计算机作业3次

16sRNA的一级结构及二级结构的分析

生111-1 孙有方 201170501129

一、实验目的

1、以16sRNA为实验材料，通过比对发现多个序列的共性以及与结构和功能相关的保守序列片段。

2、通过保守序列对应找到6个16srRNA的二级结构，并分析一级结构是否与二级结构功能有关。 二、实验原理

1、使用工具：?利用Vector NTI Suite进行本实验多序列的比对，它具有蛋白核酸序列分析、引物设计分析、序列显示、多序列排队比较、序列装配等多种功能。?利用RNADRAW软件进行RNA二级结构的构建。

2、由于二级结构构成了三级结构甚至四级结构的主体骨架，包含了分子折叠状态下的大部分自由能，使得RNA二级结构能部分甚至完全解释RNA分子的功能。 三、实验材料 大小 界 门 纲 目 科 属 种 16srna 849bp 细菌 壁厚菌 乳酸杆链球菌链球菌变形链 门 菌目 科 属 球菌 16srna2 924bp 细菌 变形菌变形菌鞘脂单鞘脂单发酵单运动发 门 纲 胞菌目 胞菌科 胞菌属 酵单胞菌 16srna3 762bp 细菌 变形菌变形菌弧菌目 弧菌科 弧菌属 霍乱弧 门 纲 菌 16srna4 910bp 细菌 厚壁菌 芽孢杆芽孢杆土芽孢土芽孢 门 菌目 菌科 杆菌属 杆菌 16srna5 1007bp 细菌 厚壁菌 乳酸杆肠球菌肠球菌海氏肠 门 菌目 科 属 球菌 Sul 1498bp 古生菌 泉古菌热变形硫化叶硫化叶硫化叶硫磺矿 门 菌纲 菌目 菌科 菌属 硫化叶菌 四、实验内容 1、材料的筛选 从进化树可看出，真核生物16srRNA的距离与5个原核生物的16srRNA距离最远，所以选择了5个原核生物的16srRNA 和一个古生菌的16srRNA作为实验对象和材料。

2、确定一段共同的保守序列，找出它们对应的各自的序列位置如下： 16srRNA1 位置：439-445 16srRNA2 位置：489-495 16srRNA3 位置：490-496

16srRNA4 位置：513-519 16srRNA5 位置：570-576 16srRNA6 位置：577-583 进化树：

1 (0.0822)2 (0.0916)3 (0.1150)6 (0.4793)7 (0.2159)4 (0.0642)5 (0.0490)

1：变形链球菌2：运动发酵单胞菌3：霍乱弧菌4：嗜热芽孢杆菌5：海氏肠球菌6：真核生物7：古生菌

从进化树可以估测它们的亲缘关系，但并不代表它们的真实系统演化关系，可见古生菌与真核生物的关系在进化树上比真细菌与真核生物的关系更相近。 二级结构：

16srRNA1二级结构图：（439-445）

16srRNA2二级结构图：（489-495）

16srRNA3二级结构图：（490-496）

16srRNA4二级结构图（513-519）

16srRNA5二级结构图（570-576）

16srRNA6二级结构图（577-583）

五、实验结论

通过对5个原核生物的16srRNA和一个古生菌的16srRNA的比较，在它们共有保守序列的前提下，分别各自找出其相应的二级结构图，发现保守序列都位于它们的环状结构上，也就是说保守序列构成了它们的功能环，由此可以推断出相同的保守序列可以决定二级结构。

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