clustalx的应用

利用clustalx 2.1对蛋白进行多序列比对

目录 1. 方法介绍

1.1概念 1.2理论基础 1.3任务 1.4目的 2研究内容 3. 工具

3.1 clustalx简介

3.2 clustalx 后台运作流程 3.3 clustalx的下载 3.4 clustalx菜单设置 4.操作步骤

4.1获取目标序列 4.2执行比对

4.3 treeview软件制作进化树 5. 结果分析

正文

1. 方法介绍：多序列比对

1.1 概念：多序列比对即通过多个核苷酸或氨基酸的序列进行比较，确定

序列之间可能由于功能、结构或进化上的关联而形成的相似片段。

1.2 理论基础：1）生物学一个最基本的假设是地球上所有物种都有共同的

祖先，从这个祖先开始以树状形式发展，通常称为生命之树。

2）基于序列比对的同源即具有共同祖先。同源序列一般相似；相似可以用百分比来描述。序列不一定是同源的，相似序列在进化上具有趋同性 。序列决定结构，结构决定功能。

3）现有的基因、蛋白质等携带生物学信息、具有生物学功能的分子都是由原有的分子演化而来；现有的基因及其他核酸序列，都是由已经存在的基因或其他序列经过复制、转移、合并、删减等方式形成的；不同物种的基因、蛋白质在结构、序列上的相似性与其进化上亲缘关系密切相关。

1.3 任务：发现序列之间的相似性，找出序列之间共同的区域，辨别序列

之间的差异。

1.4 目的：通过“相似序列 ? 相似的结构? 相似的功能“来判别序列之

间的同源性，进而推测序列之间的进化关系。

2. 研究内容：通过对人类、家鼠、大鼠和鸡体内BMP-2（bone morphogenetic

protein 2）即骨形态发生蛋白2的多序列比对得到的dnd结果文件来揭示在四种生物中的该蛋白的同源性。

3. 工具：clustalx 2.1

3.1 clustalx简介：Clustal是用来对核酸与蛋白序列进行多序列比对的软

件，可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。Clustal包括Clustalw和Clustalx和Clustal omega。

Clustalw是命令行接口；Clustalx是一个图形用户界面;；Clustal omega是Clustal家族的最新补充，是在以前的版本基础上，提供了一个显著增长的可扩展性，使数以十万计的序列在只有几个小时内排列。 它也将使用多个处理器包含其中。此报告仅介绍本地软件版clustalx，其操作界面简单，运行速度较快使其被广泛使用。

3.2 clustalx 后台运作流程：

3.3 clustalx的下载：

1）在浏览器地址栏输入clustal官方网站网址www.clustal.org并进

入；

2）在右下角点击ClustalW/ClustalX并进入

3）呈现的界面如下，点击EBI ftp sitej进入下载条目界面

4）选择最新版本2.1，进入

5）选择windowns版本的clustalx2.1，点击进行下载

6)在弹出的下载窗口中选择保存位置

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/bxt2.html