基于全基因组snp数据如何进行主成分分析

1）全基因组snp数据格式为 .vcf

2）利用vcftools软件进行格式转换：vcftools --vcf tmp.vcf --plink --out tmp 此时会生成两个文件：tmp.ped 和 tmp.map

3）利用plink软件进行数据格式转换：./plink --noweb --file tmp --make-bed --out tmp 注意，输入文件和输出文件都不需要文件名的后缀，此时生成3个文件：tmp.bed，tmp.bim 和 tmp.fam

4）利用gcta软件进行pca构建

4.1 ./gcta --bfile tmp --make-grm --autosome --out tmp 此时生成一个文件：tmp.grm.gz

4.2 ./gcta --grm tmp --pca 3 --out pcatmp

此时生成两个文件：pcatmp.eigenval 和 pcatmp.eigenvec

5）将生成的pcatmp.eigenvec用文本编辑器打开，在最上面加入一行：1 2 pc1 pc2 pc3（之间以空格隔开），保存 6）打开R软件

6.1 输入文件：a <- read.table(\6.2

绘

散

点

图

：

plot(a$pc1,a$pc2,

pch=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10),

col=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10) , main=\6.3

添

加

图

例

：

legend(\pch=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10),

c(\col=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)) 文件 > 另存为 > Jpeg or Tiff

That's all, Game over. 再次向基因组-health (213256700)予以致谢！

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