如何用NTsys构建0、1数据(AFLP)进化树

NTSYS-PC使用说明

NTSYS是一个聚类分析的软件，可以用来分析AFLP，RAPD等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相似性分析。下面简单介绍一下其用法：

1.先建立一个0，1构成的矩阵：在excel中，按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=535表示AFLP样本数， C1=19表示有19个带型，D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示带型名称。见下图：

2.选择另存为，在其中的保存类型中选择“文本文件(制表符分隔)” 然后点保存，确认。

3.打开NTSYS软件点“Similarity”下拉选择”“Qualitative date”在“input file”中选择刚才保存的.txt文件，在“output file”中输入保存文件名。“Byrows”一项不选×，“coefficient”中选择J，点compute进行运算。

4．点软件左边第二项选择“SAHN”在“input file”中选择上一步运算出来的文件在“output tree file”中输入保存文件名。点compute进行运算。

5.选择左边第二项中的“Cophenetic Values”在“input tree file”中选择刚才计算的tree文件，输入output的文件名，点compute进行计算。

6.作Mat检测：点击左面第三项，选择“Matrix comparison plot”在“input file(1)”中选择“Qualitative date”计算出的结果，在 “input file(2)”中选择“Cophenetic Valuess”计算出的结果。点击compute进行计算，r值在0.7以上为可信。

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/9rcf.html