伯杰氏细菌系统分类学手册

伯杰氏细菌系统分类学手册

伯杰氏细菌系统分类学手册

《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’s Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles

第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。参照了16S rDNA的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站（www.cme.msu.edu/bergeys）也会定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。 古生菌域 （Domain “Archaea”）

1. 第AI门 泉古生菌门(Crenarchaeota phy. nov.)

第I纲 热变形菌纲(Thermoprotei class. nov.)

第I目 热变形菌目(Thermoproteales)

第I科 热变形菌科(Thermoproteaceae)

第I属 热变形菌属(Thermoproteus) 第II属 热杆菌属(Caldivirga) 第III属 热棒菌属(Pyrobaculum) 第IV属 热枝菌属(Thermocladium) 第II科 热丝菌科(Thermofilaceae) 第I属 热丝菌属(Thermofilum)

第II目 硫还原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.) 第I科 硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae) 第I属 硫还原古球菌属(Desulfurococcus) 第II属 (Acidolobus)

第III属 气热菌属(Aeropyrum) 第IV属 浆果状火球菌属(Ignicoccus) 第V属 葡萄嗜热菌属(Staphylothermus) 第VI属 斯梯特氏菌属(Stetteria) 第VII属 恐硫球菌属(Sulfophobococcus) 第VIII属 热盘菌属(Thermodiscus gen. nov.) 第IX属 耐热球菌属(Thermosphaera) 第II科 热网菌科(Pyrodictiaceae) 第I属 热网菌属(Pyrodictium) 第II属 栖高温菌属(Hyperthermus) 第III属 热叶菌属(Pyrolobus) 第III目 硫化叶菌目(Sulfolobales) 第I科 硫化叶菌科(Sulfolobaceae) 第I属 硫化叶菌属(Sulfolobus) 第II属 酸菌属(Acidianus)

第III属 生金球菌属(Metallosphaera)

第IV属 栖冥河菌属(Stygiolobus) 第V属 硫代谢球菌属(Sulfurisphaera) 第VI属 硫化球菌属(Sulfurococcus)

2.第AII门 广古生菌门(Euryarchaeota phy. nov.)

第I纲 甲烷杆菌纲(Methanobacteria class. nov.) 第I目 甲烷杆菌目(Methanobacteriales) 第I科 甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae) 第I属 甲烷杆菌属(Methanobacterium) 第II属 甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter) 第III属 甲烷球形菌属(Methanosphaera) 第IV属 甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter) 第II科 甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae) 第I属 甲烷嗜热菌属(Methanothermus) 第II纲 甲烷球菌纲(Methanococci class. nov.) 第I目 甲烷球菌目(Methanococcales) 第I科 甲烷球菌科(Methanococcaceae) 第I属 甲烷球菌属(Methanococcus)

第II属 甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcus gen. nov.) 第II科 甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.) 第I属 甲烷热球菌属(Methanocaldococcus gen. nov.) 第II属 甲烷干热菌属(Methanotorris gen. nov.) 第II目 甲烷微菌目(Methanomicrobiales) 第I科 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae) 第I属 甲烷微菌属(Methanomicrobium) 第II属 甲烷袋状菌属(Methanoculleus) 第III属 产甲烷袋菌属(Methanofollis) 第IV属 产甲烷菌属(Methanogenium) 第V属 叶形甲烷菌属(Methanolacinia) 第VI属 甲烷盘菌属(Methanoplanus) 第II科 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae) 第I属 甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)

第III科 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.) 第I属 甲烷螺菌属(Methanospirillum) 未定属

第I属 产甲烷石状菌属(Methanocalculus) 第III目 甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales) 第I科 甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae) 第I属 甲烷八叠球菌属(Methanosarcina) 第II属 甲烷拟球菌属(Methanococcoides) 第III属 甲烷喜盐菌属(Methanohalobium) 第IV属 甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus) 第V属 甲烷叶菌属(Methanolobus)

第VI属 甲烷微球菌属(Methanomicrococcus) 第VII属 甲烷盐菌属(Methanosalsum gen.nov.) 第II科 鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae fam.nov.) 第I属 鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta) 第III纲 盐杆菌纲(Halobacteria class. nov.) 第I目 盐杆菌目(Halobacteriales) 第I科 盐杆菌科(Halobacteriaceae) 第I属 盐杆菌属(Halobacterium) 第II属 盐盒菌属(Haloarcula) 第III属 盐棒杆菌属(Halobaculum) 第IV属 盐球菌属(Halococcus) 第V属 富盐菌属(Haloferax)

第VI属 盐几何形菌属(Halogeometricum) 第VII属 盐杆状菌属(Halorhabdus) 第VIII属 盐红菌属(Halorubrum) 第IX属 盐栖菌属(Haloterrigena) 第X属 无色嗜盐菌属(Natrialba) 第XI属 钠线菌属(Natrinema)

第XII属 嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium） 第XIII属 嗜盐碱球菌属(Natronococcus) 第XIV属 嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas) 第XV属 碱红菌属(Natronorubrum)

第IV纲 热原体纲(Thermoplasmata class. nov.) 第I目 热原体目(Thermoplasmatales ord. nov.) 第I科 热原体科(Thermoplasmataceae fam. nov.) 第I属 热原体属(Thermoplasma) 第II科 嗜酸古菌科(Picrophilaceae) 第I属 嗜酸古菌属(Picrophilus) 第III科 铁原体科(Ferroplasmataceae) 第I属 铁原体属(Ferroplasma)

第V纲 热球菌纲(Thermococci class. nov.) 第I目 热球菌目(Thermococcales) 第I科 热球菌科(Thermococcaceae) 第I属 嗜热球菌属(Thermococcus) 第II属古老球菌属(Palaeococcus) 第III属 热球菌属(Pyrococcus)

第VI纲 古生球菌纲(Archaeoglobi class. nov.) 第I目 古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.) 第I科 古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.) 第I属 古生球菌属(Archaeoglobus) 第II属 铁球菌属(Ferroglobus)

第VII纲 甲烷嗜高热菌纲(Methanopyri class. nov.) 第I目 甲烷嗜高热菌目(Methanopyrales ord. nov.) 第I科 甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceae fam. nov.) 第I属 甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)

3.细菌域“Bacteria”第BI门 产液菌门(Aquificae phy. nov.)

第I纲 产液菌纲(Aquificae class. nov.) 第I目 产液菌目(Aquificales ord. nov.) 第I科 产液菌科 (Aquificaceae fam. nov.) 第I属 产液菌属(Aquifex)

第II属 热杆菌属(Calderobacterium) 第III属 氢杆菌属(Hydrogenobacter) 第IV属 热发状菌属(Thermocrinis) 未定属

第I属 脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)

4.第BII门 栖热袍菌门(Thermotogae phy. nov.)

第I纲 栖热袍菌纲(Thermotogae class. nov.) 第I目 栖热袍菌目(Thermotogales ord. nov.) 第I科 栖热袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.) 第I属 栖热袍菌属(Thermotoga) 第II属 闪烁杆菌属(Fervidobacterium) 第III属 地袍菌属(Geotoga) 第IV属 石袍菌属(Petrotoga) 第V属 栖热腔菌属(Thermosipho)

5.第BIII门 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria phy. nov.)

第I纲 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria class. nov.) 第I目 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.) 第I科 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.) 第I属 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)

6.第BIV门 异常球菌——栖热菌门(Deinococcus-Thermus)

第I纲 异常球菌纲(Deinococci class. nov.) 第I目 异常球菌目(Deinococcales) 第I科 异常球菌科(Deinococcaceae) 第I属 异常球菌属(Deinococcus) 第II目 栖热菌目(Thermales ord. nov.) 第I科 栖热菌科(Thermaceae fam. nov.)

第I属 栖热菌属(Thermus) 第II属 稍热菌属(Meiothermus)

7.第BV门 金矿菌门(Chrysiogenetes phy. nov.)

第I纲 金矿菌纲(Chrysiogenetes class. nov.) 第I目 金矿菌目(Chrysiogenales ord. nov.) 第I科 金矿菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.) 第I属 金矿菌属(Chrysiogenes)

8.第BVI门 绿屈挠菌门(Chloroflexi phy. nov.)

第I纲 绿屈挠菌纲(Chloroflexi) 第I目 绿屈挠菌目(Chloroflexales) 第I科 绿屈挠菌科 (Chloroflexaceae) 第I属 绿屈挠菌属（Chloroflexus） 第II属 绿丝菌属(Chloronema) 第III属 螺丝菌属(Heliothrix)

第II科 颤绿细菌科 (Oscillochloridaceae) 第I属 绿颤细菌属(Oscillochloris) 第II目 滑柱菌目(Herpetosiphonales) 第I科 滑柱菌科(Herpetosiphonaceae) 第I属 滑柱菌属(Herpetosiphon)

第BVII门 热微菌门(Thermomicrobia phy. nov.)

第I纲 热微菌纲(Thermomicrobia class. nov.) 第I目 热微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.) 第I科 热微菌科(Thermomicrobiaceae fam. nov.) 第I属 热微菌属(Thermomicrobium)

第BVIII门 硝化螺菌门(Nitrospira phy. nov.)

第I纲 硝化螺菌纲(Nitrospira) 第I目 硝化螺菌目(Nitrospirales) 第I科 硝化螺菌科(Nitrospiraceae) 第I属 硝化螺菌属(Nitrospira) 第II属 钩端螺菌属(Leptospirillum) 第III属 磁细菌属(Magnetobacterium) 第IV属 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)

第BIX门 铁还原杆菌门(Deferribacteres phy. nov.)

第III属 土壤单胞菌属(Agromonas) 第IV属 芽生杆菌属(Blastobacter) 第V属 包西氏菌属(Bosea) 第VI属 硝化杆菌属(Nitrobacter) 第VII属 寡养菌属(Oligotropha)

第VIII属 红假单胞菌属(Rhodopseudomonas) 第VIII科 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae) 第I属 生丝微菌属(Hyphomicrobium) 第II属 臂微菌属(Ancalomicrobium) 第III属 屈曲杆菌属(Ancylobacter) 第IV属 角微菌属(Angulomicrobium) 第V属 水杆菌属(Aquabacter) 第VI属 固氮根瘤菌属(Azorhizobium) 第VII属 绿芽菌属(Blastochloris) 第VIII属 戴沃斯菌属(Devosia) 第IX属 双歧微菌属(Dichotomicrobium) 第X属 线状微球菌属(Filomicrobium) 第XI属 芽殖菌属(Gemmiger) 第XII属 双头菌属(Labrys)

第XIII属 耗甲基杆菌属(Methylorhabdus) 第XIV属 土微菌属(Pedomicrobium) 第XV属 突柄微菌属(Prosthecomicrobium) 碧XVI属 红微菌属(Rhodomicrobium) 第XVII属 红游动菌属(Rhodoplanes) 第XVIII属 塞里伯氏菌属(Seliberia) 第 XIX属 (Starkeya)

第XX属 黄色杆菌属(Xanthobacter)

第IX科 “甲基杆菌科”(“Methylobacteriaceae”) 第I属 甲基杆菌属(Methylobacterium) 第II属 甲基杆菌属(Protomonas) 第III属 玫瑰单胞菌属(Roseomonas) 第X科 “红菌科”(“Rhodobiaceae”) 第I属 红菌属(Rhodobium)

第II纲 “贝塔变形杆菌纲”(“Betaproteobacteria”) 第I目 “伯克霍尔德氏菌目”(“Burkholderiales”) 第I科 “伯克霍尔德氏菌科”(“Burkholderiaceae”) 第I属 伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia) 第II属 贪铜菌属(Cupriavidus) 第III属 劳特罗普氏菌属(Lautropia) 第IV属 (Pandoraea)

第V属 热丝菌属(Thermothrix)

第II科 “罗尔斯通氏菌科”(“Ralstoniaceae”) 第I属 罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)

第III科 “草酸杆菌科”(“Oxalobacteraceae”) 第I属 草酸杆菌属(Oxalobacter) 第II属 杜擀氏菌属(Duganella) 第III属 草螺菌属(Herbaspirillum) 第IV属 紫色杆菌属(Janthinobacterium) 第V属 (Massilia)

第VI属 地神菌属(Telluria) 第IV科 产碱杆菌科(Alcaligenaceae) 第I属 产碱杆菌属(Alcaligenes) 第II属 无色杆菌属(Achromobacter) 第III属 鲍特氏菌属(Bordetella) 第IV属 居鸽菌属(Pelistega) 第V属 萨特氏菌属(Sutterella) 第VI属 泰勒氏菌属(Taylorella) 第V科 丛毛单胞菌科(Comamonadaceae) 第I属 丛毛单胞菌属(Comamonas) 第II属 食酸菌属(Acidovorax) 第III属 水杆菌属(Aquabacterium) 第IV属 短单胞菌属(Brachymonas) 第V属 戴尔福特菌属(Delftia) 第VI属 氢噬胞菌属(Hydrogenophaga) 第VII属 艾德昂菌属(Ideonella) 第VIII属 纤发菌属(Leptothrix) 第IX属 极胞菌属(Polaromonas) 第X属 红育菌属(Rhodoferax) 第XI属 玫瑰色半光合菌属(Roseateles) 第XII属 红长命菌属(Rubrivivax) 第XIII属 球衣菌属(Sphaerotilus) 第XIV属 (Tepidimonas) 第XV属 硫单胞菌属(Thiomonas) 第XVI属 贪噬菌属(Variovorax) 第II目“嗜氢菌目”(“Hydrogenophilales”) 第I科“嗜氢菌科”(“Hydrogenophilaceae”) 第I属 嗜氢菌属(Hydrogenophilus) 第II属 硫杆菌属(Thiobacillus)

第III目 “嗜甲基菌目”(“Methylophilales”) 第I科 “嗜甲基菌科”(“Methylophilaceae”) 第I属 嗜甲基菌属(Methylophilus) 第II属 甲基小杆菌属(Methylobacillus) 第III属 食甲基菌属(Methylovorus) 第IV目 奈瑟氏球菌目(“Neisseriales”) 第I科 奈瑟氏球菌科(Neisseriaceae) 第I属 奈瑟氏球菌属(Neisseria) 第II属 小链菌属(Alysiella)

第III属 水螺菌属(Aquaspirillum) 第IV属 链状球菌属(Catenococcus) 第V属 色杆菌属(Chromobacterium) 第VI属 艾肯氏菌属(Eikenella) 第VII属 甲酸弧菌属(Formivibrio) 第VIII属 紫色小杆菌属(Iodobacter) 第IX属 金氏菌属(Kingella) 第X属 微枝杆菌属(Microvirgula) 第XI属 嗜脯氨酸菌属(Prolinoborus) 第XII属 西蒙斯氏菌属(Simonsiella) 第XIlI属 透明颤菌属(Vitreoscilla) 第XIV属 福格斯氏菌属(Vogesella)

第V目 “亚硝化单胞菌目”(“Nitrosomonadales”) 第I科 “亚硝化单胞菌科”(“Nitrosomonadaceae”) 第I属 亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas) 第II属 亚硝化螺菌属(Nitrosospira) 第II科 螺菌科(Spirillaceae) 第I属 螺菌属(Spirillum)

第III科 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae) 第I属 嘉利翁氏菌属(Gallionella) 第VI目 “红环菌目”(“Rhodocyclales”) 第I科 红环菌科 (Rhodocyclaceae) 第I属 红环菌属(Rhodocyclus) 第II属 固氮弧菌属(Azoarcus) 第III属 (Azonexus)

第IV属 固氮螺菌属(Azospira) 第V属 固氮弧菌属(Azovibrio) 第VI属 铁杆菌属(Ferribacterium) 第VII属 丙酸杆状菌属(Propionibacter) 第VIII属 丙酸弧菌属(Propionivibrio) 第IX属 索氏菌属(Thauera) 第X属 动胶菌属(Zoogloea)

第III纲 “伽马变形菌纲”(“Gammaproteobacteria”) 第I目 “着色菌目“(“Chromatiales”) 第I科 着色菌科(Chromatiaceae) 第I属 着色菌属(Chromatium)

第II属 异着色菌属（Allochromatium） 第III属 可变杆菌属(Amoebobacter) 第IV属 盐着色菌属(Halochromatium) 第V属 盐硫杆菌属(Halothiobacillus) 第VI属 等着色菌属(Isochromatium) 第VII属 闪杆菌属(Lamprobacter) 第VIII属 闪囊菌属(Lamprocystis)

第IX属 海洋着色菌属(Marichromatium) 第X属 亚硝化球菌属(Nitrosococcus) 第XI属 斐佛氏菌属(Pfennigia)

第XII属 杆状色菌属(Rhabdochromatium) 第XIII属 热着色菌属(Thermochromatium) 第XIV属 硫碱球菌属(Thioalkalicoccus) 第XV属 荚硫菌属(Thiocapsa) 第XVI属 硫球菌属(Thiococcus) 第XVII属 囊硫菌属(Thiocystis) 第XVIII属 网硫菌属(Thiodictyon) 第XIX属

第XX属 盐荚硫菌属(Thiohalocapsa) 第XXI属 硫明卵菌属(Thiolamprovum) 第XXII属 板硫菌属(Thiopedia)

第XXIII属 热红球菌属(Thiorhodococcus) 第XXIV属 硫红弧菌属(Thiorhodovibrio) 第XXV属 硫螺旋菌届(Thiospirillum)

第II科 外硫红螺菌科（Ectothiorhodospiraceae） 第I属 外硫红螺菌属(Ectothiorhodospira) 第II属 非红单胞菌属(Arhodomonas) 第III属 需盐红螺菌属(Halorhodospira) 第IV属 硝化球菌属(Nitrococcus) 第V属 硫红螺菌属(Thiorhodospira) 第II目酸硫杆菌目 (Acidithiobacillales) 第I科酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae) 第I属酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus) 第II科热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae) 第I属热硫杆状菌属(Thermithiobacillus) 第III目 “黄单胞菌目”(“Xanthomonadales”) 第I科 “黄单胞菌科”(“Xanthomonadaceae”) 第I属 黄单胞菌属(Xanthomonas) 第II属 弗拉特氏菌属(Frateuria) 第III属藤黄单孢菌属 (Luteimonas) 第IV属 溶杆菌属(Lysobacter) 第V属 涅瓦河菌属(Nevskia)

第VI属 假黄单胞菌属(Pseudoxanthomonas) 第VII属 罗思河小杆菌属(Rhodanobacter) 第VIII属 寡养单胞菌属(Stenotrophomonas) 第IX属 木杆菌属(Xylella)

第IV目 “心杆菌目”(“Cardiobacteriales”) 第I科 心杆菌科(Cardiobacteriaceae) 第I属 心杆菌属(Cardiobacterium) 第II属 腐蹄杆菌属(Dichelobacter) 第III属 萨顿氏菌属(Suttonella)

第V目 “硫发菌目”(“Thiotrichales”) 第I科 “硫发菌科”(“Thiotrichaceae”) 第I属 硫发菌属(Thiothrix) 第II属 无色菌属(Achromatium) 第III属 贝日阿托氏菌属(Beggiatoa) 第IV属 亮发菌属(Leucothrix) 第V属 大单胞菌属(Macromonas) 第VI属 硫小杆菌属(Thiobacterium) 第VII属 硫珍珠状菌属(Thiomargarita) 第VIII属 辫硫菌属(Thioploca) 第IX属 硫螺菌属(Thiospira)

第II科 “鱼立克次氏体科”(“Piscirickettsiaceae”) 第I属 鱼立克次氏体属(Piscirickettsia) 第II属 解环菌属(Cycloclasticus) 第III属 氢弧菌属(Hydrogenovibrio) 第IV属 噬甲基菌属(Methylophaga) 第V属 硫微螺菌属(Thiomicrospira)

第III科 “弗朗西斯氏菌科”(“Francisellaceae”) 第I属 弗朗西斯氏菌属(Francisella) 第VI目 “军团菌目”(“Legionellales”) 第I科 军团菌科(Legionellaceae) 第I属 军团菌属(Legionella)

第II科 “考克斯氏体科”(“Coxiellaceae”) 第I属 考克斯氏体属(Coxiella) 第II属 立克次氏小体属(Rickettsiella) 第VII目 甲基球菌目(Methylococcales) 第I科 甲基球菌科(Methylococcaceae) 第I属 甲基球菌属(Methylococcus) 第II属 甲基杆菌属(Methylobacter) 第III属 喜热噬甲基菌属(Methylocaldum) 第IV属 甲基微菌属(Methylomicrobium) 第V属 甲基单胞菌属(Methylomonas) 第VI属 甲基球状菌属(Methylosphaera) 第VIII目 “海洋螺菌目”(“Oceanospirillales”) 第I科 “海洋螺菌科”(“Oceanospirillaceae”) 第I属 海洋螺菌属(Oceanospirillum) 第II属 浴者菌属(Balneatrix) 第III属 海床杆菌属(Fundibacter) 第IV属 海单胞菌属(Marinomonos) 第V属 海螺菌属(Marinospirillum) 第VI属 海神单胞菌属(Neptunomonas) 第II科 盐单胞菌科(Halomonadaceae) 第I属 盐单胞菌属(Halomonas) 第II属 食烷菌属(Alcanivorax)

第III属 肉胞菌属(Carnimonas) 第IV属 色盐杆菌属(Chromohalobacter) 第V属 德莱氏菌属(Deleya) 第VI属 发酵细菌属(Zymobacter) 第IX目 假单胞菌目(Pseudomonadales) 第I科 假单胞菌科(Pseudomonadaceae) 第I属 假单胞菌属(Pseudomonas) 第II属 氮单胞菌属(Azomonas) 第III属 固氮菌属(Azotobacter) 第IV属 纤维弧菌属(Cellvibrio) 第V属 金色单胞菌属(Chryseomonas) 第VI属 黄色单胞菌属(Flaviomonas) 第VII属 俊片菌属(Lampropedia) 第VIII属 中嗜杆菌属(Mesophilobacter) 第IX属 桑葚状球菌属(Morococcus) 第X属 寡源杆菌属(Oligella) 第XI属 根杆菌属(Rhizobacter) 第XII属 皱纹单胞菌属(Rugamonas) 第XIII属 蛇形菌属(Serpens)

第XIV属 栖热嗜油菌属(Thermoleophilum) 第XV属 嗜木杆菌属(Xylophilus) 第II科 莫拉氏菌科(Moraxellaceae) 第I属 莫拉氏菌属(Moraxella) 第II属 不动杆菌属(Acinetobacter) 第III属 嗜冷杆菌属(Psychrobacter) 第X目 “交替单胞菌目”(“Alteromonadales”) 第I科 “交替单胞菌科”(“Alteromonadaceae”) 第I属 交替单胞菌属(Alteromonas) 第II属 (Allishewanella)

第III属 科尔维尔氏菌属(Colwellia) 第IV属 铁还原单胞菌属(Ferrimomas) 第V属 冰居菌属(Glaciecola) 第VI属 (Idiomarina)

第VII属 海杆状菌属(Marinobacter) 第VIII属 海杆菌属(Marinobacterium) 第IX属 微泡菌属(Microbulbifer) 第X属 莫里特拉氏菌属(Moritella)

第XI属 假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas) 第XII属 希瓦氏菌属(Shewanella) 第XI目 “弧菌目”(“Vibrionales”) 第I科 弧菌科(Vibrionaceae) 第I属 弧菌属(Vibrio)

第II属 异单胞菌属(Allomonas) 第III属 水栖菌属(Enhydrobacter)

第IV属 利斯顿氏菌属(Listonella) 第V属 发光杆菌属(Photobacterium) 第VI属 盐弧菌属(Salinivibrio)

第XII目 “气单胞菌目”(“Aeromonadales”) 第I科 气单胞菌科(Aeromonadaceae) 第I属 气单胞菌属(Aeromonas) 第II属 海洋单胞菌属(Oceanomonas) 第III属 甲苯单胞菌属(Tolumonas) 第II科 琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae) 第I属 琥珀酸弧菌属(Succinivibrio) 第II属 厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum) 第III属 瘤胃杆菌属(Ruminobacter) 第IV属 琥珀酸单胞菌属(Succinimonas) 第XIII目 肠杆菌目(Enterobacteriales) 第I科 肠杆菌科(Enterobacteriaceae) 第I属 肠杆菌属(Enterobacter) 第II属 交替球菌属(Alterococcus) 第III属 杀雄菌属(Arsenophonus) 第IV属 布伦勒氏菌属(Brenneria) 第V属 巴克纳氏菌属(Buchnera) 第VI属 布戴约维采菌属(Budvicia) 第VII属 布丘氏菌属(Buttiauxella) 第VIII属 鞘杆菌属(Calymmatobacterium) 第IX属 西地西菌属(Cedecea) 第X属 柠檬酸杆菌属(Citrobacter) 第XI属 爱德华氏菌属(Edwardsiella) 第XII属 欧文氏菌属(Erwinia) 第XIII属 埃希氏菌属(Escherichia) 第XIV属 爱文氏菌属(Ewingella) 第XV属 哈夫尼菌属(Hafnia) 第XVI属 克雷伯氏菌属(Klebsiella) 第XVII属 克吕沃尔氏菌属(Kluyvera) 第XVIII属 勒克氏菌属(Leclercia) 第XIX属 勒米诺氏菌属(Leminorella) 第XX属 米勒氏菌属(Moellerella) 第XXI属 摩根氏菌属(Morganella) 第XXII属 肥杆菌属(Obesumbacterium) 第XXIII属 泛菌属(Pantoea)

第XXIV属 坚固杆菌属(Pectobacterium) 第XXV属 光杆状菌属(Photorhabdus) 第XXVI属 邻单胞菌属(Plesiomonas) 第XXVII属 布拉格菌属(Pragia) 第XXVIII属 变形菌属(Proteus)

第XXIX属 普罗威登斯菌属(Providencia)

第XXX属 拉恩氏菌属(Rdhnella) 第XXXI属 糖杆菌属(Saccharobacter)

第XXXII属 沙门氏菌属(Salmonella)

第XXXIII属 沙雷氏菌属(Serratia) 第XXXIV属 志贺氏菌属(Shigella) 第XXXV属 伴蝇菌属(Sodalis) 第XXXVI属 塔特姆氏菌属(Tatumella) 第XXXVII属 特拉布斯氏菌属(Trabulsiella) 第XXXVIII属 威格尔斯沃思氏菌属(Wigglesworthia) 第XXXIX属 致病杆菌属(Xenorhabdus) 第XL属 耶尔森氏菌属(Yersinia) 第XLI属 预研菌属(Yokenella) 第XIV目 巴斯德氏菌目(Pasteurellales) 第I科 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae) 第I属 巴斯德氏菌属(Pasteurella) 第II属 放线杆菌属(Actinobacillus) 第III属 嗜血菌属(Haemophilus) 第IV属 隆派恩菌属(Lonepinella) 第V属 曼海姆氏菌属(Mannheimia) 第VI属 海豚杆菌属(Phocoenobacter)

第IV纲 “德耳塔变形杆菌纲”(“Deltaproteobacteria”) 第I目 “脱硫菌目”(“Desulfurellales”) 第I科 “脱硫菌科”（“Desulfurellaceae”） 第I属 脱硫菌属(Desulfurella) 第II属 希普氏菌属(Hippea)

第II目 “脱硫弧菌目”(“Desulfovibrionales”) 第I科 “脱硫弧菌科”(“Desulfovibrionaceae”) 第I属 脱硫弧菌属(Desulfovibrio) 第II属 嗜胆菌属(Bilophila) 第III属 劳森氏菌属(Lawsonia)

第II科 “脱硫微杆菌科”(“Desulfomicrobiaceae”) 第I属 脱硫微杆菌属(Desulfomicrobium) 第III科 “脱硫盐菌科”(“Desulfohalobiaceae”) 第I属 脱硫盐菌属(Desulfohalobium) 第II属 脱硫单胞菌属(desulfomonas)

第III属 脱硫酸弯曲杆菌属(Desulfonatronovibrio) 第IV科脱硫弯曲杆菌科(“Desulfonatronumaceae”) 第I属脱硫弯曲杆菌属(Desulfonatronum) 第III目 脱硫杆菌目(“Desulfobacterales”) 第I科 脱硫杆菌科(“Desulfobacteraceae”) 第I属 脱硫杆菌属(Desulfobacter) 第II属 脱硫杆状菌属(Desulfobacterium)

第III属 脱硫橄榄样菌属(Desulfobacula) 第IV属 脱硫胞状菌属（Desulfocella） 第V属 脱硫球菌属（Desulfococcus） 第VI属 脱硫豆状菌属（Desulfofaba） 第VII属 脱硫冷栖菌属（Desulfofrigus） 第VIII属 脱硫线菌属（Desulfonema） 第IX属 脱硫八叠球菌属（Desulfosarcina） 第X属 脱硫螺菌属（Desulfospira） 第XI属 脱硫小杆菌属(Desulfotalea) 第XII属 (“Desulfotignum”)

第II科 脱硫叶菌科(”Desulfobulbaceae”) 第I属 脱硫叶菌属(Desulfobulbus) 第II属 脱硫盒菌属(Desulfocapsa) 第III属 脱硫棒菌属(Desulfofustis) 第IV属 脱硫管状菌属(Desulforhopalus) 第III科硝化刺菌科 (Nitrospinaceae) 第I属 硝化刺菌属(Nitrospina) 第II属 脱硫橄榄状菌属(Desulfobacca) 第III属 脱硫念珠菌属(Desulfomonile) 第IV目 脱硫单胞菌目(“Desulfuromonadales”) 第I科 脱硫单胞菌科(“Desulfuromonadaceae”) 第I属 脱硫单胞菌属(Desulfuromonas) 第II属 硫还原弯形菌属（Desulfuromusa) 第II科 “土杆菌科”(“Geobacteraceae”) 第I属 土杆菌属(Geobacter)

第III科 “粘土杆菌科”(“Pelobacteraceae”) 第I属 粘土杆菌属(Pelobacter) 第II属 丙二酸单胞菌属(Malonomonas) 第III属 (Trichlorobacter)

第V目 “互营杆菌目”(“Syntrophobacterales”) 第I科 “互营杆菌科”（“Syntrophobacteraceae”） 第I属 互营杆菌属(Syntrophobacter) 第II属 脱硫葡萄状菌属(Desulfacinum) 第III属 杆状脱硫菌属(Desulforhabdus) 第IV属 (Desulfovirga)

第V属 热硫还原杆菌属(Thermodesulforhabdus) 第II科 “互养菌科”(“Syntrophaceae”) 第I属 互养菌属(Syntrophus) 第II属 史密斯氏菌属(Smithella) 第VI目 “蛭弧菌目”(“Bdellovibrionales”) 第I科 “蛭弧菌科”(“Bdellovibrionaceae”) 第I属 蛭弧菌属(Bdellovibrio) 第II属 (Bacteriovorax)

第III属 云母弧菌属(Micavibrio)

第IV属 吸血弧菌属(Vampirovibrio) 第VII目 枯球菌目(Myxococcales) 第I科 帖球菌科(Myxococcaceae) 第I属 粘球菌属(Myxococcus) 第II属 囊球菌属(Angiococcus) 第II科 原囊菌科 (Archangiaceae) 第I属 原囊菌属(Archangium) 第III科 孢囊杆菌科(Cystobacteraceae) 第I属 孢囊杆菌属(Cystobacter) 第II属 蜂窝囊菌属(Melittangium) 第III属 标桩菌属(Stigmatella) 第IV科 多囊菌科(Polyangiaceae) 第I属 多囊菌属(Polyangium) 第II属 软骨霉状菌属(Chondromyces) 第III属 侏儒囊菌属(Nannocystis)

第V纲 “艾普西隆变形杆菌纲”(“Epsilonproteobacteria”) 第I目 “弯曲杆菌目”(“Campylobacterales”) 第I科 弯曲杆菌科(Campylobacteraceae) 第I属 弯曲杆菌属(Campylobacter) 第II属 弓形菌属(Arcobacter)

第III属 硫化螺旋菌属(Sulfurospirillum) 第IV属 卵硫菌属(Thiovulum)

第II科 “螺杆菌科”(“Helicobacteraceae”) 第I属 螺杆菌属(Helicobacter) 第II属 沃林氏菌属(Wolinella)

第BXIII门 厚壁菌门 (Firmicutes)

第I纲 梭菌纲(“Clostridia”) 第I目 梭菌目(Clostridiales) 第I科 梭菌科(Clostridaceae) 第I属 梭菌属(Clostridium) 第II属 醋弧菌属(Acetivibrio)

第III属 氨基酸杆菌属(Acidaminobacter) 第IV属 厌氧杆菌属(Anaerobacter) 第V属 喜热菌属(Caloramator) 第VI属 (Coprobacillus) 第VII属 (Natronincola)

第VIII属 产醋杆菌属(Oxobacter) 第IX属 八叠球菌属(Sarcina) 第X属 孢杆菌属(Sporobacter) 第XI属 热分枝菌属(Thermobrachium) 第XII属 (Thermohalobacter)

第XIII属 丁达尔氏菌属(Tindallia) 第II科 “毛螺菌科”(“Lachnospiraceae”) 第I属 毛螺菌属(Lachnospira) 第II属 醋香肠菌属(Acetitomaculum) 第III属 厌氧细杆菌属(Anaerofilum) 第IV属 丁酸弧菌属(Butyrivibrio) 第V属 (Catenibacterium) 第VI属 卡托氏菌属(Catonella) 第VII属 粪球菌属(Coprococcus) 第VIII属 约翰森氏菌属(Johnsonella) 第IX属 假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio) 第X属 罗斯伯里氏菌属(Roseburia) 第XI属 瘤胃球菌属(Ruminococcus) 第XII属 生孢杆菌属(Sporobacterium)

第III科 “消化链球菌科”(“Peptostreptococcaceae”) 第I属 消化链球菌属(Peptostreptococcus) 第II属 产线菌属(Filifactor) 第III属 (Finegoldia)

第IV属 小纺锤状菌属(Fusibacter) 第V属 创伤球菌属(Helcococcus) 第VI属 (Micromonas)

第VII属 蒂西耶氏菌属(Tissierella) 第IV科 “真杆菌科”(“Eubacteriaceae”) 第I属 真杆菌属(Eubacterium) 第II属 醋酸杆菌属(Acetobacterium) 第III属 (Anaerovorax) 第IV属 (Mogibacterium)

第V属 假支杆菌属(Pseudoramibacter) 第V科 消化球菌科(Peptococcaceae) 第I属 消化球菌属(Peptococcus) 第II属 厌氧弓形菌属(Anaeroarcus) 第III属 厌氧弯曲菌属(Anaerosinus) 第IV属 厌氧弧菌属(Anaerovibrio)

第V属 一氧化碳嗜热菌属(Carboxydothermus) 第VI属 蜈蚣状菌属(Centipeda) 第VII属 脱卤素杆菌属(Dehalobacter) 第VIII属 树源生孢杆菌属(Dendrosporobacter) 第IX属 脱亚硫酸菌属(Desulfitobacterium) 第X属 脱磺酸盐生孢杆菌属(Desulfonispora) 第XI属 脱硫芽孢弯曲菌属(Desulfosporosinus) 第XII属 脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum) 第XIII属 光岗菌属(Mitsuokella) 第XIV属 丙酸螺菌属(Propionispira) 第XV属 琥珀酸螺菌属(Succinispira)

第XVI属 共养香肠样杆菌属(Syntrophobotulus) 第XVII属 热土杆菌属(Thermoterrabacterium) 第VI科 “阳光杆菌科”(“Heliobacteriaceae”) 第I属 阳光杆菌属(Heliobacterium) 第II属 阳光小杆菌属(Heliobacillus) 第III属 嗜阳菌属(Heliophilum) 第IV属 (Heliorestis)

第VII科 “氨基酸球菌科”(“Acidaminococcaceae”) 第I属 氨基酸球菌属(Acidaminococcus) 第II属 醋丝菌属(Acetonema) 第III属 厌氧弯形菌属(Anaeromusa) 第IV属 戴阿利斯特杆菌属(Dialister) 第V属 巨球形菌属(Megasphaera) 第VI属 (Papillibacter) 第VII属 硫状菌属(Pectinatus)

第VIII属 考拉杆菌属(Phascolarctobacterium) 第IX属 奎因氏菌属(Quinella) 第X属 施瓦茨氏菌属(Schwartzia) 第XI属 月形单胞菌属(Selenomonas) 第XII属 香蕉孢菌属(Sporomusa) 第XIII属 解琥珀酸菌属(Succiniclasticum) 第XIV属 韦荣氏球菌属(Veillonella) 第XV属 嗜发酵菌属(Zymophilus)

第VIII科 共养单胞菌科(Syntrophomonadaceae) 第I属 共养单胞菌属(Syntrophomonas) 第II属 产醋菌属(Acetogenium) 第III属 氨基杆菌属(Aminobacterium) 第IV属 氨基单胞菌属(Aminomonas) 第V属 厌氧小杆菌属(Anaerobaculum) 第VI属 厌氧分枝菌属(Anaerobranca) 第VII属 热解纤维素菌属(Caldicellulosiruptor) 第VIII属 脱硫代硫酸盐弧菌属(Dethiosulfovibrio) 第IX属 (Pelospora)

第X属 共养生孢菌属(Syntrophospora) 第XI属 (Syntrophothermus)

第XII属 嗜热好氧杆菌属(Thermaerobacter) 第XIII属 热厌氧弧菌属(Thermanaerovibrio) 第XIV属 热生水菌属(Thermohydrogenium) 第XV属 热共生菌属(Thermosyntropha)

第II目 “好热厌氧杆菌目”(“Thermoanaerobacteriales”) 第I科 “好热厌氧杆菌科”(“Thermoanaerobacteriaceae”) 第I属 好热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacterium) 第II属 制氨菌属(Ammonifex) 第III属 (Carboxydobrachium)

第IV属 粪热杆菌属(Coprothermobacter) 第V属 穆尔氏菌属(Moorella)

第VI属 香肠状芽孢菌属(Sporotomaculum) 第VII属 (Thermacetogenium)

第VIII属 热厌氧杆菌属(Thermoanaerobacter) 第IX属 热厌氧菌属(Thermoanaerobium) 第III目 盐厌氧菌目(Haloanaerobiales) 第I科 盐厌氧菌科(Haloanaerobiaceae) 第I属 盐厌氧菌属(Haloanaerobium) 第II属 嗜盐菌属(Halocella)

第III属 盐热发菌属(Halothermothrix) 第IV属 喜碱菌属(Natroniella)

第II科 拟盐杆菌种(Halobacteroidaceae) 第I属 拟盐杆菌属(Halobacteroides) 第II属 醋盐杆菌属(Acetohalobium) 第III属 盐厌氧杆菌属(Haloanaerobacter) 第IV属 奥芮氏菌属(Orenia)

第V属 生孢盐杆菌属(Sporohalobacter)

第II纲 柔膜菌纲(Mollicutes) 第I目 支原体目(Mycoplasmatales) 第I科 支原体科(Mycoplasmataceae) 第I属 支原体属(Mycoplasma) 第II属 血虫体属(Eperythrozoon) 第III属 血巴通氏体属(Haemobartonella) 第IV属 尿支原体属(Ureaplasma) 第II目 虫原体目(Entomoplasmatales) 第I科 虫原体科(Entomoplasmataceae) 第I属 虫原体属(Entomoplasma) 第II属 中间原体属(Mesoplasma) 第II科 螺原体科(Spiroplasmataceae) 第I属 螺原体属（Spiroplasma） 第III目 无胆甾原体目(Acholeplasmatales) 第I科 无胆甾原体科(Acholeplasmataceae) 第I属 无胆甾原体属(Acholeplasma) 第IV目 厌氧支原体目(Anaeroplasmatales) 第I科 厌氧支原体科(Anaeroplasmataceae) 第I属 厌氧支原体属(Anaeroplasma) 第II属 无甾醇支原体属(Asteroleplasma) 第V目 未定

第I科 “丹毒丝菌种”（“Erysipelotrichaceae”） 第I属 丹毒丝菌属(Erysipelothrix) 第II属 (Bulleidia)

第III属 霍尔德曼氏菌属(Holdemania)

第IV属 (Solobacterium)

第III纲 芽孢杆菌纲(“Bacilli”) 第I目 芽孢杆菌目(Bacillales) 第I科 芽孢杆菌科(Bacillaceae) 第I属 芽孢杆菌属(Bacillus)

第II属 兼性芽孢杆菌届(Amphibacillus) 第III属 (Anoxybacillus)

第IV属 微小杆菌属(Exiguobacterium) 第V属 纤细芽孢杆菌属(Gracilibacillus) 第VI属 喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus) 第VII属 糖球菌属(Saccharococcus) 第VIII属 盐芽孢杆菌属(Salibacillus) 第IX属 支芽孢杆菌属(Virgibacillus) 第II科 动性球菌科(Planococcaceae) 第I属 动性球菌属(Planococcus) 第II属 线状杆菌属(Filibacter) 第III属 库特氏菌属(Kurthia)

第IV属 芽孢八叠球菌属(Sporosarcina) 第III科 显核菌科(Caryophanaceae) 第I属 显核菌属(Caryophanon) 第IV科 “李斯特氏菌科”(“Listeriaceae”) 第I属 李斯特氏菌属(Listeria) 第II属 索丝菌属(Brochothrix)

第V科 “葡萄球菌科”（“Staphylococcaceae”） 第I属 葡萄球菌属(Staphylococcus) 第II属 孪生球菌属(Gemella) 第III属 巨大球菌属(Macrococcus) 第IV属 盐水球菌属(Salinicoccus)

第VI科 “芽孢乳杆菌科”(“Sporolactobacillaceae”) 第I属 芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus) 第II属 海球菌属(Marinococcus)

第VII科 “类芽孢杆菌科”(“Paenibacillaceae”) 第I属 类芽孢杆菌属(Paenibacillus) 第II属 喜氨菌属(Ammoniphilus)

第III属 解硫胺素杆菌属(Aneurinibacillus) 第IV属 短小芽孢杆菌属(Brevibacillus) 第V属 嗜草酸菌属(Oxalophagus) 第VI属 热杆菌属(Thermicanus) 第VII属 热杆菌属(Thermobacillus)

第VIII科 脂环酸芽孢杆菌科(“Alicyclobacillaceae”) 第I属 指环酸芽孢杆菌属(Alicyclobacillus) 第II属 巴靳德氏芽菌属(Pasteuria) 第III属 硫化芽孢杆菌属(Sulfobacillus)

第IX科 “高温放线菌科”(“Thermoactinomycetaceae”) 第I属 高温放线菌属(Thermoactinomyces) 第II目 “乳杆菌目”(“Lactobacillales”) 第I科 乳杆菌科(Lactobacillaceae) 第I 属 乳杆菌属(Lactobacillus) 第II属 (Paralactobacillus) 第III属 片球菌属(Pediococcus) 第II科 ”气球菌科”（“Aerococcaceae”） 第I属 气球菌属(Aerococcus) 第II属 乏养菌属(Abiotrophia) 第III属 狡诈球菌属(Dolosicoccus) 第IV属 另位球菌属(Eremococcus) 第V属 费克蓝姆氏菌属(Facklamia) 第VI属 球链菌属(Globicatella) 第VII属 不活动粒菌属(Ignavigranum) 第III科 “肉杆菌科”(“Carnobacteriaceae”) 第I属 肉杆菌属(Carnobacterium) 第II属 震球菌属(Agitococcus) 第III属 差异球菌属(Alloiococcus) 第IV属 德库菌属(Desemzia) 第V属 狡诈球菌属(Dolosigranulum) 第VI属 产乳酸球菌属(Lactosphaera) 第VII属 毛球菌属(Trichococcus) 第IV科 “肠球菌科”(“Enterococcaceae”) 第I属 肠球菌属(Enterococcus) 第II属 (Atopobacter)

第III属 蜜蜂球菌属(Melissococcus) 第IV属 四联球菌属(Tetragenococcus) 第V属 漫游球菌属(Vagococcus)

第V科 “明串珠菌科”(“Leuconostocaceae”) 第I属 明串珠菌属(Leuconostoc) 第II属 酒球菌属(Oenococcus) 第III属 魏斯氏菌属(Weissella) 第VI科 链球菌科(Streptococcaceae) 第I属 链球菌属(Streptococcus) 第II属 乳球菌属(Lactococcus) 第VII科 未定

第I属 厌氧醋菌属(Acetoanaerobium) 第II属 颤螺菌属(Oscillospira) 第III属 共养球菌属(Syntrophococcus)

第BXIV门 放线菌门(Actinobacteria phy. nov.)

第I纲 放线菌纲(Actinobacteria)

第BXVI门 衣原体门(Chlamydiae phy. nov.)

第I纲 衣原体纲(“Chlamydiae”) 第I目 衣原体目(Chlamydiales) 第I科 衣原体科(Chlamydiaceae) 第I属 衣原体属(Chlamydia) 第II属 嗜衣原体属(Chlamydophila) 第II科 副衣原体科(Parachlamydiaceae) 第I属 副衣原体属(Parachlamydia) 第III科 西门坎氏菌科(Simkaniaceae) 第I属 西门坎氏菌属(Simkania) 第IV科 石德菌科(Waddliaceae) 第I属 石德菌属(Waddlia)

第BXVII门 螺旋体门(Spirochaetes phy. nov.)

第I纲 “螺旋体纲”(“Spirochaetes”) 第I目 螺旋体目(Spirochaetales) 第I科 螺旋体科(Spirochaetaceae) 第I属 螺旋体属(Spirochaeta) 第II属 疏螺旋体属(Borrelia) 第III属 短螺旋体属(Brevinema) 第IV属 克里夫兰氏菌属 (Clevelandina) 第V属 脊螺旋体属(Cristispira) 第VI属 双膜菌属(Diplocalyx) 第VII属 霍兰德氏菌属(Hollandina) 第VIII属 皮约氏菌属(Pillotina) 第IX属 密螺旋体属(Treponema) 第II科 “小蛇菌科”(“Serpulinaceae”) 第I属 小蛇菌属(Serpulina) 第II属 短螺旋菌属(Brachyspira)

第III科 钩端螺旋体科(Leptospiraceae) 第I属 纤线菌属(Leptonema) 第II属 钩端螺旋体属(Leptospira)

第BXVIII门 丝状杆菌门(Fibrobacteres phy. nov.)

第I纲 “丝状杆菌纲”(“Fibrobacteres”) 第I目 “丝状杆菌目”（“Fibrobacterales”） 第I科 “丝状杆菌科”（“Fibrobacteraceae”) 第I属 丝状杆菌属(Fibrobacter)

第BXIX门 酸杆菌门(Acidobacteria phy. nov.)

第I纲 “酸杆菌纲”(“Acidobacteria”) 第I目 “酸杆菌目”(“Acidobacteriales”) 第I科 “酸杆菌科”(“Acidobacteriaceae”) 第I属 酸杆菌属(Acidobacterium) 第II属 土发菌属(Geothrix) 第III属 全噬菌属(Holophaga)

第BXX门 拟杆菌门(Bacteroidetes phy. nov.)

第I纲 “拟杆菌纲”（“Bacteroidetes”） 第I目 “拟杆菌目”(“Bacteroidales”) 第I科 拟杆菌科(Bacteroidaceae) 第I属 拟杆菌属(Bacteroides)

第II属 线形醋酸菌属(Acetofilamentum) 第III属 醋微菌属(Acetomicrobium) 第IV属 醋热菌属(Acetothermus) 第V属 棍状厌氧菌属(Anaerorhabdus) 第VI属 巨单胞菌属(Megamonas) 第II科 理研菌科(“Rikenellaceae”) 第I属 理研菌属(Rikenella) 第II属 海洋滑行菌属(Marinilabilia)

第III科 “卟啉单胞菌科”(“Porphyromonadaceae ”) 第I属 卟啉单胞菌属(Porphyromonas) 第II属 (Dysgonomonas)

第IV科 “普雷沃氏菌科”(“Prevotellaceae”) 第I属 普雷沃氏菌属(Prevotella)

第II纲 “黄杆菌纲”(“Flavobacteria”) 第I目 “黄杆菌目”(“Flavobacteriales”) 第I科 黄杆菌科（Flavobacteriaceae） 第I属 黄杆菌属(Flavobacterium) 第II属 伯杰氏菌属(Bergeyella)

第III属 二氧化碳嗜纤维菌属(Capnocytophaga) 第IV属 食纤维菌属(Cellulophaga) 第V属 金黄杆菌属(Chryseobacterium) 第VI属 居间菌属(Coenonia) 第VII属 稳杆菌属(Empedobacter) 第VIII属 冰冷杆菌属(Gelidibacter) 第IX属 鸟杆菌属(Ornithobacterium) 第X属 极杆菌属(Polaribacter) 第XI属 冷屈挠菌属(Psychroflexus) 第XII属 冷蛇菌属(Psychroserpens)

第XIII属 立默氏菌属(Riemerella) 第XIV属 (Saligentibacter) 第XV属 威克斯氏菌属(Weeksella) 第II科 “类香味菌科”(“Myroidaceae”) 第I属 类香味菌属(Myroides) 第II属 冷单胞菌属(Psychromonas)

第III科 “蟑螂杆状体科”(“Blattabacteriaceae”) 第I属 蟑螂杆状体属(Blattabacterium)

第III纲 “鞘氨醇杆菌纲”(“Sphingobacteria”) 第I目 “鞘氨醇杆菌目”(“Sphingobacteriales”) 第I科 鞘氨醇杆菌科（Sphingobacteriaceae） 第I属 鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium) 第II属 上地杆菌属(Pedobacter)

第II科 “腐败螺旋菌科”(“Saprospiraceae”) 第I属 腐败螺旋菌属(Saprospira) 第II属 束缚杆菌属(Haliscomenobacter) 第III属 赖文氏菌属(Lewinella)

第III科 “屈挠杆菌科”(“Flexibacteraceae”) 第I属 屈挠杆菌属(Flexibacter) 第II属 环杆菌属(Cyclobacterium) 第III属 噬纤维菌属(Cytophaga)

第IV属 (Dyadobacter)第V属 弯杆菌属(Flectobacillus) 第VI属 薄层菌属(Hymenobacter) 第VII属 新月菌属(Meniscus) 第VIII属 微颤菌属(Microscilla) 第IX属 古字状菌属(Runella) 第X属 螺状菌属(Spirosoma)

第XI属 生孢噬纤维菌属(Sporocytophaga) 第IV科 “火色杆菌科”(“Flammeovirgaceae”) 第I属 火色杆菌属(Flammeovirga) 第II属 柔发菌属(Flexithrix) 第III属 桃色杆菌属(Persicobacter) 第IV属 栖热线菌属(Thermonema) 第V科 泉发菌科(Crenotrichaceae) 第I属 泉发菌属(Crenothrix) 第II属 噬几丁质菌属(Chitinophaga) 第III属 红嗜热盐菌属(Rhodothermus) 第IV属 曲发菌属(Toxothrix)

第BXXI门 梭杆菌门(Fusobacteria phy. nov.)

第I纲 “梭杆菌纲”(“Fusobacteria”) 第I目 “梭杆菌目”(“Fusobacteriales”)

第I科 “梭杆菌科”(“Fusobacteriaceae”) 第I属 梭杆菌属(Fusobacterium) 第II属 泥杆菌属(Ilyobacter) 第III属 纤毛菌属(Leptrotrichia) 第IV属 生丙酸菌属(Propionigenium) 第V属 塞巴尔德氏菌属(Sebaldella) 第VI属 链杆菌属(Streptobacillus) 第II科 未定

第I属 鲸杆菌属(Cetobacterium)

第BXXII门 疣微菌门(Verrucomicrobia phy. nov.)

第I纲 疣微菌纲(Verrucomicrobiae) 第I目 疣微菌目(Verrucomicrobiales) 第I科 疣徽菌科(Verrucomicrobiaceae) 第I属 疣微菌属(Verrucomicrobium) 第II属 突柄杆菌属(Prosthecobacter) 第II科 (Xiphinematobacteriaceae) 第I属 (Xiphinematobacter)

第BXXIII门 网球菌门(Dictyoglomus phy. nov.)

第I纲 “网球菌纲”(“Dictyoglomi”) 第I目 “网球菌目”(“Dictyoglomales”) 第I科 “网球菌科”(“Dictyoglomaceae”) 第I属 网球菌属(Dictyoglomus)

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