canoco 4.5 进行CCA分析

Canoco 4.5 做CCA分析

1.canoco 4.5 包括很多模块，我们一般使用到的就是WCanolmp，canoco for Windows 4.5，canoDraw for Windows这三个。

2. 首先我们打开WCanolmp，将环境因子和物种信息分别保存为.dat文件。 2.1 用Excel打开环境因子文件

同样用Excel 打开物种信息文件

需要注意的是，两个dat文件的数据组数要一样，也就是enviro.dat里面复制保存了5列，spice.dat里面也要复制保存同样名称的5列，这5列一定包括图中红色区域。否则后面就会出现错误。见3.2

2.2 如果我们的数据一列表示一组数据，那么我们就要选择eachcolumn is a sample。

2.3 保存好两个.dat文件后，不要着急打开工程模块，先新建一个文本文档，将文档后缀名改成sol，后面要用到。

3.

3.1 打开canoco for Windows 4.5模块，通过图中红色区域的图标新建一个project，或者打开file—new project。

选择spices and environment data available，点下一步。

3.2 按照要求点击Browse，将两个dat文件分别输入，最下面一栏将之前新建的sol文件输入。点击下一步。这时如果保存的数据组数不一样，就会出现错误。

这个问题改好后，重新建一个project，不然会一直跳出来这个错误。 之后一直下一步就好，最后点完成后出现con文件，命名后保存。

3.4 在project中点击Analyze进行分析。

3.5 分析后出现下图，点击CanoDraw，保存cdw文件，跳到作图

3.6 点击create-biplots and joint plots-samples and env. Variables作图。出现下图，这时发现样点序号不是自己的标注，需要进行更改。

如下图所示，点击Project-Setting，选择Appearance，在Sample lables里选择Names，选择insert legend，置于底部。重新create作图。

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/48mx.html