核苷酸和氨基酸序列对比图的制作步骤
更新时间:2023-04-13 18:46:01 阅读量: 实用文档 文档下载
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1.准备工作:目标基因的全长,注意,把你的全长基因文本档另存为.seq格式结尾的文件,
如XXXX CDNA.SEQ,软件DNAman 8.0
2.打开DNAman,菜单sequence→load sequence→from sequence file,导入目标基因全长
3.导入后,你的目标基因就导入在左边All chanel中。双击XXX CDNA在右边框中打开
你的目标基因。
4.打开后如图所示。
5.点击菜单栏protein→translation,把上图的核苷酸序列翻译成氨基酸,设置如下
6.确定后,如下图。
7.这样,核苷酸就根据起始子的不同,被翻译成三种不同的核苷酸序列。根据目标基因的
ORF对比,确定目标基因正确的核苷酸序列。如上图,确定的正确核苷酸为第三列。
8.点击菜单栏protein→translation,选择Frame 3,同时可以输入数字调整每行氨基酸的显
示数目。一般为26。
9.调整后如图。
10. 鼠标在文本行左边点击会选择全行,按住鼠标不动,拖动,可以选择多行。
11.删除最上面的无用信息。如图。
12.确定目标基因的启动子,如图中的红色字体。然后把M之前的氨基酸序列选择,并删除。
13.再加入空格,调整回原来的对应核苷酸的位置。
14.同理,确定终止密码子,把之后的氨基酸删除。
15.最左边的数字表示,每一行对应的第一个核苷酸或者氨基酸的第几位。一般核苷酸无需更改。氨基酸按起始子M算第一个,然后接下来的每一行更改数字。如下图列子,将26更改为6,并把6与上一行代表核苷酸位置的79错位。
16.全选,复制,新建一个word文档。粘贴。粘贴后,全选,调整字体为宋体,字号为10。
17.再根据目标基因,分区域,如A/B,C。特定的螺旋结构,如锌指结构,等等。这需要多读目标基因的相关文献,与不同物种的同源基因对比,寻找,最后标注。
18.最终图如下。
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