利用addgene查找质粒图谱
更新时间:2023-07-28 18:39:01 阅读量: 实用文档 文档下载
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详细分步的一步步教会怎么利用addgene网站查找质粒图谱
利用addgene查找质粒载体图谱
生物工程
杨翔
2012718026
摘要:
现如今的生物实验研究中,细菌质粒是重组DNA 技术中常用的载体。在天然质粒的基础上,为了适应实验室操作而进行人工构建质粒载体。与天然质粒相比,质粒载体通常带有一个或一个以上的选择性标记基因(如抗生素抗性基因)和一个人工合成的含有多个限制性内切酶识别位点的多克隆位点(MCS)序列,并去掉了大部分非必需序列,使分子量尽可能减少,以便于基因工程操作。
做分子实验,经常和不同的质粒打交道,了解各种质粒的图谱信息是必需的,然而如何准确迅速的查找到所需要的质粒图谱,是实验研究的基础工作,这里简单介绍一下应用addgene网站查找质粒图谱的方法。
关键词:质粒图谱,addgene
一. Addgene简介
Addgenen是一个全球科学家质粒共享非盈利组织。它作为一个公益性组织,负责保存和提供质粒。 科学家发表文章如果涉及到质粒,会发一份到Addgene保存,其他科学家如果需要这个质粒,也可以向Addgene索取
二.网站首页界面
/点击此网址,进入addgene首页,可以看到如下界面。
菜单栏包括了:Home(首页),Deposit Plasmids(储存质粒),Find Plasmids(查找质粒),How to Order(如何构建),Plasmid Reference(质粒引用)以及最后一个About Addgene(关于Addgene)
三.查找方法
1.我们以常见的pRS质粒为列,点击菜单栏的Plasmid Reference,进入以下界面。
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2.再点击下图中的Vector Batabase,进入载体数据库。
点击后会出现以下界面
3.之后,我们可以根据界面中给出的四种搜素方法查找所需的质粒载体,包括: Plasmid Type(质粒类型) Source(质粒的来源)
Bacterial Resistance(细菌抗药性) Selectable Marker(选择标记)
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我们也可以直接在搜索框中输入所需查找的质粒,如以pRS为列。点击搜索后,可以看到结果界面,如下。
4.我们可以看到搜索结果中显示了,数据库中的所有pRS质粒的信息。 菜单栏中分别注明了, Name(质粒名称)
Vector Type(质粒类型)
Resistance Marker(抗药性标记) Bacterial Resistance(细菌抗药性) Source(来源)
Sequence(质粒的序列)。 如下图。
5.以以下三种pRS为列,可以发现这三种pRS质粒的类型分别为未注明载体类别,酵母质粒和细菌质粒。pRS428和pRSET-B质粒的抗药性为氨苄。这三种质粒的来源分别为:ATCC(美国型培养菌种集American Type Culture Collection),Addgene公司以及美国Invitrogen生物公司。
6.而最右侧的Reference
中,
表示此质粒没有序列,
表示可以查看
详细序列。
7.我们以质粒pRS413举例,点击进入,出现以下界面。
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显示的界面中包括了此种质粒的很多信息。包括了常用的,
Vector type other(载体类型): Yeast centromere vector Bacterial resistance(s)(细菌抗药性): Ampicillin Growth strain(s)(生长菌株) :DH5alpha Growth temperature (℃)(培养温度): 37
High or low copy(高拷贝还是低拷贝): High Copy
8.再往下拉,可以看到此质粒的详细图谱,如下。可以得知此质粒全场4969bp,氨苄抗性的位置,启动子位置,以及MCS中各种酶切位点的位置等等。
9.继续拉到页面底部,可以看到图谱中具体的基因位于此质粒中的何处位点,如下,如Ampicillin
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抗性基因位于从第4256个碱基到第3396个碱基。同时也有所有酶切位点的位置。
10.同时,我们也可以点击蓝色标注的here,进入查看质粒的完整序列。
点击后,进入以下界面。
在序列框中,我们就可以复制质粒的全部碱基序列,进行后续分析。
11.点击右侧的Analyze Sequence。我们可以对此质粒进行更深入的查看。
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12.点击进入后会显示以下界面。
13.在质粒图谱中点击各个基因,会在序列框中以棕色背景显示基因所在的序列位置,如下,以其中的AmpR-promoter为例,点击后会出现以下结果。
14.点击菜单栏中的BLAST,我们就可以进入NCBI进行同源序列相似性分析。
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15.这里包括了BLASTN(用来查找相匹配的核酸序列),和BLASTX(用来查找相匹配的蛋白质序列)。
点击BLASTN后就可以进入NCBI。如下。
16.我们在Job Title中输入此次工作名pRS413,
然后点击页面最下面的。进行相似序列的分析。
四.总结
那么通过以上的一系列查找方法,利用Addgene网站查找到了我们所需要的质粒载体的大部分信息。根据这些信息,便可以针对性的进行质粒构建,引物设计等后续工作。
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