crystal maker 教程

第一章 界面介绍

本章详细介绍了Crystalmaker的操作界面，便于用户选择操作命令和保存文件。本章所有的图片都是在Mac OS X 10.5 “Peopard”上获得的。

菜单介绍

Crystalmaker (Mac version) 记录、应用文件，隐藏或退出程序 File 打开、创建、保存和关闭文件。输出相关的文本和图片

Edit 编辑文本、结构和化学键；拷贝图片到剪切板，或者取消上步操作 Selection 选择原子相关的操作，例如标注、显示、隐藏原子 Model 选择结构模型显示的形式

Rendering 对模型的显示进行不同的设置

Transform 旋转、测量图片命令。可以测量化学键角度，或者产生粉末/单晶衍射花样 Window 对Crystalmaker操作界面进行设置 Help 提供在线帮助和用户手册

图片界面

结构在图片界面中显示。选择Window > Show Ruler可以添加标尺。

图片面板

结构主要在图片面板中显示，在这里可以对结构进行旋转和测量操作，或者使用快捷键对其进行操作。

工具栏

工具栏是对工具板的很好补充。对于常用的命令还设置了快捷键。

打开或关闭工具栏：

选择Winsow > Show/Hide Toolbar

Sidebar包括Site Browser和Notes pane 打开/隐藏Sidebar的两种方法： (1) 点击Toolbar上的Sidebar;

(2) 选择Window > Show/Hide Sidebar

隐藏Notes pane的三种方法：

(1) 点击Toolbar上的Notes pane来显示/隐藏Notes pane； (2) 双击Sidebrowser和Notes pane之间的分隔栏；

(3) 把Sidebrowser和Notes pane之间的分隔栏拖动到最下面

隐藏Site Browser的方法：

(1) 把Sidebrowser和Notes pane之间的分隔栏拖动到最上面；

Site Browser

Site Browser提供关于结构中原子的信息。可以按照元素、位置标注对列表进行重新排列、 同时在Site Browser中，可以对原子的颜色、可见度、标注以及半径进行编辑，并对单个位置或者同元素的原子簇进行编辑。

Notes pane

在Notes pane中，可以保存关于结构的文本信息

Overview Window

Overview Window提供关于复杂结构的动画和视频制作、文件浏览以及结构输出的具体细节等信息，由Views, History, file和Log四部分构成。

View Pane

View pane有以下用处：

(1) 记录从特定视角观察晶体的图片； (2) 在统一界面中同时操作几个晶体； (3) 制作动画和视频

创建操作结构的视图，方法有二：

(1) 点击window toolbar中的Snapshot； (2) 选择File > Take Snapshot

一张结构图片就会出现在View pane中。

从已有文件中创建视图：

(1) 把一个或多个文件拖动到Views pane中。每个文件就会加载到Graphics window中，缩略图会再在到Views pane中；

(2) 当Views pane可视时，点击Add按钮

，然后选择想要加载的文件。

加载一个视图：

点击views pane中的视图，使用键盘上的箭头进行选择。

重新排列视图：

点击并拖动视图，对其进行重排

重命名视图：

点击视图文件，输入新的文件名，按Return或enter键完成设置

更新视图：

用户可以重新生成一个视图，以匹配与现在显示的结构： 右键单击要选择的视图，选择Replace with current view

同步视图

Crystalmaker强大之处在于它能快读的同步多个窗口。这样，如果一个视图和另一个相关，用户可以对它们的显示进行设置，诸如原子颜色、渲染样式、位向、尺寸等。

使用同步命令：

(1) 确保主视图在Graphics window的最前面，这个结构的设置将应用到所有的其他结构中； (2) 选择Transform > Synchronize命令；

(3) 出现一个对话框，显示需要同步哪些视图； (4) 点击OK开始同步。

动画视图

Overview Actions菜单

上的Play命令，可以反复播放视图，同时还可以全屏播放或者结

构旋转。用户可以控制播放的速度。按 escape退出动画播放。

从视图中生成视频 使用Overview Actions菜单

上的Play命令，可以生成一个Quicktime视频。这在展示结

构行为和相转变时比较有用。

Files Pane

用户可以在这个面板上管理最近的文件，并在快速的在不同的结构间进行切换。

新近打开的文件会显示在Files Pane的左上角。用户也可以把未打开的结构加到Files Pane中，并会显示为缩略图。

添加文件到Files Pane：

(1) 把一个或多个文件拖动到Files Pane中； (2) 或者点击Overview上的Add按钮

，然后选择想要加载的文件。

把文件从Files Pane移除：

(1) 右键点击文件缩略图，选择Remove命令； (2) 点击window’s Actions按钮

，选择Clear Files List，移除所有文件。

重新排列缩略图：

点击拖动缩略图，对其进行重新排列。

使用Files Pane打开一个文件：

(1) 点击文件的缩略图，在现在窗口中打开文件；

(2) 右键点击缩略图，选择Open in New Window，在新窗口中打开文件。

显示Slideshows和Animations

使用Views pane，我们可以使用Files pane中的文件来展示Animated slideshows。选用Overview Actions 菜单

。

History Pane

Crystalmaker会跟踪文件修改，并把它们显示在History Pane中。

History Pane左上侧的缩略图为用户最近打开的文件；接下来的缩略图代表按时间顺序编辑过的文件。点击缩略图，转到那个阶段的文件。

Log Pane

Overview window上的Log Pane显示了状态信息和屏幕工具的操作结果和化学键搜索结果。 用户可以把Log Pane中的信息拷贝到其他程序中。在Overview Actions 菜单

中，选择

Text Options可以对文本进行编辑。

工具面板(Tools Palette)

工具面板中的屏幕工具，可以操作、测量和编辑结构。测量工具加上旋转工具，可以对晶体进行精确位向操作。

用户可以在键盘上输入相应的字母来选择工具。 在工具面板的最上面，会显示晶体结构或单分子的彩色图片：这是显示是否在分子模式的快捷方法。分子模式用来描述原子团以及其它没有长程对称的结构。

使用工具面板

选择Window > Palettes显示工具面板。所有窗口的大小和位置都在在上次退出程序时自动保存。

设定工作台

选择Window > Workspace，在其子菜单中显示工作台。

全屏模式

Crystalmaker支持全屏模式，便于用户专注于结构。

全屏模式下，Graphics window会自动调整以适应全屏的尺寸。通过把鼠标移至屏幕的上部，用户仍然可以使用菜单命令。

进入全屏模式：

点击window toolbar或者Tools palette上的Full Screen按钮，或者快捷键F。

退出全屏模式： (1) 按Escape键；

(2) 或者点击Tools pallete中的Standard Screen，快捷键F。

在线帮助系统

Crystalmaker的在线帮助可以通过以下途径获得： (1) 选择Help菜单；

(2) 点击一些出口中左下角的Help； (3) 点击F1。

第二章 软件预览

本章分为三个连续的部分，分别介绍Crystalmaler的不同功能。第一部分我们将建立一个新的晶体结构，包括对称性和化学键。第二部分我们研究不同的显示选项，包括图形样式和不同的模型类型。最后一部分我们将使用程序中的不同工具来测量结构、显示配位团，以及以文本文件和网页的方式输出数据。

第一节 建立无机物晶体结构

本节我们介绍如何创建、显示和保存一个新的晶体结构。我们将以和其他无机物结构类似MgAl2O4为例。

结构数据

在Crystalmaker中，可以使用数据编辑器来编辑晶体常数、对称性以及位置坐标。同时还可以编辑颜色、原子半径，定义化学键等。 使用以下结构数据：

输入结构数据

(1) 选择File > New Crystal命令； (2) 出现以下Edit Crystal对话框：

(3) 在Spacegroup栏中输入以下字符： F d 3 m [origin 2]

(字符间留空格)。如果输入格式错误，Crystalmaker会提醒用户。

如果空间群符号输入正确，只有一个晶格常数会保留。Crystalmaker识别出输入的空间群符号对应一个立方晶体，并且只需要a单胞参数。 (4) 按Tab键移至a栏，输入8.08，对话框如下：

(5) 现在我们需要考虑晶体的非对称基元中的三个位置，对于每个位置，Crystalmaker需要以下信息：

位置标注(最多六位字符，字符间不能有空格)；

一个或多个化学符号以及它们的占位率值(Crystalmaker使用元素符号来决定其原子半径和原子颜色；元素符号可以是一个或两个字母)；

(3) 选择Plain background按钮，然后点Colour按钮，出现颜色选择框； (4) 选择一个新的颜色，在Preview长方形中显示预览； (5) 点击Apply完成设置； (6) 关闭Model Options窗口。

旋转晶体

Crystalmaker允许使用鼠标进行晶体旋转： (1) 点击晶体结构；

(2) 点击工具面板中的旋转工具

；

(3) 把鼠标移至结构上，光标变为一个开放的手，表明是可以旋转的； (4) 点击并按下鼠标，光标变为一个握紧的手；

(5) 始终按下鼠标，在屏幕内缓慢的移动，晶体随之旋转；

为了控制旋转，我们需要了解鼠标是如何相对于屏幕旋转轴移动的。Crystalmaker使用了一组正交轴，标记为XYZ。这与晶体学的坐标不同。

Crystalmaker的屏幕坐标轴相对于屏幕保持不变：X轴从左到右；Y轴从下到上；Z轴从屏幕里到外：

绕X轴旋转： 上下垂直移动鼠标

绕Y轴旋转： 左右水平移动鼠标

绕Z轴旋转：

按住shift键，瞬时针或逆时针拖动鼠标

指定旋转角度：

鼠标旋转虽然有用，但不精确。我们需要使用工具面板上的旋转工具，对晶体沿Z轴精确旋转30度：

(1) 在旋转面板上会显示一个默认旋转角度，这个角度可以在下拉菜单中进行选择； (2) 点击角度，选择30；

(3) 点击+Z(或者按数字键盘上的1或9)。晶体绕Z轴进行旋转。

定义观察方向

另一种改变晶体位向的方法是定义一个晶体学观察方向，即在晶体内定义一个方向，让其平行于Z轴。

可以通过以下两种方法定义观察方向： (1) 晶向坐标[UVW]；

(2) 晶面坐标(hkl)，(hkl)为晶面的米勒指数。

让我们从[111]晶向观察尖晶石晶体：

(1) 选择Transform > Set View Direction，显示窗口：

(2) 确保Lattice Vector按钮被选择； (3) 在三个数值框中都输入1； (4) 点击OK；

晶体会沿[111]方向重新画出。

改变晶体模型

Crystalmaker中提供六种模型结构：Ball and Stick，Space Filling，Polyhedral，Wireframe，Stick and Thermal Ellipsoid。

对于每种模型，用户都可以选择是否显示：单胞外形，轴矢量，表面覆盖 不同的模型可以在Model菜单中选择。

渲染模型

目前位置结构在Crystalmaker中显示彩色模型。如果用户想要预览灰色的激光打印效果，可以选择Greyscale模型得到高质量的灰色效果。

另外，对于要在期刊上发表的图片，Black & White模型会比较合适。 使用Rendering菜单，可以在不同的渲染效果之间进行切换。

改变原子样式

现在我们开始研究原子的样式

(1) 在Model菜单中选择Ball-and-stick； (2) 选择Model > Model Options；

(3) 点击Atoms显示Atom Options面板。 列表中显示了非对称单元中所有位置，按元素排列。用户可以打开或关闭原子组来显示单个位置。每个原子和位置都对应有原子球、热椭圆体和多面体样式。 点击选择一个新的原子样式。 (4) 实验不同的原子样式； (5) 点击Apply完成设置。

改变化学键样式

我们可以为不同的化学键选择不同的样式。

(1) 点击Model Options中的Bonds，出现原子键列表，包括Al-O键和Mg-O键以及它们的原子键样式和颜色；

(2) 编辑Al-O键样式，点击原子键样式下拉菜单，选择一个新的样式； (3) 点击Apply按钮完成设置。

改变多面体样式

下面，我们给予尖晶石晶体中不同Mg和Al位置以不同的多面体样式。 (1) 选择Model > Polyhedral命令；

(2) 选择Model > Model Options命令打开Model Options窗口； (3) 点击Atom显示Atom Options面板；

(4) 定位Al元素行，在多面体栏上点击并按住鼠标，出现多面体样式下拉按钮； (5) 选择Stripe-Fill Solid；

(6) 点击Mg多面体栏，从下拉菜单中选择Plain Solid 样式； (7) 确保氧多面体样式为Blank，出现一个红色十字； (8) 点击Apply完成设置，出现类似以下的图片：

使用位置浏览器

位置浏览器显示了晶体中所有的位置，按照原子类型排列。用户可以改变单个位置的颜色，或者隐藏、标注位置。 改变原子颜色：

(1) 确保结构是以colour model(Rendering > Colur)或Ball&Stick model (Model > Ball&Stick)模式显示；

(2) 如果位置浏览器不可见，先使window Sidebar 可见(Window > Show Sidebar)，并确保这包含Site Browser(Window > Sidebar > Site Browser)； (3) 定位Al元素行，点击颜色按钮，出现颜色选择框； (4) 选择一个新的颜色。

按类型孤立原子

(6) 移至Site Browser，定位O元素行；

(7) 第三列“Vis”包含复选框，表示是否显示原子或元素。点击氧元素后Vis复选框隐藏所有氧元素：

(2) 在Direction 1中输入111，选择它为Plane Normal，这样Direction 1现在代表了(111)晶面；

(3) 在Vector 2中输入001，选择它为Lattice Vector，这样Direction 2现在代表了[001]晶向； 晶面和晶向间的角度会显示在对话框下面；

(4) 点击Calculate按钮，计算的角度会显示在Log中。

隐藏原子

在前面章节我们定义了沿晶体学坐标方向的原子范围(Transform > Set Range)。Crystalmaker中的选择工具也可以用来进行原子范围的改变。

隐藏原子团

可以使用选择工具选择不同形状的结构区域。 (1) 点击箭头工具

；

(2) 在图片窗口中选择一个矩形区域；

(3) 选择Selection > Hide > Unselected Atoms命令，结构中为只显示选定的原子； (4) 选择Selection > Show All命令，显示所有原始原子。

隐藏单个原子 (5) 选择

工具；

(6) 点击一个原子，其会很快消失；

(7) 选择Selection > Show All命令，显示所有原子(或者如果使用使用Edit > Undo命令)。

工具只进行了一次操作，

配位环境

我们已经介绍了一些强有力的选择工具，可以选择晶体模型的任何区域。不过，如果我们再掌握了Spherical选择工具，软件使用起来会更加方便。

Crystalmaker允许用户观察圆形的原子团。我们可以使用这个功能来研究尖晶石晶体中Al原子周围的键合环境。

(1) 选择Transform > Define Cluster命令，出现Define Cluster对话框：

(2) 确保Around site被选定；

(3) 在下来菜单中选择Al，原子的位置坐标会显示出来；

(4) 如果我们想显示位置周围2.5埃范围内的所有原子，Inner Radius设定为0，Outer Radius设定为2.5；

(5) 点击OK继续。结构会重画，只显示以Al为中心周围的原子，本例中会显示一个AlO6原子团。 修饰

接下来，我们使用这个AlO6原子团来实验单个原子和化学键的样式。 (1) 使用箭头工具选择中心原子Al；

(2) 选择Selection > Atoms > Style命令，在菜单中为中心原子选择一个新的样式； (3) 使用以上步骤，为原子团中的氧原子选择一个新的样式； (4) 点击选择一个自定义的氧原子；

(5) 按住shift键，点击中心Al原子。选定的原子会加亮；

(6) 选择Selection > Bonds > Style命令，出现Bond Style对话框；

(7) 在下拉菜单中为化学键样式选择点划线，并使用颜色按钮改变线的颜色； (8) 点击OK键完成设置。

生成化学键文件

如果用户想要记录晶体中化学键长度和角度的信息，可以在Crystalmaker中生成一个详细列表，并存储为化学键文件。这个文件包含了单胞中所有原子的位置坐标，以及每个非对称基元中原子的化学键角度和长度。用户可以使用任何文字或文本编辑器对化学键文件进行编辑。文件的格式详见第10章。

(1) 选择File > Export > Bond Data 命令，出现一个文件对话框； (2) 设定一个文件名和存储路径，点击save按钮；

(3) Crystalmaker生成一个原子和化学键列表，并保存到磁盘。用户可以使用文字编辑器查看这些化学键文件。

输出网页

最后，我们以网页的形式输出关于尖晶石结构的信息。 (1) 网页上图片会和屏幕中图片的大小相同；

(2) 选择File > Export > Web Page命令，出现文件对话框，设定一个文件名和存储路径； (3) 点击Save继续，Crystalmaker会生成一个HTML文件； (4) 定位文件位置，使用Web浏览器打开。

第三章 构建晶体

本章介绍如何在Crystalmaker中创建新的晶体，并对它们进行展示和编辑。我们从检查确定晶体需要哪些数据开始。接下来介绍晶体编辑器以及它先进的对称性选择。然后我们介绍如何确定化学键和多面体。最后介绍如何改变原子的颜色和半径，并把这些保存为默认设置。

元素、原子和位置

为创建和编辑晶体，我们首先需要了解Crystalmaker如何区分原子、元素和晶体学位置。 构建晶体需要三个主要因素：晶格常数，空间群以及非对称基元。

对于单胞中的每个原子，Crystalmaker需要它的位置标注，最少一个化学元素符号及其占位率，分数坐标。

位置标注

位置标注用来确定非对称单元中一个独特的位置，其最多为六位字符(字母或者数字)，不能是空格。 占位率

Crystalmaker以及其他程序(CrystalDiffract)需要知道在特定位置上是什么原子占据，以及其相应的比例。原子以其化学元素符号相区分，为一位或者两位字符，并且只能包括字母。 理想晶体中，每个位置只有一种原子占据；其占位率为1。但是，实际晶体中，一些位置显示部分占据，或者无序原子分布中的多重占据。因此，Crystalmaker允许我们定义每个位置最多三个元素符号，每个元素拥有部分展位数值。

例子 1

高温超导体中Ag离子无序排列。假设Ag离子部分占据，但是位置间对称，标注为“M1”。每个位置包含Ag原子的几率为10%。这样，占位率可以写做如下： M1 Ag 0.1

例子 2

一种矿物质中Al和Si原子在四面体位置上为无序排列。晶体结构中，T1位置含有Si的几率为75%，含有Al的几率为25%；T2位置上含有Si的几率为25%，含有Al的几率为75%。占位率写做如下： T1 Si 0.75 Al 0.25 T2 Si 0.25 Al 0.75

Crystalmaker按照每个位置上占位较多的元素的化学符号为标记。

按照化学元素符号不同，原子可以赋予不同的颜色、半径和化学键。Crystalmaker自动识别周期表中的化学元素，并自动设置每种原子的颜色和原子半径。

温度因素

原子位移参数(温度因素)可以从文本文件(例如CIF,GSAS,PDB,SHELX等)加载到程序中。用户可以使用Model Options中的Atoms面板来自定义显示。

创建新的晶体

创建新晶体的两种方法：

(1) 在文本文件中输入数据。利用文字处理器或文本编辑器来创建一个包含晶体学数据的纯

文本文件(ASCII格式)。然后在Crystalmaker中通过File > Open命令来打开这个文本文件(详见第10章)；

(2) 在Crystalmaker中，使用File > New Crystal命令。

晶体数据编辑器

选择File > New Crystal命令创建新的晶体，或者选择Edit > Structure进行编辑。晶体编辑窗口如下：

此窗口由三部分组成：一、对称数据；二、晶格参数；三、非对称基元中原子列表。

设定对称性

编辑晶体的第一步是以空间群的形式设置它的对称性。

空间群符号

用户可以直接输入空间群，或者点击Browse，然后选择一个空间群。 空间群符号可以以一下三种格式输入： (1) 国际符号

必须输入正确的格式，字符之间要有空格(例如C2/c应该输入“C 2 / c”)。可以使用简写的国际符号(例如“C 2 / c”)，或者使用完整的国际符号(“C 1 2/c 1”)。完整的符号可以进行非传统的对称设置。 (2) Schoenflies符号

必须使用括号，符号间不能有空格。列入C62h应该输做：C2h(6)。 (3) 空间群号

在晶体学国际表中。Crystalmaker假定为空间群的标准设置。

230种空间群都包含在程序中。如果用户的输入不能被Crystamaker识别，警告三角号会出现。

空间群浏览器

在空间群浏览器中，用户可以从列表中选择一个空间群。在Edit Crystal中点击Browse，或者选择Window > Palettes > Spacegroup Browser命令，就可以显示Spacegroup Browser。

(1) CSD Crystalmaker Covalent Radii; (2) CPK Covalent Radii; (3) CPK Van-der-Waals Radii

编辑元素原子的颜色和半径

选择Edit > elements，可以对元素表中元素的颜色和半径进行编辑。

加载不同的元素表：

(1) 在Element Set中选择元素表

(2) 点击Import按钮，就会显示要加载的文件。

保存自定义元素表： (1) 单击Export；

(2) 设定文件名和存储位置，然后完成保存。

编辑已经存在的元素定义： (1) 选择要编辑的元素行；

(2) 点击Radius，输入新的数值，按回车返回； (3) 点击Colour，选择新的颜色； (4) 点击Apply完成编辑。

显示位置浏览器，方法有二：

(1) 选择window > Sidebar > Site Browser命令； (2) 选择Window > Palettes > Site Browser。

改变原子半径：

(1) 选择要编辑的原子； (2) 点击radius；

(3) 输入新的数值，按回车返回。

改变晶体位置的颜色： (1) 选择位置行；

(2) 点击位置颜色按钮，选择一个新的颜色。

改变相同化学元素位置的颜色： (1) 选择化学元素行；

(2) 点击化学元素行颜色按钮，选择一个新的颜色。

重设颜色和半径到默认值：

(1) 在位置浏览器中右键单击显示背景菜单； (2) 选择Apply Default Settings命令。

添加注释

在注释面板中可以添加有关结构的信息，同时，可以对字体，字体颜色进行选择。

显示注释面板：

选择Window > Show Notes。

隐藏注释面板：

(1) 选择 Window > Sidebar > Notes。 (2) 点击Notes按钮(Mac中)。

指定默认文本设置：

(1) 在注释面板中，右键显示菜单； (2) 选择Default Text Options命令。

保存晶体

(1) 以Crystalmaker 二元格式存储。使用File菜单中的Save或者Save As命令； (2) 以Crystalmaker 文本格式存储。选择File > Export > Crystalmaker Text命令。

第四章 构建分子

本章介绍了如何使用CrystalMaker创建新的分子（或原子团）。它还介绍了一些原子互动操作的工具：这些为设计新的结构和建立缺陷提供极大的灵活性。用户可以使用这些工具来编辑晶体或者把晶体转换为 “分子”进行广泛和互动的操作。

构建新分子

构建新分子的两种方法：

(1) 在文本文件中输入原子数据(具体见第10章)

(2) 在CrystalMaker中，选择File > New Molecular命令

输入数据

选择File > New Molecular命令创建新分子，或者选择Edit > Structure命令编辑已经存在的分子。分子编辑对话框如下：

列表中显示了位置标注、坐标和占位率。 如何在列表中添加新原子： (1) 点击Add;

(2) 输入原子标注，最多六位符号； (3) 输入x, y, z的坐标； (4) 输入原子的化学占位率

如果原子位置有序，输入元素符号；如果原子位置无序，输入元素符号以及它们的占位率(就像化学式)，占位率总和最大为1 (5) 点击Return完成编辑。

如何编辑已经存在的原子： (1) 点击想要编辑的项目；

(2) 输入新的数值，点击Return完成编辑。

如何删除原子： (1) 点击选择行； (2) 点击Remove。

生成化学键和多面体

要显示原子键的化学键以及配位多面体，必须定义原子间的键合。有以下三种方法： (1) 在Edit Bond Bonding中指定键合的要求(具体见第3章)； (2) 选择Transform > Generate Bonds命令；

(3) 使用Add/Delete Bond工具定义单独的化学键。

化学键的自动生成

Generate Bonds Now命令是在一个大分子中生成化学键的最方便的途径。Crystalmaker会搜索总半径15%范围内的原子并相应的生成化学键。另外，关于化学键的信息会拷贝到Wdit Bonding中。

如果原子半径太小的话，Generate Bonds Now命令不能找到全部的化学键。由于Crystalmaker的默认设置为无机物，因此对有机物而言，这显得尤为重要。

如果用户的研究主要是无机物晶体或分子，应该使用Edit > Elements命令加载相关的原子半径数值，然后存储为默认值。

手动生成化学键

用户使用工具，可以创建或删除单个化学键。

如果两个选定原子之间没有化学键，使用这个工具会生成化学键；如果已经存在化学键，使用这个工具会删除化学键。

对于大分子，按住shift健，点击工具，Crystalmaker为搜索并生成类似的化学键。

编辑原子

Crystalmaker有一些强大的工具在分子结构中进行原子水平的操作。用户可以选择、移动、旋转、复制或者删除单个原子或者原子团，也可以直接编辑选定的原子。

选择原子

如果只想对晶体的部分进行操作，用户就需要选择这些原子。选定的原子以黄色或红色的光环标注，可以存储到文件。

选定单个原子： (1) 在工具面板中选择

；

(2) 点击想要选择的原子；

(3) 按住shift键，点击选择其他原子。

选择矩形范围内的原子：

(1) 在想选择区域的一角，点击并按住(2) 拖动鼠标选择一个矩形区域； (3) 释放鼠标，选择的原子就会加亮。

选择不规则图形范围内的原子： (1) 在工具面板中选择

；

；

(2) 点击定义选择区域的第一个点，释放鼠标； (3) 继续定义围绕原子的点；

(4) 最后再次点击开始点，完成区域选择，选择区域内的原子就会加亮。

选择圈形区域的原子： (1) 在工具面板中选择

；

(2) 点击并拖动鼠标，定义一个圈形区域； (3) 释放鼠标，区域内原子加亮。

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