常用分子生物学软件

分子生物学软件介绍

刘吉平讲师 Bioscau@ /zhw xxx/index.htm

一、实验准备阶段 一般要查一些与实验相关的文献,以便对自己所要做课题的最新进展有一个基本的了解，从而确定自己的实验策略。较常使用软件：Reference Manager 9.0

1.Reference Manager 9.0可以在线通过查找关键词搜索PubMed和609个Z39.50数据库中的专业资料,同时保存查找的资料为本地文件。

资料内容和记录分上下两个屏幕，如有全文或想连接网络时敲键盘就可到相应的全文文章和摘要。可以直接在WORD中查找资料，并插入引用。在文章中对引用的文献可以格式化，引用的参考资料格式有很强的用户自定义功能，可以符合各种杂志对引用格式的要求，引用时不用多窗口切换。

2. Endnote 3.1.2

是一个在线专业资料查找系统,可以保存查找资料,并在文章中对引用格式化.

二、 实验实施阶段

随着实验的进行，就必须对实验过程中的DNA、RNA和蛋白质的信息进行各种处理，包括限制酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域(motif)查找、RNA二级结构预测、蛋白二级结构分析、三维结构显示等方面的内容。

1、 综合软件Omiga 2.0

Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件，它还兼有引物设计的功能。主要功能：编辑、浏览、蛋白质或核酸序列，分析序列组成。用Clustal. W进行同源序列比较，发现同源区。查找核酸限制性酶切位点、基元（Motif）及开放阅读框（ORF），设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点（Proteolytic Sites）、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格显示，表格设有多种分类显示形式。另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。

DNASIS 2.5

DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA、RNA、蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能，足可满足一般实验室的要求。在DOS时代，DNASIS 7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件，因此我们有理由期待Win版的DNASIS 会带给我们惊喜。

DNATools 5.1

与Omiga, DNAsis, PCgene等属于同一类的综合

性软件,操作简单功能多。

DNATools设计的用户友好、强大，快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得

的序列相关信息。

DNATools包容性很好，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。

DNATools

若你的序列是DNATools格式时（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的载入序列，程序模式调整成可以接受载入的数据类型（蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列，而不必通过它们的文

件名。

DNATools

为避免丢失数据和你的工作，DNATools包括几个挽救丢失数据的功能：一个5层的撤销/重复功能，重新获得原始序列的恢复功能，项目中加入新文件时的安全备份功能，以及在一定的时间间隔作完

全备份或备份你的工作。

2、限制酶切位点分析

DNAssist 1.0原因是大多软件只对线性序列进行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt环状的序列就找不到EcoR I的位点。DNAssist 1.0能很容易把这个EcoR I位点找出来。另外DNAssist在输出上非常完美，除了图形、线性显示外，还有类似DNASIS的列表方式，列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）。

3、 引物设计

Primer Premier5.0

是由加拿大Premier公司

开发的专业用于PCR或

测序引物以及杂交探针

的设计和评估的软件，

和Plasmid Premier2.02一

起是该公司推出的最新

的软件产品。其主要界

面同样也是分为序列编

辑窗口（Genetank），

引物设计窗口（Primer

Design），酶切分析窗

口（Restriction Sites）和

Motif分析窗口。

Primer Premier5.0

4、 序列的同源比较（Alignment）

GeneDoc 3.2

GeneDoc能用用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，输出的格式一目了然，而且可以报告为进化树的格式。选择项多，可以达到所需的要求。功能多又强，但要完全掌握，并不是很轻松的

事。

MACAW 2.05

多序列构建与分析工作台软件(Multiple Alignment Construction & Analysis

Workbench, MACAW)是一个用来构建与分析多序列片段的交互式软件。

MACAW

具有几个特点：1. 新的搜索算法查寻类似区，消除了先前技术的许多限制。2. 应用一个最近发展的数学原理计算block类似性的统计学显著性。3. 使用各种视图工具，可以评估一个候选block包含在一个多序列中的可能性。4． 可以很容易地编辑每一个block。在多序列中查找一个类似片段并不是一件简单的事，主要是因为要查找的量极大。这正是MACAW所要解决的问题。

Clustal X

用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较（multiple sequence alignment）的软件。 多序列比较在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子 进化分析方面均有很大帮助，Clustal X很适合这些方面的要求。

5、 质粒绘图

Gene Construction Kit 2.0

这一个非常好的质粒构建软件包。与大多数分析的软件不同，它制作并显示克隆策略中的分子构建过程；包括质粒构建，模拟电泳条带；当然还可以质粒作图（有无序列均可）。通过它绘出来的图还可以继续用来构建克隆策略图谱。只是该软件由于功能太强，使用起来也不简单；幸亏它附有详细的使用帮助，认真研究

后，应该没有问题。

Plasmid Premier2.02 是由加拿大的Premier Biosoft公司推出的用于质粒作图的专业软件，主要用于进行质粒作图，质粒特征分析和质粒设计。其主要界面分为序列编辑窗口（Genetank），质粒作图窗口（Plasmid Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。打开程序就可进入序列编辑窗口，可以直接打开Genbank或Vector数据库中已知质粒的序列文件，将序列读入，并将有关于质粒的各种特征，包括编码区，启动子，多克隆位点以及参考文献等信息保存在Header中；也可以直接输

入序列进行未知质粒的设计。

6、 结构域（motif）查找

Primer Premier 5.0

的结构域查找功能与它的引物设计一样强，结果能以图形、表格、序列三种方式输出。同时还提供了一些未知的结构域的列表；当然软件本身也提供了大量

的已知结构域的序列。

7、 RNA二级结构预测

RNAdraw

是一个进行RNA二级结构计算的软件。 1. 它 是Windows下的多文档窗口 (multiple document interface) 软件，允许你同时打开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些基本功能：打开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。2. RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单打开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。 3. RNA文库（RNA Library）用一种容易操作的方式来组织

你所有的RNA数据文件。

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/grx1.html