用PHILIP软件构建系统发育树操作（新）

序列文件准备

第一行 序列总数量 最长序列的bp数 第二行 >序列名称 第三行 无空格的序列 第一个序列往往是外群 然后是自己的序列 最后是外源序列

Clustal 2.0应用程序

File→load sequences 选多序列 mode→multiple Alignment mode

Alignment→iteraction→iterate each alignment step

Alignment→output formut options→phylip format(选中)→close→do complete Alignment→align 找出相似bp的头部，把前边的从文本中切掉，后边的类似（n尽量少） File→load sequences

Alignment→output formut options→phylip format(选中)→close→do complete Alignment→align 将生成的.phy文件复制到简单路径中 1、phylip→exe→seqboot（应用程序），输入文件的路径名（.phy） 改参数： Y 回车

101 回车（随机数） 生成“outfile文件”改名为：1 2、prodist（应用程序） 输入1 改参数：P回车

M 回车 选D 100 回车 Y 回车

生成“outfile文件”改名为：2 3、neighbor（应用程序） 输入2 改参数：

M 回车 100 回车

随机数 回车（见文件）

O 回车

输入外群序列位置 回车

Y 回车

生成“outfile文件”改名为：3

“outtree文件”改名为：4 4、consense （应用程序） 输入4 改参数：O 回车

输入外群序列位置 回车

Y 回车

生成“outfile文件”改名为：5

“outtree文件”改名为：6

5、Proml （应用程序）输入开始的.phy文件

改U：直接输入U，回车，应显示NO，use use trees in input file；O改外群。输出的文件名改为7，intree。

1

6、 打开drawgram文件，直接输入font2，输出文件file plot，该文件格式为PDF。（先把后缀名改为PS，再打开为PDF）。

7、 打开的pdf文件用photoshop打开，按文件4中的可信度在每个分枝处标注。同时将文件变得更清楚。

DOTUR

用phylip直接做prodist 改参数P选KIMURA，存为.dist文件，重新命名一个文件夹，把.dist文件放入 开始——》运行——》输入cmd 回车，在DOC提示符下拷入DOTUR路径： 输入cd再输入DOTUR路径。

在dotur>后输入dotur空格再拉入文件（.dist），回车。

dotur>dotur abc.dist 回车

PcoA分析：

准备文件1. PHYLIP最后建树用的数字文件，或者是mega的树建好后重新打开生成的*.newick文件（该文件用file里菜单生成）。

准备文件2.手动编写sample ID mapping 文件，文件格式为*.TXT.

该文件第一列为建树用到的序列名称，即出现在树中的名称；第二列为样品站位或者是归类描述，一般是大类；第三列为序列在站位或者是归类中出现的次数。

将上述两个文件传到fastunifrac 网站上。将获得的文件下载，并根据网站给出的图片用下载的文件在excel中作图。

2

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/4noh.html