R语言制作GWAS-曼哈顿图-自编教程
更新时间:2023-04-22 20:30:01 阅读量: 实用文档 文档下载
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R语言制作曼哈顿图-自编教程
一、TXT文件格式
(1)在excel格式(带表)头如下:
(2)“另存为”“文本文件(制表符分割)(*.txt)”
二、R语言制图
1、改变所在R语言工作目录(所在文件目录)
2、更改所编程语言的检验水平线(P=0.05和P=0.01)
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在“1”和“2”处的取值分别代表着显著水平(P<0.05)和极显著水平(P<0.01),分别取值为:0.05÷SNP数目。
3、更改导入的“TXT”文件和保存的“pdf”文件名:
程序语言如下:(只输入双虚线中间的语言部分)
==========================================================
manhattan<- function(dataframe, pchsize=19, colors=c("gray10", "gray100"), ymax="max", limitchromosomes=1:19, suggestiveline=-log10(1.78916E-08), genomewideline=-log10(8.94582E-08), annotate=NULL, ...) {
d=dataframe
if (!("CHR" %in% names(d) & "BP" %in% names(d) & "P" %in% names(d))) stop("Make sure your data frame contains columns CHR, BP, and P")
if (any(limitchromosomes)) d=d[d$CHR %in% limitchromosomes, ]
d=subset(na.omit(d[order(d$CHR, d$BP), ]), (P>0 & P<=1)) # remove na's, sort, and keep only 0<P<=1
d$logp = -log10(d$P)
d$pos=NA
ticks=NULL
lastbase=0
colors<- rep(colors,max(d$CHR))[1:max(d$CHR)]
if (ymax=="max") ymax<-ceiling(max(d$logp))
if (ymax<8) ymax<-8
numchroms=length(unique(d$CHR))
if (numchroms==1) {
d$pos=d$BP
ticks=floor(length(d$pos))/2+1
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} else {
for (i in unique(d$CHR)) {
if (i==1) {
d[d$CHR==i, ]$pos=d[d$CHR==i, ]$BP
} else {
lastbase=lastbase+tail(subset(d,CHR==i-1)$BP, 1)
d[d$CHR==i, ]$pos=d[d$CHR==i, ]$BP+lastbase
}
ticks=c(ticks, d[d$CHR==i, ]$pos[floor(length(d[d$CHR==i, ]$pos)/2)+1])
}
}
if (numchroms==1) {
with(d, plot(pos, logp, ylim=c(0,ymax), ylab=expression(-log[10](italic(p))), xlab=paste("Chromosome",unique(d$CHR),"position"), ...))
} else {
with(d, plot(pos, logp, ylim=c(0,ymax), ylab=expression(-log[10](italic(p))), xlab="Chromosome", xaxt="n", type="n", ...))
axis(1, at=ticks, lab=unique(d$CHR), ...)
icol=1
for (i in unique(d$CHR)) {
with(d[d$CHR==i, ],points(pos,pch=pchsize, logp, col=colors[icol], ...))
icol=icol+1
}
}
if (!is.null(annotate)) {
d.annotate=d[which(d$SNP %in% annotate), ]
with(d.annotate, points(pos, logp, col="green3", ...))
}
if (suggestiveline) abline(h=suggestiveline, col="blue")
if (genomewideline) abline(h=genomewideline, col="red")
}
d=read.table(file="GLM_眼肌面积_胴体重协变量.txt", header=TRUE)
pdf("GLM_眼肌面积_胴体重协变量.pdf");
manhattan(d, limitchromosomes=1:30,colors=c("#234589", "red","#431287", "green"), pchsize=19);
dev.off();
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