autodock操作顺序

一．大分子处理

读取大分子，可以把文件放在file打开时候的默认位置或者是在联网的情况下使用read>read from web

出现了一下的选项：

输入相应的PDB ID即可自动读取

大分子处理的时候主要是除盐除水、加电荷、极性氢等。主要使用的选项是ADT的Edit和Select两个大选项的操作： 读取分子：

在Select中选择select from string

除水和除盐主要使用的是Residue和Atom，模式是residue：HOH* 和Atom：*，点击Add，而后选择ADT的Edit中delete>delete atomset

点击出现的选项中的continue即可。除盐也是一样的步骤。无水无盐的也可以这样操作，但不会对大分子有任何影响。 加极性氢：

选择ADT的Edit中的Hydrogen>Add

出现选项为一下面显示的命令框，仅仅选择其中的polar only，其他的不变。点击OK

加电荷：ADT的Edit>Charge>compute Gasteiger电荷即可，点击OK

选择配体小分子： 打开小分子

选择的小分子的格式主要是PDB、mol2等几个，格式可以在其他读取小分子的软件中进行转换。而后进行保存

进行格子的计算：

选择ligand那行中的Grid选项中进行计算 选择大分子

选择大分子，选择下面的Select Molecular即可

选择配体：

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