分子生物学名词解释
更新时间:2024-04-07 13:56:01 阅读量: 综合文库 文档下载
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第2章
转化:一种生物由于接受了另一种生物的遗传物质而发生遗传性状改变的现象。 核酸(nucleic acid):是以核苷酸为基本组成单位的生物大分子。
cAMP: ATP在酶的催化下,切去两个磷酸,剩下的一个磷酸又可以进一步和糖的第3位的
羟基形成一个新的磷酸酯键,这样生成的化合物中,磷酸和同一个糖环的5和3位形成磷酸二酯键,出现一个环状,称为环腺苷酸(cAMP)。
DNA的一级结构:就是指核苷酸在DNA分子中的排列顺序。因此测定DNA的碱基排列顺
序是分子生物学的基本课题之一。
5’末端:多核苷酸链具有方向性,左侧末端的核苷酸,其糖基第五位碳不参与磷酸二酯键,
称为5’末端,
3’末端:链的另一端,在右侧其糖基第三位碳不参与磷酸二酯键,被称为3’末端。 DNA的甲基化:DNA的一级结构中,有一些碱基可以通过加上一个甲基而被修饰,称为
DNA的甲基化。
发针结构(hairpin):当一条链上的一段序列与另一段序列互补且相离不远时,单链
就会自动折叠回来,形成了局部的双链区,叫做茎(stem),茎的一端由不互补的序列形成一个环(loop),这种结构叫做发针结构(hairpin)
DNA结构的动态性:当存在条件不同时,各不同构象之间还会发生相互转变,造成相
应的功能变化,这种不同DNA结构形式相互转变的现象称为DNA结构的动态性。
DNA的三级结构:指双螺旋链的扭曲。
染色质(chromatin):是指细胞周期间期细胞核内由
RNA组成的复合结构,因其易被碱性染料染色而得名。
DNA、组蛋白、非组蛋白和少量
染色体(chromosome):是指在细胞分裂期出现的一种能被碱性染料强烈染色,并具有
一定形态、结构特征的物体。 携带很多基因的分离单位。只有在细胞分裂中才可见的形态单位。
染色质: 由DNA和组蛋白组成的纤维细丝是许多核小体连成的念珠状结构。
核小体(nucleosome):染色质的基本结构亚基,由约200 bp的DNA和约等量的组蛋
白所组成。是构成真核生物染色质的基本结构单位。
组蛋白:是真核生物体细胞染色质中的碱性蛋白质,富含精氨酸和赖氨酸等碱性氨基酸:
H1、H2A、 H2B、H3和H4。
核基质:为真核细胞核内的网架结构。
顺反子(cistron) 一段可供编码的结构基因,是能够编码合成多肽的DNA的最小单
位,遗传的功能单位,由互补互析决定。由结构基因转录生成的RNA序列亦称为顺反子。
单顺反子(monocistron) 真核的结构基因(及mRNA)是单顺反子,一个蛋白基因
为一个转录单位。
多顺反子(polycistron)原核的结构基因(mRNA)是多顺反子,多个蛋白基因串在
一起为一个转录单位。
DNA的呼吸作用: 在DNA双螺旋结构中,配对碱基之间的氢键处于连续不断的断裂和
再生的动态平衡之中,这种过程常称为DNA链的呼吸作用。
变性(denaturation): 在加热等物理或化学条件作用下,稳定核酸大分子高级结构
的非共价键也会被破坏,随之高级结构瓦解。这个过程称为变性。
复性(也称退火,reannealing):变性成单链的DNA分子在适当的条件下恢复成
双螺旋结构的过程称为复性。
第3章
基因(gene):是原核、真核生物以及病毒的DNA和RNA分子中具有遗传效应核苷酸序列,
是遗传的基本单位和突变单位以及控制性状的功能单位。
表型和基因型:某一机体可以观察到的特征称为表型(phenotype);与表型相应的基因
组成称为基因型(genotype)。
等位基因(allele):
(1)二倍体细胞有2套基因,一套来自父本,一套来自母本,每个细胞的全部基因均由2套基因组成,每一基因称做等位基因。
(2)由于突变作用引起DNA结构变异,所以某基因可具有若干种不同的形式,这种同一基因不同的形式互称等位基因。
基因组(genome):细胞或生物中,一套完整单倍体遗传物质的总和(包括一种生物所
需的全套基因及间隔序列)称为基因组。
C值:生物体的一个特征是一个单倍体基因组全部DNA含量总是相对恒定的。我们把真核
生物单倍体基因组所包含的全部DNA量称为该物种的C值。
C值悖理:无法用已知功能解释基因组DNA的含量。
病毒染色体:病毒核酸或为DNA或为RNA,可以统称为病毒染色体。
基因重叠:即同一段基因可以编码2种或以上的基因产物。
质粒(plasmid):是独立于许多细菌及某些真核细胞染色体外共价闭合环状的DNA分
子(covalent closed circular, cccDNA),能独立复制的最小遗传单位。
结构基因(structural gene):指能转录成为mRNA、rRNA或tRNA的DNA顺序。 内含子和外显子:真核生物的结构基因是不连续的,编码序列被非编码序列打断,在
编码序列之间的序列称为内含子(intron),编码序列称为外显子(extron)。
断裂基因(split gene):在真核类结构基因组编码顺序被许多称为内含子的非编码
区分割成几段称之。
顺式调控元件(cis—acting elements):指与结构基因表达调控相关,能够
被基因调
反式作用因子(trans—acting factors):控蛋白特异性识别和结合的
序列。能与式作用元件结合调节基因转录活性的蛋白质因子称为反式作用因子。
DNA
启动子(promoter):启动子是促进DNA转录的DNA序列,是DNA分子上可与RNA pol
特异性识别结合并使之转录的部位,但启动子本身不被转录。
重复序列:基因组中,不止一个拷贝的序列称为重复序列
端粒:以线性染色体形式存在的真核基因组DNA的末端都有一种特殊的结构,称为端粒。 基因家族(gene family):真核生物基因组中来源相同,结构相似,功能相关的一组基
因。
超基因家族(gene superfamily):基因序列没有同源性,但基因表达的产物功
能相似。
基因簇:指基因家族中的各成员紧密成簇排列成大段的串联重复单位,定位于染色体的特
殊区域。 Alu序列家族:存在有限制酶Alu酶切位点的一类中度重复序列。
假基因(pseudogene):DNA序列和结构与有功能的基因相似,但不表达基因产物。 正链/负链RNA病毒:病毒的单链RNA基因组直接作为mRNA,则称正链RNA,其病毒
为正链RNA病毒。不能直接作为mRNA而以互补的RNA链作为mRNA,则称基因组RNA为负链RNA。
ORF:开放阅读框是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止子
打断。
第4章
复制叉:复制时,双链DNA要解开,两股分别进行的,复制起点呈现叉子的形式,称为复
制叉。
半不连续复制:复制叉上新生的DNA链一条按复制叉移动方向连续合成,另一条按复制
叉相反方向不连续合成。
半保留复制:在DNA复制时,子代双链DNA中,一条链来自亲代,另一条链是新合成的
互补链。
复制子(replicon):基因组内能独立进行复制的单位。 SSB:单链结合蛋白。
Klenow片段:DNA聚合酶I被蛋白酶切开得到的大片段。 ARS:自主复制序列,这种序列是染色体正常起始复制所必需的。 OriC:大肠杆菌复制起始的最小功能片段,ori C大小245 bp,序列保守 冈崎片段:在DNA的滞后链的不连续合成期间生成的片段。
第5章
DNA损伤:DNA双螺旋结构的任何变化
AP位点:将非正常碱基从脱氧核糖上切除。留下的“洞”称为AP位点 突变热点 某些位点的突变率大大高于平均数,这些位点称为突变热点。
增变基因(mutator genes):有一些基因的突变可以大大提高整个基因组其它基因
的突变率,这些基因被称为增变基因。
抑制突(suppressor mutation):变真正的原位回复突变很少,大多数回复突变
都是第二点突变抑制了第一次突变造成的表型,使野生表现型得以恢复或部分恢复,又称抑制突变
基因内抑制突变:发生在正向突变的基因之中,叫基因内抑制突变; 基因间抑制突变:发生在其它基因之中,叫基因间抑制突变。
抑制基因(suppressor genes):基因间抑制突变总是发生在tRNA基因或与tRNA
功能有关的基因上.这些基因又称为抑制基因(tRNA基因的突变)。
转换(transition):由一个嘌呤碱基变为另一个嘌呤碱基,或一个嘧啶碱基变为另
一个嘧啶碱基的突变叫转换。
颠换(transversion):由一个嘌呤碱基变为一个嘧啶碱基或由一个嘧啶碱基变为一
个嘌呤碱基的突变叫颠换。
回复突变:由单个碱基改变所造成的突变是可逆的,它可以恢复原来的碱基排列,这种
碱基逆向改变叫回复突变
野生型(wild type, WT):一个正常的生物体叫作野生型。
突变体(mutant):如果DNA发生改变,就会使生物体的某些性状有所改变,这种改变
了性状的生物体相对于正常的生物体来说,就成为突变体
自发突变(spontaneous mutagenesis):所有的组织都有可能随机地与环境
反应产生突变,这种突变叫做自发突变。
诱发突变(induced mutagenesis):使用了诱变剂的突变叫诱发突变。
第6章
遗传重组:指涉及到DNA分子内断裂-复合的基因交流
霍利迪结构(Holliday Structure):它是DNA重组过程中的一个中间体,重组时
两个DNA双链体以四股DNA在连结点形成的十字形DNA分子构象。
异源双链体 (Heteroduplexes):异源双链体是指重组DNA分子上两条链不完全互
补的区域。
分支迁移(Branch migration):一旦两个重组的DNA分子形成霍利迪结构,交叉
连接点很容易像拉链一样移动,从而扩大异源双链体区域,这一程叫分支迁移。
整合(integrate):是指噬菌体基因组插到细菌的染色体中,这个过程也叫整合
(integrate),需要噬菌体DNA与细菌DNA的专一序列。
附着位点(attachment site,Att):大肠杆菌23bp;噬菌体 240bp,相同的核
心序列。
转座重组(transposition):重组不依赖DNA的序列,使一段DNA序列从染色体的
一个位置移动到另一个位置,甚至从一个染色体移动到另一个染色体,这种重组叫转座重组(transposition),
转座子(transposon):被移动的DNA片段叫转座子(transposon)。
插入序列(Insertion sequences,IS ) :最简单的转座子就叫插入序列 。 自主成分autonomous elements:它们具备使自身切除或转座的能力,它们可在
任意位点插入并产生不稳定的或可变化的等位基因。
非自主成分nonautonomous elements:它们只有在同家族的自主成分存在时才
能切除或转座,它们自身很稳定,不能单独移动。
逆转录转座:将从DNA到DNA的转移过程称为转座,从DNA到RNA到DNA的转移过程称
为逆转座子。
逆转录子:一类移动因子在转录过程中需要以
组中。
RNA为中间体,经过逆转录再分散到基因
第7章
有义链:不作为模板的链称为有义链或编码链。
-10序列:又叫TATA框(Pribnow框),共有序列为TATAAT
-35序列:保守序列为TTGACA(Sextama框) ,RNA polymerase σ因子的识别位点。
在细菌DNA中有叫作终止子(terminator)的转录终止信号。它的作用就是在DNA模板上特定位点终止RNA的合成,从而释放出RNA 聚合酶和RNA分子。
应答元件Response element:这些元件可被一些起调控作用的转录因子识别,使
基因对这些调节因子作出反应,这些元件就是应答元件。
转录因子(transcription factor):真核生物RNA聚合酶起始转录需要的各种
蛋白质辅助因子统称为转录因子
转录:以DNA为模板,在依赖于DNA的RNA聚合酶催化之下的一系列RNA酶促合成过程。 核心启动子:RNA聚合酶能够直接识别并结合的启动子。
编码链:与模板链互补的另一条DNA单链,又称有义链,非模板链。 反义链:把作为模板的链称为反义链或模板链。
启动子:RNA聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA序列。P215、P220
上/下游:从转录起点沿着RNA聚合酶的移动方向称为下游。从转录起点编号为“+1”的
位点向左侧逐一阅读序列为上游。
模板链:DNA双链中用于转录的一条链,又称反义链。
第8章
RNA剪接splicing: 内含子从原初转录本中除去的加工过程,包括内含子从原初转
录本中删除以及外显子末端的共价连结。
剪接点:在剪接反应中所涉及的外显子和内含子的边界序列叫作剪接点。
核酶ribozyme:具有剪接自身的能力—自我剪接,在体外,也能催化其他的反应,所
以叫核酶ribozyme。
核不均一RNA (hnRNA):核基因的转录产物平均长度大大超过mRNA,而且是许多序
列的混合体,称为核不均一RNA (hnRNA)
RNA编辑:转录后mRNA前体在编码区也会发生碱基的加入、丢失或转换现象,这种现象
就叫RNA编辑。(是发生在mRNA水平的信息改变)
套索结构:在RNA剪接加工时,内含子形成的结构。
顺式/反式剪接(cis/ trans -splicing):转录后剪接师发生在
子内部,以一个mRNA前体为底物,对其确定的内含子3?端和5?端进行剪接。
mRNA前体分
剪接体:mRNA前体在剪接过程中组装形成的多组分复合物。
选择性剪接:初始转录产物通过不同的剪接方法得到不同的成熟mRNA和蛋白质产物。
第9章
多顺反子:是一个mRNA携带编码多个蛋白的序列,它是由一组相邻基因转录形成的。 单顺反子:若一个mRNA只带一个蛋白的编码区,则叫单顺反子。 遗传密码(Genetic Code):指信使
RNA(mRNA)分子上从5'端到3'端方向,由
起始密码子AUG开始,每三个核苷酸组成的三联体。
变偶:是指密码子的第三个碱基可以与反密码子的第一个碱基形成非正常的碱基配对,从
而使一种tRNA的反密码子可以识别多个密码子。
进位:是指aa-tRNA进入A位。
移位:是指肽键形成后,核糖体沿mRNA向3′方向移动一个密码子的距离。
分子伴侣(molecular chaperone):指一类在细胞内帮助新生肽链正确组装
成为成熟蛋白质,而本身却不是最终功能蛋白质分子的组成成分的分子,称为分子伴侣。
S-D 序列(Shine-Dalgarno序列):在mRNA上起始密码子AUG上游方向4~13核
苷酸之前有一段富含嘌呤的序列,其保守序列为5‘-AGGAGG-3’,这一序列叫S-D序列。
可读框:是指从起始密码子起到终止密码子止的一段连续的密码子区域。
第10章
诱导(induction):在可诱导的操纵子中,加入对基因表达有调节作用的小分子后,
则启动基因的转录。这种作用及其过程叫做诱导(induction),产生诱导作用的小分子物质叫做诱导物(inducer)。
阻遏(repression):在可阻遏的操纵子中,加入对基因表达有调节作用的小分子物
质后,则关闭基因的转录活性。这种作用及其过程叫做阻遏(repression),产生阻遏作用的小分子物质叫做辅阻遏物(corepressor)。
阻遏蛋白(repressor):负调控中的调节蛋白质称为阻遏蛋白(repressor)。 激活子(activator):正调控中的调节蛋白质称为激活子(activator)。
葡萄糖效应:或称为分解代谢物阻抑(catabolite repression),有葡萄糖存在的情况
下,即使在细菌培养基中加入乳糖、半乳糖、阿拉伯糖或麦芽糖等诱导物,与其相对应的操纵子也不会启动,产生出代谢这些糖的酶来,这种现象称为葡萄糖效应。
反馈抑制(feedback inhibition):它不同于lac操纵子,色氨酸阻遏物只有
与色氨酸结合才具有活性,结合到操纵基因上,阻遏转录,这种类型控制途径是在酶活性水平上来调节的。这种调节叫反馈抑制。
顺式作用元件:指对基因表达有调节活性的DNA序列,在基因的同一条DNA分子上。 反式作用元件:参与基因表达调控的因子, 它们与特异的靶基因的顺式元件结合起作
用。
结构基因:编码大量功能各异的蛋白质的DNA序列。
调节基因:编码合成那些参与基因表达调控的RNA和蛋白质的特异DNA序列。
操纵基因:控制基因,与启动子相邻,与调节基因的产物结合共同控制结构基因的表达。 阻遏蛋白:是负调控系统中由调节基因编码的调节蛋白。
小分子效应物:与调节蛋白质相互作用达到诱导状态或阻遏状态的小分子物质。 衰减子:弱化子,在trpE编码序列的起始位点上游的trp前导序列内一个不依赖ρ
因子的
终止子。
辅阻遏物:能与阻遏蛋白形成复合物,并结合到操纵基因上阻止结构基因转录的物质。 正调控系统:以启动或增强基因表达活性来调节靶基因。 前导肽:由前导RNA第27-68号碱基所编码的14个氨基酸的肽链。
第11章
持家基因(housekeeping gene):这些基因的功能为所有细胞所必须,在所有类型
的细胞中都表达,也叫持家基因。
奢侈基因(luxurant gene):这种类型的基因仅在某种类型的细胞中表达。 基因扩增:是指某些特定的基因的拷贝数专一性大量增加的现象。
基因重排:基因重排将一个基因从远离启动子的地方移到距它很近的位点从而启动转录,
这种方式被称为基因重排。
传感基因:在整合基因的5’端连接着一段具有高度专一性的DNA序列,又称为传感基因。 锌指:一组保守的氨基酸结合了一个锌离子,在蛋白质中形成了独立的结构域。 激素应答元件(HRE):当激素受体蛋白激活后,能与DNA结合,直接调控靶基因的转
录活性,靶基因DNA上专一性的受体结合位点称为激素应答元件(HRE)。
microRNA(miRNA)是一类长约22核苷酸的非编码的单链RNA分子。 异染色质:在细胞核中处于凝聚状态,不具有转录活性的染色质。
CpG岛: 5?--CG--3?序列是在表达基因位点处的染色体保持适当包装水平的重要化学修
饰序列。当基因序列中的CpG 密度达到10/100bp时称为CpG 岛。
绝缘子:阻止激活或阻遏作用在染色质上的传递,使染色质的活性限定于结构域之内的顺
式作用元件。
沉默子:基因的负调控元件。其DNA序列被调控蛋白结合后阻断了转录起始复合物的形成
或活化,使基因表达活性关闭。
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