MS 问题集锦

新手求答：

1.一步计算完成后，有两个文件.xtd和.xsd。再继续下一步计算，在哪个文件上进行操作呢？

2.到最终运算结束，分析文件的时候，要分析哪个文件呢？.xtd还是.xsd的，还是分析不同的参数要选不同的文件呢？ 1、一般xtd里全选，复制，新建xsd，粘贴出来即可；或者导入table取总能量最低的 2、除非分析性质随时间变化，一般就用xsd分析

xtd是轨迹文件，xsd是结构文件，下一步的计算一般选xsd文件，计算结束后分析不同的参数需要选不同的文件。

1.Error calculate_finite_basis : Convergence failed when doing finite basis set correction

这不提示了吗，应该是基组精度选择不合理

改变一下参数也许能收敛，提高截止能量，降低一下K点或精度

2.使用doml3计算磁性时，设置自旋多重度，发现

Multiplicity: Select the multiplicity from the dropdown list to perform a calculation on a specific spin state. Available options are: Auto Singlet Doublet Triplet Quartet Quintet Sextet Septet Octet

最高只能设到8。是吗？input文件中可以修改设到更高的多重度吗? 有的文献的多重度可达到11。这是怎么回事？

use formal spin的那个勾是表示使用formal spin作为初试自旋，而每个原子的formal spin是可以任意设置的。如果是采用formal spin达到目的，那么formal spin设置有什么限制没？根据什么规律设置？ 自旋多重度和总磁矩有关系吗？

3. 1 MS结构优化后的Optimization coverenge图中各线分别是什么意思？与结构优化之间的关系？

2 xsd与xtd两个结构图，是xsd为优化后的结构吗？如果以优化后结构继续计算性质，是不是只要打开此文件再calculation？

1、这三个在下面不是有说明吗？

分别是能量变化，最大位移和最大力，当三者达到你设置的精度一下，就是分别低于相应的三条虚线时，scf完成 2、对，xsd是最后优化好的结构，xtd应该是动画那种，要计算性质，就打开xsd文件calculation就ok了 不过从图的全貌来看，并不是三者都达到基线以下了啊？如位移，还在基线以上。 基线的确定是什么标准呢？即纵坐标表达的含义，其标准的规定以什么为原则？ 从这个例子来看，似乎是以能量趋稳作为判断收敛的标准即可，不需要三者同时达到是吧？ 最后，这个标准是不是选择精度后就默认的，而不是自主规定？能不能自己规定，在哪里规定呢？ 4.

Dynamics calculation - Aborting dynamics.

An unphysical integration step (>100 Angstroms) has been detected. Try reducing the time step or relaxing the structure first.

感觉应该是初始结构不好吧，所以让你relaxing the structure first。可能某一步的位移有异常，或者你试试减小步长，增加精度 5.

最近看到很多虫友提示gateway无法连接的问题，总结一下大致有两种情况：

1、防火墙或者其他安全软件阻止gateway的启动，使gateway处于停止状态，从而导致gateway无法连接 2、另外一个是gateway timeout 太小使得访问gateway太频繁而出现问题 遇到上述第一种问题，可以尝试一下解决方法：

首先从控制面板->管理工具->服务，然后查看MaterialsStudioGateway(18888)的状态，看一下gateway是否已启动，若停止，右键启动gateway，建议大家右键选择属性，修改启动类型为“自动”。

有可能会出现不能启动的问题，查看一下360的云查杀，可能是gateway被列为可疑进程而被中止，把gateway添加到信任列表，再启动gateway就可以了。

第二种问题可以通过 server console里面的设置增加gateway timeout来减小访问gateway频率

补充一下：gateway必须在有网络连接的情况下才能启动，只要显示有连接就可以了

1.如何用MS中的DMOL3模块，算完一个分子的所有性质之后，看到它的电荷密度差分布图， 比如氯化氢，都知道氢分子丢电子，氯分子的电子，所以氢分子的电子密度减小，氯分子的等咋，如何在从图中表现?

在计算的时候，properties选项卡里面勾选Electron density。算完之后在输出文件.xsd中用Dmol的Analasis，选中Electron density，点import，就可以看到等值面。之后用工具条切片。工具条在view>toolbars>volume visulization中。点击Creat slices，有切片了。再右键调节color mapps，

已经切片了，那么再看在volume visulization工具条中是不是有个按键color maps？或者在你的xsd窗口中右键，点击color maps。

在弹出的窗口中有个From 0.0 To 200多的数字，表示电子密度的大小。这些数是可调节的，把To 200多的那个数调节到20或者100看看。顺便能把等直面给删了，点中等直面蓝色的球，按delete

2.利用MS中dmol3模块对有机分子进行优化并计算电荷密度，从计算结果文件中能看到电荷密度的具体数值，但想用Analysis中的view功能查看电荷密度分布图时view按钮为灰色，请问怎么解决？

必须要有成功的output文件，选上所优化的结构，就可以view了.有输出的以outmol为后缀的文件，在里面也可以查到电荷的密度，但就是没法view

如果计算结果收敛了，在“... DMol3 Energy”目录下，“....xsd”文件上双击，analysis的view键就由灰变白了，点击view后，在xsd上右键label，就可以将需要显示的数据标在xsd文件上

3 用Dmol3做出来的吸附，可以对比吸附前后键能的变化

DMol3结构优化时能量发生突变，最终也能收敛

初始结构应该是比较合理的（用分子力学优化过），用DMol3结构优化（高精度），开始30-50步能量一直在单调降低，然后突然增加，再慢慢降低，有的结构会多次突然增加。最终得到能量与最初的能量差不多，甚至更高，但优化成功结束。从结构上看，键角或空间位置有不合理之处。如果收敛出现突变的话，最终结构往往有不合理之处（如键角和空间位置）。顺便问一下，能否对特定结构进行频率分析？正在尝试对最终和最初结构分别用DMol3进行单点能量计算，勾选Frequency。不过好像很费时间。嗯，算频率是个不错的想法。 突

变后的构型如果出现虚频，就说明不是真正的极小点 请问MS中切面时蓝色框代表什么意思呢

蓝色框的意思是切后以切面为顶面的晶体构造，可以看到，写着U、V的那个实线面和切面是平行的。至于U和V，应该是晶向指数中的U和V两个参数(，蓝色框框就是你切出来的slab不包含真空层的区域。U ，V是表面二维基矢。) 蓝色框就是一个预告图，或者告诉你，切面是沿平行于实线蓝色面切的

4 MgO是225号Fm-3m结构，Mg在0位置，O在0.5位置。

那么按照(100)切割后，要按照新的面来取最小的周期重复面。那么，最小的新的面则是四个相同原子围一个中心的不同原子，也就是平面的“体心”，可以看到，这其实是在惯用NaCl晶胞中取了任意一个面，连接四条边的中点组成的平面图形。

根据简单的计算可以知道，新的正方型的边长是a/sqrt(2)，即图中白线长度，也即新的晶胞的Lattice Parameter为b=a/sqrt(2)。

并且转换后，需要以一个正方型的定点为新的原点，于是，相对新原点，中心原子的位置为（0.5,0.5,0），就是0.5b=0.5*a/sqrt(2)=a/2*sqrt(2)

5 我看到文献提到Cerius2 的BFDH方法确定一种晶体可能的生长面。

MS里面有没有方法可以确定矿物晶体的各种可能的生长面？

生长的话应该是优先沿着表面能低的面 也就是密排面

能带绘制

第一步，选择模型文件，选择模块里的analysis（castep和dmol）一样

第二步，选折能带结构（band stucture），点击view，画出能带，按CTRL＋C拷贝数据。也可以导出，再在origin里面导入，不过CTRL＋C快一些

第三步：处理数据，不管CTRL＋C还是导出导入，都是两行数据，第一行是能带结构的横坐标，从0到1，反复。第二行是能量值，所以一组数据表示一条能带。要把能带按顺序排列需要不断地cut（ctrl+x)＋paste(ctrl+v)，最后把重复的横坐标去掉。

第四步：画能带结构，（由于反复cut，paste慢，所以用我做好的文件作能带）

第五步：把横坐标的字去掉，纵坐标改称energy，由于是用dmol计算的能带所以单位是Ha，设置能带图的4个轴，参加动画。

第六步：设置x轴的范围从0到1，然后加线，隔多少点看MS中画出的能带图，最后加上对称点的说明。能带到此基本绘制完成。

第七步：为了表示不同轨道组成的能带，可以给不同的能带不同的颜色，一个是突出和美观，另外对于能带的走势也是很容易看的。

第八步:可以用origin里面的文本工具给不同的能带标上说明，最后export导出bmp图像。

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