MS电荷密度在Origin中作图方法

MS电荷密度在Origin中作图方法

很早就想把这个给大家分享，因为看到一些虫子还在为此发愁。我也用过matlab，但结果不甚理想，所以就想如何在origin中快速实现。 1、Total density map

现在MS中save为文件，当然你需要将你的隐藏文件和扩展名都能显示，在结果文件夹中找到*.chrgm(好像是).charg_frm文件 从origin中导入这个文件,得到4列数据,分别为a, b, c, 和charge. 一般的排序是先将a=1,对应的b,c不同,然后才是a=2的,以此类推.

如果你想做(100)面, 将b, c, charge列分别设为x, y, z轴，那么就只选中a=1对应的所有的b, c, charge数据，然后直接可以做出(100)面得电荷密度等高线图，通过调节，可以得到很好的图片。 （？？？？怎么插图片啊？？？）

如果想得到（010）面的，将原来的数据的b列推至首列，然后选中首列，右键单击选择sort worksheet，这样就会对b列的数据按从小到大的顺序排列，而与之对应的a，c，charge随之改变。

按同样的方法可得到（010）面得电荷密度。

2、差分电荷密度

MS中只能给出显示，存为文件后却无法打开。昨天在一个会上问M C Payne这个问题，他解释说不是他的错，是公司的问题。（具一个牛人说，可用命令行运行后，可得到数据文件。还没试）。如果就现在的差分密度图片如何在Origin中做出来呢？ 你需要做的也很简单。将MS的差分密度图片显示后，隐藏其它（包括原子），存为.bmp文件。然后在origin中新建一个空matrix表格。从File的import中选择image，按照默认方式导入刚才的.bmp文件。然后选择你需要的区域，点击右键形成新的Matrix表（其实现实的还是图片）。

再到view中的view mode选择数据，你会得到一个很奇怪的matrix表，别管他，直接对这个matrix做contour图，你会得到差分密度图了，要想获得好的效果，需要很仔细地调节。具体办法，实在太难写出来，等以后再说吧。 本想贴几张我的结果，但不知如何贴。请斑竹给我指示！！好，知道了。

上面一张是根据下面MS给出的差分密度map用Origin做出来的。由于为了满足附件的大小限制，对origin的输出做了压缩和色度限制，这只是今天初略做的，没有做详细的调节。

其实关键在于，国外期刊一般倾向你提交.eps格式的图片文件，如果你将.bmp通过画图来转为.jpg，然后再用jpeg2ps程序转为.eps，效果实在不敢恭维。 所以利用origin直接输出.eps格式的图片，效果很好，而且不失真，属于矢量图。

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