Gauss计算步骤

更新时间:2024-04-02 12:15:01 阅读量: 综合文库 文档下载

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1) Chemdraw画出相应结构式,注意芳香性分子的结构应用“”

表示,分子结构完成之后与正常情况下画出分子相比较,看看有没有缺少C或者H原子。

2) 确认结构无误后,将芳香性分子粘贴到Chem3D Ultra 8.0中(ChemBio3D Ultra 12.0中无MOPAC且粘贴后分子容易出错)

3)点击MOPAC→minimize energy

4) 点击run之后,得到半经验计算构象

5) 点击Gaussian→create input file

此处计算的是自由基负离子所以只能选择open shell,unrestricted open shell表示分别计算α和β电子,自由基阴离子net=-1,spin为2,自旋多重度=2S+1,即单电子数目加1

6)点击create之后弹出保存按钮对话框,保存成.gjf文件

7)启动GaussView5.0,file→open打开刚才保存的.gjf文件

8)calculate→Gaussian calculation setup

此处选择optimization,收敛标准选择use tight convergence criteria

Method选择基态;charge=-1,spin=2;选择极化函数+弥散函数

Job title用于给文件命名

此处memory limit用于指定计算所占内存大小,高斯使用默认的内存48M,1MW=8 MB;shared processors用于指定多核处理器,本实验室计算工作站可以选择4,高斯默认为1.

一般进行结构优化以及频率计算的时候不保存chkpoint file文件,等单点能以及激发态计算的时候才保存chkpoint file文件。

一般ignore symmetry,即忽略分子对称性,因为有时计算结果分子对称性会发生变化;Use Maxdisk用于指定计算所用硬盘大小,默认2G,一般都设置的比较大一点,要不然计算可能出错,我一般用10G或者20G. 再后面的Guess(初始猜测)、NBO(成键轨道分析)和Solvation(溶剂化)不用管。

9) 参数设置完成,在检查一遍无错误后,点击edit→save即保存

Gaussian optimization的input文件,文件类型Gaussian input file。 10)点击save会弹出一个写字板文件信息,上面分别记载了计算的一些设置以及原子坐标信息

11)关闭写字板文件,会弹出一个提交Gaussian计算的对话框,点击cancel。

12)启动Gaussian 09,file→open打开刚才保存的Gaussian input file文件,再次确认计算指令信息无误后点击软件右上角的run按钮,即可进入计算程序进行构象优化。

13) 计算结束,得到高斯计算结果Gaussian Output File,构象优化是计算最耗时部分,一般大于10个小时。

14) 打开Gaussview,file→open打开构象优化得到的Gaussian Output File文件,calculate→Gaussian calculation setup进行下一步频率计算的参数设置。

Job type选择frequency,其他选择默认不进行改动,注意频率计算必须和构象优化使用同一基组,要不然频率计算将失去意义。 15) 同构象优化一样,参数设置完毕,点击edit,保存文件为Gaussian input file,按照构象优化相同程序进入频率计算。

16)频率计算结束后,输出文件是Gaussian Output File,打开Gaussview,file→open打开频率计算得到的Gaussian Output File文件,点击Results→vibration,弹出如下对话框,检查有无虚频:

无虚频则说明得到的是最有构象,出现虚频则说明构象优化不正确,可以改变初始给系统的构象、分子对称性、收敛标准等重新优化。

OPT(MAXCYCLE=200,MAXSTEP=1)

1 Hartree=627.5kcal/mol=27.21138ev

本文来源:https://www.bwwdw.com/article/grhr.html

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