按钮增加到界面。

1.6 退出ChemSketch 您能从以下方式中选择任意一种来退出程序： ? 在屏幕右上脚点击 。

? 在 ACD/Labs 菜单中选择 Close All，这将退出所有ACD软件。 ? 从File 菜单中选择 Exit ，这将只退出现有的软件。 在退出之前, 计算机将提示您存盘。

9

2. 绘制简单结构

2.1 目标 本章介绍绘制结构的一些基本知识, 这些功能只在结构模式适用。您将掌握以下的功能:

? 画原子, 化学键(单键, 双键, 三键, 共价键, 等等), 和标签。 ? 翻转分子结构式。

? 选择, 旋转和扩大与缩小结构图。

? 将结构式输出至文件夹, 文件及打印机。 ? 清理屏幕。

2.2 画原子、化学键和标签 ChemSketch 的基本功能是画化学键和原子, 您必须在结构模式进行以下操作:

2.2.1 使用常用画图工具

当程序开始时，常用画图工具

是默认的。在这种模式下，您可以很容易地画直

鏈和分支结构，并用元素周期表中的原子取代所画的原子。

5. 在画图模式(Draw Mode)下

,从原子工具条选择碳原子

。

6. 单击空白处，画出CH4。

7. 单击CH4以增加一个CH3基团，并以标准键长连接。再双击同一个碳原子，画

出 。

8. 单击Set Bond Vertically , 将从上一步得到的结构旋转至

。

。

9. 单击结构工具栏中常用画图工具

10. 单击最右边的碳原子，画出。

11. 重复以上步骤，画出一些结构，，

10

，

。

2.2.2 双键和三键

1.在3.2.1节的第7步所画的结构式中的最后一个单键上再次单击获得双键:

H3CCH2CH3

CH2. 再次在双键上单击获得三键:

H3CCH3

3. 再次在三键上点击将重新得到单键.

2.2.3 个别原子的删除

如果您加了过多的原子, 可以逐一去除原子:

1. 点击Delete 键.

2. 在以上的分子结构上进行逐一去除原子的练习.

2.2.4 撤销命令

另外一个重要的功能是如何恢复以前的界面设置: 1.单击Undo

键。这会将ChemSketch的界面恢复到以前的设置.

注意: 点击 Undo键将会击活重做(Redo)键。 2.多次单击恢复Undo

键,直到将其恢复至以下结构:

H3CCH3

注意: Undo键可以连续点击50次.当您画比较复杂的结构或者物体时, 我们建议您养成及时保存文件的习惯。

2.2.5 聚合物

ChemSketch提供了聚合物结构的绘制功能：

1.

在结构工具栏上点击Polymers 设置的更改了：

键，出现聚合物面板后就可以进行如下

CH311

2.

通过点击或拖拽来选定产生聚合物的区域。当区域被选择, 聚合物出现在工作区:

3.

再次点击Polymers

键就可以离开聚合物绘制模式。

2.2.6 非原子

按照以下步骤来创建无终止的聚合物和弯键：

1. 在原子工具栏，点击Pseudo Atom

键。

2. 点击结构的结束原子用空的原子替换他们。那么就可以得到一个无终止的聚合

物了。 2.2.7 改变原子

按以下方式用一个原子工具栏中没有的元素替换当前元素： 1. 点击撤销键

直至回到下面的结构或者画出它：

2. 单击原子工具条下的元素周期表(Periodic Table)键(Periodic Table of Elements):

,打开元素周期表

12

3. 单击元素周期表中的氟(Fluorine)键工具条中。

, 注意现在氟 (Fluorine)键出现在原子

4. 单击最左边的碳(Carbon), 用氟原子替代碳原子:

注意: 当您选择了元素周期表中的某个元素时, 相应的元素键将自动加到原子工具条中。去除工具条中的原子键可以通过双击任何一个原子键或者双击原子工具条, 然后选择YES。但是后者将删除默认原子以外的所有原子键。 2.2.8 使用连续画图工具

当连续画图工具(Draw continuous Tool)

被激活后，只有在原子工具条中被

选定的原子才能用于画化学键。点击工具条中的原子键，可使其成为被选中的原子。这种连续画图工具模式在由一个选定原子“衍生”多个相同原子时，非常方便。

1. 在结构工具栏中，点击连续画图键

。或者单击鼠标右键，选择画图模式。

2. 在原子工具栏(Atoms)中选择原子。

3. 点击最右边的碳原子，双击以“衍生”出F原子。在同一碳原子上双击，以“衍生”

13

第二个F原子

2.2.9 使用鼠标拖拽绘图

。

在正常画图(Draw Normal)和连续画图(Draw Continuous)两种模式下，您可以从一个原子拖动鼠标到另一个原子，画出单键。如果您从一个空白处开始(或结束)拖动，将在开始处(或结束处)生成一个新的原子。在下面结构中，点击一端的碳原子，拖动鼠标到另一端的碳原子。

当正常画图(Draw Normal)和连续画图(Draw Continuous)指向到终端碳的当中一个和扯拽到其它终端碳画以下结构：

被激活后，

2.2.10 优化结构

点击结构工具栏中“清洁” 如下结构：

命令，将使结构中所有的键长与角度平均化，得到

Clean命令不仅使键长和角度平均化，令结构看上去更好看，更使该结构符合于化学意义。例如循环结构，它将SP2轨道上的碳原子的键按120度分布，将SP轨道上的碳原子的键按180度分布。当画平面和立体异构体时，Clean命令保持以上特性将键长和角度平均化。

2.2.11 编辑原子标签

编辑原子标签工具

允许您用简短的缩写代替最终端的原子。

1. 在原子工具栏中，点击原子标签工具 键，然后将鼠标移动到结构中最右端的F原子上。

2. 在打开的编辑标签(Edit Label)对话框中，键入(CH2)3PH，再点击插入键(Insert)，画出如下结构。

14

3. 选择改变位置(Change Position)(CH2)的位置得到以下结构:

, 然后点击原子标签,调换Ph 和

提示：如果在选中Change Position标签将达到与3.同样的效果。

键后, 用手指按住Shift, 同时点击结构中的原子

4. 利用已激活的编辑原子标签工具(Edit Atom Label) 写，将编辑标签对话框再次打开，点击“展开”(Expand)

，点击已得到的缩键，得到如下结构：

2.2.12 使用画链工具

使用画链

工具，通过点击和拖动鼠标，您可以很容易地画出长、短键。

，将鼠标移动到键头所指的原子上。

1. 点击结构工具栏中画链工具键

FF

2. 按下鼠标键，向左拖动。当鼠标离开结构时，自动生成碳链。注意鼠标箭头旁

的碳原子数(C#)随着碳原子的增减而变化：

15

3. 激活画链工具(Draw Chains)

，在原子工具栏中选择F

原子，点击最 ，得到如下

左边的碳原子，衍生出F原子。点击结构工具栏中清洁工具键

结构：

2.3 清除屏幕 如果您需要清除屏幕，您可以选择以下的一种方式：

? 从文件（File）菜单, 选择新建（New）。这将打开一个新的空白文件。 ? 在左上方选择创建新页按钮(New Page)，创建新的一页。

? 在编辑菜单中选择“全选”按钮(Select All)，再选择“删除”命令(Delete)。 ? 在工具栏中(General toolbar)点击删除

结构的任意部分，将其全部删除。

（Delete)按钮，点击空白处，再点击

2.4 使用ACD/字典 我们允许您从普通药品名字中查找分子结构, 但这个模块是只可利用的在

ACD/ChemSketch 的商业版本。如果您使用免费软件版本ACD/Dictionary是不可用的, 请跳过这个部分。

1. 在参考工具栏点击

典:

ACD/字典按钮（ACD/Dictionary）来显示ACD/字

16

2. 在对话框的标题栏上单击鼠标右键来显示快捷菜单，确信没有选中复制带有命

名的结构（Copy Structure with Name）。

3. 在快速查找箱，输入咖啡因。当您键入名单即显示对应的名称。当必需的名称

在表单中可见的时候，点击它来选择。对应的结构就会被显示在右边的预览区域。

4. 将被选择的化合物置入工作区，点击OK即可。

5. 结构阴影附有指针，指向空白区域并点击即可插入结构：

注意：更多细节在ACD/Dictionary选项中, 参见ACD/Dictionary User's Gudie位于ACD/Labs文献文件夹(\\\\DOCS\\DICT.PDF) 。

2.5 翻转结构 您可以在结构工具栏中通过点击一个键来实现整个结构的旋转和翻转。

1. 我们拿前面一节字典中的或手工绘制的咖啡因为例，将下图中红线标记的双键进行

翻转。

17

2. 点击设置水平键（Set Bond Horizontally）然后再点击目标键使其处于水平，

结构其它部分将相应转动。用该工具反复点击此键可使结构绕键不断翻转。

3. 点击设置垂直键（Set Bond Vertically）然后点击目标键使其处于垂直，其它

部分将相应翻转。

4. 点击翻转键

（Flip on Bond）然后点击目标键，结构将会绕着被点击的键转动。

5. 首先选中整个分子（或基团），点击上下翻转（Flip Top to Bottom）按钮，则

选中的结构或基团（若无选中项，则所有已绘结构）将从上部旋转至下部。 6. 点击左右翻转( Flip Left to Right)使被选结构或基团（若无选中项，则所有已

绘结构）将从右方旋转至左方。

注意：应用翻转工具可能改变立体结构。可以从选项（Options）菜单中选择参数（Preferences）,然后切换至结构（Structure）标签来进行控制。保持立体构型（Keep Stereo Configuration on）选区将控制程序是否对分子的真实3D排列进行记忆：

18

它可以保持真正的3D结构的分子结构. 我们建议选择Flips, 这样一来尽管位置改变了, 分子结构将和翻转以前的一样.

CH3HYesHClClCH3

BrBr

否则,分子将变成原来分子的对应异构体:

CH3HNoHClClCH3

BrBr

2.6 输出 输出的方式有存盘, 打印或者插入其他文件中, 如: MS Word, Excel等. 您还可以试试I-Lab服务。（参见ACD/I-Lab User’s Guide位于ACD/Labs 文献文件夹,\\\\DOCS\\ILAB.PDF）

2.6.1 保存ChemSketch(.sk2)文件

将我们在前一节中所画的结构式存为ACD 格式,1 文件名为example1.sk2。 1. 从File菜单选择 Save。

2. 在对话框中输入文件名和路径, 然后点击 OK。

2.6.2 保存结构为 MDL Molfile 格式

一种比较标准的文件格式是由MDL公司开发的MDL molfile格式。注意: 只有结构式可以存盘, 图象和文字不能以这种格式存盘。 1. 选择您要存盘的结构式。

2. 从文件夹(File)菜单选择输出(Export)命令, 在对话框下部的文件类型选择栏中选择MDL Molfiles:

3. 输入文件名和路径, 点击 OK。

1

SK2 格式的细节请参阅 http://www.acdlabs.com/download/#misc.

19

2.6.3 打印

其它方式保存您的工作将打印报告。在开始的打印之前, 核实页面设置。

1. 若您想设置海报选项，从文件菜单, 选择页面设置显示您能指定纸张大小, 取向等（更多有关海报制作的细节可在11.3获得）。

2. 点击OK保存。 3. 点击全页(Full Page)键4. 进行适当的调整。

5. 从文件夹(File)菜单选择打印( Print) 或者点击

。点击OK开始打印。

进行预览。

2.6.4 在文件中插入结构式

有时侯您需要将结构式插入其他类型的文件中。例如: Word document, Excel spreadsheet等。

1. 选择所需的结构式。

2. 若想从图画板拷贝结构式, 单击拷贝键。 或者

从编辑(Edit)菜单键选择拷贝Copy命令。 或者

在键盘上按 CTRL+C 键。

3. 然后在您选定的文件中, 点击粘贴(Paste)键。

重要说明: 当把结构式粘贴至其他文件时, 如: Microsoft Excel, 结构式可能会变成数字或者图形(MDL molfile格式), 为了得到结构式, 可以点击特殊粘贴(Paste Special), 在粘贴选择（paste options)中, 选择ACD ChemSketch 2.0 Object 或者Picture键, 前者将结构式作为OLE物体插入, 因此您可以将插入的结构式通过ChemSketch 进行修改。

20

3. 绘制更复杂结构

3.1 目标 在这一章中,主要讲解以下内容： ? 如何用化学基团表画化学基团; ? 如何迅速地画环结构； ? 如何删除和替换原子； ? 如何画双键和三键；

? 如何画原子的电荷,阳离子和阴离子； ? 如何改变不同原子的性能。

3.2 使用基团表 化学基团表(Table of Radicals)中包括预先画好的氨基酸及其保护基的结构，还有核甘酸及其他常用结构。

1. 在常用工具栏（General toolbar）点击保存文件

面

（New Page）在同一文件中开始新的绘图。

(Table of Radicals)，（Save File），然后点击新页

2. 在参考工具栏(References Toolbar)中点击基团表

显示如下基团：

21

3. 在表中点击环己烷键(Cyclohexane)

的参考工具栏(References toolbar)。 4. 对环戊烷键

和羟基

重复以上步骤。

。环己烷键被选定，同时选定屏幕右边

注意：当基团表中新的化学基团被选中后，在参考工具栏中将自动添加该键。可通过双击该键或在参考工具栏再选择YES，删除该键。

3.3 使用环节构 1. 在右边参考工具栏中选择环戊烷键择。

2. 在工作区点击创建新的五元环。 3. 在同一工具栏中，选择环己烷离子

（Cyclopentane），或者从化学基团表中选

，将鼠标移动到环戊烷键,

再点击创

建如下结构。

4. 重复以上步骤，创建如下结构：

22

5. 点击垂直键(Set Bond Vertically)

，再点击箭头所指的键，使

结构围绕该键旋转：6. 在基团表中点击COOH按钮

。

7. 点击箭头所指的原子，以衍生出羧基：

3.4 删除原子和基团 OOHHOOHOOHOHOOOOHO我们将在 结构删除箭头所指的原子使其成为如下

CH3CH3OH3CCH3CH3结构。

您可以这样作：依次删除每个原子，或一次自动删除所有原子。

23

3.4.1 同时删除多个原子

在这个部分, 您将学会怎样立即删除所有必需的结构元素: 1. 点击结构工具栏中套索开关键(Lasso on/off)

，以激活套索选择模式

。

注意此时选择/移动工具 (Select/Move)也被激活。 2. 用套索线围住所有要删除的原子。

OOHHOOHOOHOOHOOOHO

3. 点击工具栏中的删除(Delete)键除。 或者

在键盘上按Delete删除。 注意：您可以通过套索(Lasso selector)

。点击任意一个被选定的原子，将它们全部删

和矩形套索(Rectangle selector)

子、键和图象。不选择图象时，点击任意空白即可。

选定原3.5 替换原子 CH3CH3替换箭头所指的原子，使结构

NH2NHNOHONOHNHNOHNHNH2OH3CCH3CH3成为：

，再点击所有细箭头指定的碳原

1. 点击原子工具栏(Atoms toolbar)中氮原子键

子。

2. 点击原子工具栏中氧原子键注意：在连续画图模式，再点击三个粗箭头指定的碳原子。

下，您不能替换原子(见4.2.8章)

24

3.6 设置双键和三键 1. 在

（DrawNormal），

（Draw Continuous）或

NH2NHNONHONOHNH2NNOHON+（Draw Chains）任一处于

HNNH2激活状态下时，点击箭头所指的键

NHOH使其变成双键：

NHNH2NNOHOH

，

2. 使用改变双键(Change Double Bond)或氢原子位置(Hydrogen Position)键

可以使结构更精细。选定这个键，并点击箭头所在的氢原子和双键。注意：氢原子围绕氮原子和氧原子移动，双键围绕单键移动。

NH2NNOHON+HNNH2NOHOH

3. 在常用工具栏，点击保存文件

，然后点击新建页面

。

3.7 标定电荷和定义阳离子与阴离子 本章将画下列结构:

25

1. 在原子工具栏中选择碳原子 键Carbon

态( Draw Normal

H3C ,并且保证通用画图工具处于激活状

),画出如下结构:

CH3

2. 选择氮键( Nitrogen ),并且点击中间的碳键,用氮替换碳:

的右下角的三角形扩展得到

3. 点击原子工具栏中的Increment (+) Charge 键

以下各项:

Increment (+) Charge 正电荷 Decrement (-) Charge负电荷 Radical自由基;

Positive Radical Ion正离子基; Negative Radical Ion负离子基.

4. 点击负电荷Decrement (-) Charge 键

H3C- ,然后点击NH ,得到一个阴离子:

NCH3

),双击将得到阳离

5. 右击鼠标得到正电荷键Increment (+) Chargel (或者选择

子:

26

H3C

注意: 当阳离子或者阴离子加到非金属结构中时,氢原子将根据化学键的需要自动加上或者删除。

6. 选择自由基键 Radical

,点击NH2 得到自由基:

NH2CH3+H3C

NCH3

,点击氮原子,得到如下结

7. 在空白处右击鼠标得到正离子基或者选择相应的键

H3C构:

NH+CH3

,点击氮原子,得到如下结构:

8. 右击鼠标得到负离子基或者选择相应的键

H3C

NHCH3

9. 选择删除键 Delete ,点击右侧的CH3 将其删除。

,点击N得到以下结构:

10. 多次点击将得到singlet biradical

H3CN

11. 继续在自由基状态下点击N,将得到以下结构:

H3CN 12. 在常用工具栏，点击保存文件

，然后点击新建页面

。

3.8 标记键 使用键标记工具，用附加点来指示结构。 1. 在原子基团表中，点击苯

，然后在工作区的空白处单击。

27

2. 在原子工具栏中，点击碳原子，这时我们可以注意到常用绘图工具被

自动激活了。

3. 点击苯顶端的原子来添加一个甲基：

4. 在原子工具栏点击溴原子5. 使用选择/移动工具

选定结构下部的五个原子：

或旋转/调整工具

6. 在结构工具栏上，点击键标记

出现的键标记连接起来了：

或阴影键标记工具

。被选中的原子就被

或

在结构上，溴可以连接在甲苯下部五个碳原子中的任何一个，ACD/ChemSketch 让你借由可变附着点的加良把这个现象变的更加明显。

3.8.1 原子团标记键

从9.0的版本开始，您就可以通过附加模块和公式来绘制结构以替代额外的或是无关的结构的原子团本身。这种特殊类型的结构标记对化学结构的变化或是质谱的变形的指示是很有用的。

1. 应用该选型，同上述方式绘制甲苯然后选择结构中五个较低的原子。

2. 在结构工具栏中，点击增减原子团标记键的按钮：即或。

3. 在出现的定义标记质量差的对话框中，选择Addition 和Mass选项，然后在对

应的框中输入79.9：

28

4. 点击OK。您可以看到如下结构之一：

或

5. 在常用工具栏，点击保存文件

。

，然后点击新建页面

3.9 使用立体键 ACD/ChemSketch 让你为手性和非手性中心产生立体的描述符并为一个双键结构。 1. 使用上述工具绘制下面一系列结构：

提示：要绘制立体键，请在结构工具栏中点击 Up Stereo BondsBonds

或者 Down Stereo

。然后在化学结构中点击目标键就可将其转换成立体键了，或者从原子拖拽到一个空白区，或者简单的点击一个已有原子（如果原子工具栏中被激活的原子和已有原子是同一原子的话）。您可以根据您的需要多次点击键来改变立体键的方向。 2. 选中全部结构。

3. 在工具（Tools）菜单中，指向生成（Generate）然后点击立体描述符（Stereo Descriptors）

（在结构模式和绘图模式下您均可以进行该操作）。立体描述符就会在结构中相应的

29

手性中心和双键上显示了：

4. 下面是可用的描述符：

? S和R描述一个手性中心的构型 ? E和Z描述一个双键的构型 ? 小写r和s描述的是非手性中心

5. 从选项菜单选择参数设置来改变描述符的颜色。

6. 在出现的参数设置对话框中转换到结构（Structure）标签，然后在自动/手动编号调

色板中选择适当的颜色。当您再次使用立体描述符的时候，定义的颜色将会被运用。 注意：如果工作区没有结构被选中，当前页的所有包含手性中心或双键的结构将会自动生成可能的Z/E或R/S异性立体描述符。 7. 在常用工具栏，点击保存文件

，然后点击新建页面

。

3.10 绘制配位键 绘制配位键的方法有多种。ACD/ChemSketch 将让您学会四种类型的绘制方法。我们一起来绘制如下结构：

1. 使用原子基团表或者参考工具栏上的按钮，将苯环粘贴到工作区：

2. 在结构工具栏点击设置水平键

然后点击下图中的键来转动苯环：

3. 激活正常绘图工具

，在元素周期表

中点击锂

然后点击OK。指向苯环最左

30

边的原子组并拖拽出锂：

4. 点击原子工具栏中的碳原子

然后点击画链

工具。拖拽到一空白区域那么就得

到一个包含9元素的链了。拖拽时，将链移动到结构的左边，不要碰到结构：

注意：如果在Preferences对话框中（常用标签），Informative Cursor 选项被选中，在您绘制链的时候您将会在旁边看到元素的个数。 5. 在工作区弹右键转换到正常绘图

工具并在原子工具栏选取氧

。点击按钮并在

下图箭头标记的地方替换为氧原子。

6. 在结构工具栏，点击配位键按钮

上的白色三角然后选择虚线箭头按钮

。

7. 从一个氧原子拖拽到锂原子来用配位键连接它们。当您松开鼠标，配位键就出现了：

31

注意：如果键箭头被错误定向，指向键就会被高亮提示，点击后来改变定向。 8. 用同样的方式，从氧元子拖拽到锂原子来绘制其他的配位键：

9. 点击优化结构

来标准化所有键长和键角：

您可以通过以下结构来练习配位键的绘制：

注意：尽管看起来和普通键一样，配位键并不影响原子的化合价及电荷。所有类型均按

32

同一方式编码，所有以上三种绘制描述的是同一结构。 10. 在常用工具栏，点击保存文件

，然后点击新建页面

。

3.11 离域电荷及曲线 离域键和离域电荷可用来绘制反应中间产物，离域电荷和有多中心配位键的有机金属结构。我们将通过下面的结构的绘制来练习该类型键的使用：

1. 在参考工具栏或原子基团表中，选择环己烷2. 在原子工具栏中，点击碳原子

并粘贴到工作区中。

。通过从环上原子的拖拽，导出多个甲基：

3. 如果原子工具栏中没有溴原子，从元素周期表中找到并选取，若可用——直接点击。

点击环上部的原子导出一个新的键。 4. 点击氢并从同一原子拖拽导出另一个键：

5. 激活选择/移动

工具。按下SHIFT键并逐个点击下图所示的键：

33

6. 在结构工具栏，点击实心离域键（Solid Delocalization Bond）

上：

将其应用到所选键

7. 在原子工具栏上点击正（＋）电荷，指向离域键的中心在出现的高亮区点击就可以

将其变为正电荷：

注意：如果您想要让加号变得更现眼，您可以通过5.13中的改变属性来改变它的大小。 现在，您可以通过如下结构的绘制来进行练习：

8. 在常用工具栏，点击保存文件

，然后点击新建页面

。

3.12 更多键类型 在这一节中，我们将学习绘制包含能够指示不明双键结构和手性中心结构的不明确的单双立体键的结构：

34

1. 从参考工具栏或者是原子基团表

中使用苯环

来插入图示两个结构：

提示：在结构工具栏中点击设置水平键2. 在原子工具栏，点击氮原子

来旋转插入的模板。

并按下图所示通过鼠标的拖拽和释放来连接两个环：

3. 在原子工具栏中点击碳原子

并通过如下的方式来点击原子以增加一个基团：

4. 在原子工具栏，点击氧原子并在标记出的原子上向左上方拖拽出一个基团：

5. 在结构工具栏上点击Undefined Stereo Bond

型。点击Undefined Double Stereo Bond 代：

上的白色三角按钮来显示更多键类

来选择它。点击所示键用其他类型来取

35

6. 从结构工具栏中的同一按钮中选择Undefined Stereo Bond

替换：

并点击所示结构用以

于是，将会显示出如下的结构：

您可以通过尝试以下结构来练习其他类型键的绘制：

? 空心楔形有时候用于描述空间原子的排布。等同于相对普遍的向上的立体键：

? 离域键或半序键可用于描述双键、异构体或芳香结构的离域：

? 四联键用于描述一些有机金属联合体的结构：

36

7. 在常用工具栏，点击保存文件，然后点击新建页面。

3.13 改变原子属性 如果您想显示ACD/ChemSketch中绘制的结构的化合价或者是某个原子的同位素的质量——甚至是改变原子的字体或大小——那么您就要用到属性面板了。

您可以使用在3.11中绘制的结构。下面我们一起来改变加号的大小并将可见元素符号加粗：

1. 在结构工具栏，点击选择/移动

2. 指向加号然后双击。这将调出属性面板。转到原子标签：

3. 如您所见，在预览区下方的按钮让您可以改变元素符号和电荷

大小，选择14号：

。字体

37

4. 点击应用键(Apply)来显示选择部分的效果：

5. 选择结构的其他部分或整个结构然后双击，从属性面板中尝试修改其他不同属性。 6. 在常用工具栏，点击保存文件

，然后点击新建页面

。

38

4. 超级结构、简化线性分子式和化学反应式

4.1 目标 本章讲解如何画更为复杂的结构,主要讲解的两个内容是:二维(2D)优化和三维(3D)优化。对于初学者,请务必在读完前面章节以后再阅读本章。具体内容如下: ? 如何利用2D优化和清理(Clean) 工具功能画环烷烃和氨基酸；

? 如何将化学结构式转化成简化线性分子式(SMILES),如何做相反的转化； ? 如何用3D Optimization 优化工具

画[2,2,2]环己烷, 三蝶烯(triptycene),立方烷

(cubane)和C20球碳结构(dodecahedrane)的3D优化结构； ? 如何画化学反应式。

? 使用反映计算器——仅限商业版！

4.2 2D－优化 清理功能(Clean)

可以理解为2D的优化。例如：可以重新画和调整大小，以使所有

键长和键角符合标准。使用该功能，您可以很容易地画出完美的结构。下面给出一些实例：

4.2.1 创建环烷烃结构

??该部分可由公司网站电影区（MOVES）中下载，文件名为：cycloalk.exe

使用该技术，可以很快画出完美的环烷烃结构，下面是如何画环壬烷：

1. 在原子工具栏（结构模式），点击碳原子

。

，并在工作区画出9个碳的链。注

2. 在结构工具栏，选择画链工具(Draw chains)

意游标显示着链中原子数。

H3CCH3

39

3. 在结构工具栏，点击上下翻转按钮结构就被颠倒了：

4. 点击鼠标右键，选择通用画图工具(Draw Normal)

以建立连接的键。

，由一个原子拉到另一个原子，

5. 点击清理结构键(Clean Structure)

得到如下结构：

? 练习用以上方法画10个碳和8个碳的环。

6. 在常用工具栏，点击保存文件4.2.2 画环形的缩氨酸

，然后点击新建页面

。

??这部分可由我公司网站中下载或在电影区(Movies)中找到，文件名为：pept.exe。

让我们画一个如下结构，我们会再次发现结构清理键十分有效。

HC3OHNHOOHNONHNH

1. 确保您在结构模式下进行操作。

2. 在模板窗口切换到氨基酸的标签下，可以从打开模板窗口

窗口。

3. 从氨基酸系列中选择酪氨酸在空白区点击导入结构。 4. 从原子基团表

中选择Alanine丙氨酸

按钮中找到模板

和Tryptophan色氨酸，点

击指定的原子，连接上相应的官能团。

40

提示：在固定基团到工作区前，可以按TAB键将结构翻转。 5. 点击右键快速切换到选择/移动

工具然后如下图将氨基拖拽到羟基上：

6. 点击优化结构

（Clean Structure）将得到如下结构：

? 练习画如下缩氨酸：

4.3 简化线性分子式(SMILES Notations) ACD/ChemSketch可以将简化线性分子式( SMILES,全称Simplified Molecular Input Line Entry Specification) 转化为分子结构式,反之易然。

41

4.3.1 创建简化线性分子式

现在我们仍以环形氨基酸为例（5.2.2）,讲解如何创建简化线性分子式。

1. 在工具（Tools）菜单，指向生成（Generate）然后选择SMILES Notation命令。创

建的简化线性分子式出现在结构式的下面：

2. 您可以按CTRL+C将其复制到Windows的剪贴板，通过菜单命令或CTRL+V粘贴

到其他外部文件中。

注意：如果有多个结构式,您不必分别选择每一个结构式,再转换成SMILE Notation,只要不选择任何结构式,点击SMILES后,所有的结构的SMILE Notation将在一行显示,中间有一点隔开。

4.3.2 从简化线性分子式创建结构式

现在我们将进行相反的过程,将简化线性分子式(SMILES Notations)转化成结构式。 1. 选择由前一节得到的线性分子式：

2. 从工具菜单栏 ( Tools) 选择 Generate Structure from SMILES命令,结构式将出现。这个结构式与前面得到的相同。

3. 若您确实没有将线性分子插入到工作区或者分子没有被选中，选择Structure from SMILES命令，在出现的对话框中您可以手动输入线性分子：

42

4. 点击OK。生成的结构以阴影的形式附着在鼠标下：

5. 点击工作区置入结构。 6. 在常用工具栏，点击保存文件

，然后点击新建页面

。

4.4 IUPAC国际化学标识分子式 ACD/ChemSketch 可将IUPAC国际化学标识分子式（IUPAC International Chemical Identifier） 转换成结构，反之亦可。

InChI程序于2000－2004年间在IUPAC项目下开发的。该技术由美国NIST（National Institute of Standards and Technology）首先实现。更多关于InChI的信息可在IUPAC的网站上获得：

www.iupac.org/inchi 4.4.1 生成国际化工标识分子式

现在，我们将把(1S)-1-(1H-咪唑-4-基)乙醇。 1. 用已学的知识绘制如下结构：

2. 在工具菜单，指向生成，然后选择InChI选项。在出现的对话框中，如图设置选项

然后点击OK：

43

3. 在工具菜单中，指向生成，然后选择InChI for Structure.生成的分子将出现在结构的

下方：

注意：您可以按CTRL+C将其复制到Windows的剪贴板，通过菜单命令或CTRL+V粘贴到其他外部文件中。

4. 用不同的选项来重复InChI分子的生成；在InChI Options对话框中清除Mobile H

Perception 选项并选择Stereo Options下面的Ignore.将会显示如下的InChI分子：

4.4.2 从国际化学标识分子式生成结构

现在我们尝试将任务倒置——从InChI分子来引导生成结构。我们直接引用上一节生成的分子来生成结构。

1. 首先选择上一节创建的文本串分子：

2. 在工具菜单栏中指向生成，然后选择Structure from InChI.结构将会在文本串分子下

生成。如你所见，生成的分子和上一节中的InChI结构是一样的：

44

3. 现在选择第二个InChI分子然后再次选择Structure from InChI命令。您可以了解到

立体异构并没有被映射：

4.5 3D－优化 本章讲述如何创建一个含有非标准角度和键长的结构。画这样的结构是很难的。3D优化和3D旋转使您可以很容易完成这些任务。这些功能使在ACD/ChemSketch 中创建复杂结构变得很容易。

4.5.1 创建双[2，2，2]环己烷结构

??本节基于我们官方网站的影片或\\\\MOVIEDS文件夹下文件：bicyc.exe。

1. 从选项菜单，选择参数设置，然后在出现的对话框中切换到结构标签。 2. 在3D优化区，清除Add Hydrogens前面的复选框然后点击OK。 3. 在参考工具栏或原子基团表4. 点击正常绘图

中选择环己烷

点击工作区置入环己烷环。

并按照下面的图案使用拖拽绘制出烃桥：

5. 点击3D优化

即获得所绘结构的3D样式。

注意：如果工作区中有多个结构，先利用选择工具选取将进行3D优化的结构(您可以利

45

用选择/移动、选择/移动/调整、3D旋转工具(Select/Move, Select/Move/Re-size,

3D Rotation) 。

6. 如果选项菜单下参数对话框中结构标签下的转换到3D旋转结构的复选框被选中，

在您3D优化后将自动转换到3D旋转模式。如果没有选中，点击3D旋转后指向结构的任一原子或键拖拽到工作区上使其旋转到如下结构：

。然

注意: 从Options 菜单, 选择 Preferences,再单击对话窗口的 Structure键，您可以选择背景键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被选中, 则背景键断开,否则,背景键连接。

您可以改变交叉键的位置,具体做法是利用Tools 菜单键下的Bring Bond to

Front(CTRL+F) 和Send Bond to Back (CTRL+K). 您也可以通过激活Change Position

键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT 键将后面的键移到前面来。 用以上技术尝试绘制如下结构：

7. 在常用工具栏点击保存4.5.2 创建三蝶烯结构

再点击新页面

。

??本节基于我们官方网站的影片或\\\\MOVIEDS文件夹下文件：triptyc.exe.

确定您在结构模式下进行以下操作。

1. 使用上节的技巧画出双[2，2，2]环己烷结构，或者使用模型窗口

型或者在上面的模板中选择双环

中相应的模

中的合适结构。点击粘贴到工作区。

46

2. 从参考工具栏或原子基团表中选择苯环3. 指向a键进行点击以将苯环连接该键：

。

4. 在b和c键上重复2-3的步骤将获得如下结构：

5. 如果工作区的结构不止一个，使用选择工具

要进行3D优化的结构。

6. 点击3D优化将得到所绘结构的3D样式：

中的任意一个来选中您

7. 如果转换到3D旋转模式的复选框被选中（结构标签下），3D优化后程序将自动转换到3D旋转模式，如果没有选中，点击3D旋转。指向结构中的任一原子或

键拖拽到工作区即可。

8. 从工具菜单栏，选择Show Aromaticity来显示芳香环：

9. 在常用工具栏点击保存4.5.3 创建立方烷结构

再点击新页面

。

??本节基于我们官方网站的影片或\\\\MOVIEDS文件夹下文件：Pr_cub.exe.

47

确保您在结构模式下进行以下操作。 1. 由基团表中

选择环丁烷

，在工作区点击两次，生成上下两个正方形。

2. 选择正常画图模式，通过从一个原子到另一个原子拖动鼠标，连接环丁烷分子的

角：

3. 点击3D优化键

，得到所要的3D模型。

。

4. 选择3D旋转(3D Rotation)键

5. 将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动鼠标旋转结构，直到它成为您需要的

结构。

注意: 从Options 菜单, 选择 Preferences,再单击对话窗口的 Structure键，您可以选择交叉键中的后面的键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被选中, 则后面的键断开,否则,后面的键连接。

您可以改变交叉键的位置,具体做法是利用Tools 菜单键下的Bring Bond to

Front(CTRL+F) 和Send Bond to Back (CTRL+K). 您也可以通过激活Change Position

键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT 键将后面的键移到前面来。

? 利用以上技术，试着画出以下结构：

6. 在常用工具栏点击保存

再点击新页面

。

48

4.5.4 创建C20球碳分子

??本节基于我们官方网站的影片或\\\\MOVIEDS文件夹下文件：

fuller.exe.

确保您在结构模式下进行以下操作。 1. 在原子团表

中选择环戊烷

，在工作区点击，放置该结构。

2. 在环的每个边点击，形成另外五个环：

3. 点击鼠标右键，选择选择/移动工具。

4. 通过拖动鼠标将原子a,c,e,g,i移动到原子b,d,f,h,j形成如下结构。

5. 在左边原子工具栏中选取碳原子

，点击箭头所指的点：

6. 通过拖动鼠标用单键连接甲烷基团，得到下面的结构：

7. 点击3D优化键

（3D Optimization)，得到所要求的3D模型。

，将鼠标放置在任意原子或键上，在工作区拖动

8. 选定3D旋转工具(3D Rotation)

鼠标旋转结构，直到它成为您所期望的结构。

49

注意: 从Options 菜单, 选择 Preferences,再单击对话窗口的 Structure键，您可以选择交叉键中的后面的键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被选中, 则后面的键断开,否则,后面的键连接。

您可以改变交叉键的位置,具体做法是利用Tools 菜单键下的Bring Bond to

Front(CTRL+F) 和Send Bond to Back (CTRL+K). 您也可以通过激活Change Position 键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT 键将后面的键移到前面来。 使用以上技巧尝试绘制以下结构：

提示： 如果优化后的结构是如下结构,而不是十二面体结构(fullerene),

那么说明优化过程的结果是一个不寻常的值.这种情况下。您可以点击重做键, 回到优化以前的结构, 然后点击清洁键键

(Undo)

(Clean Structure),或者点击 选择/移动

（Select/Move）,移动一些原子,重新进行优化。

再点击新页面

。

9. 在常用工具栏点击保存

4.6 绘制、标记和映射化学反应 本节将说明如何绘制化学反应和复杂化学图案的手动或自动绘制。 4.6.1 绘制化学反应

??本节基于我们官方网站的影片或\\\\MOVIEDS文件夹下文件：reaction.exe.

本节我们来绘制如下反映图形：

50

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/ladw.html