lammps输入文件命令中文详解

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作者: 御剑江湖收录日期: 2011-03-31 发布

日期: 2011-03-24

Commands

描述了lammps输入文件的格式和在定义lammps模拟所需要的命令.

1.1 LAMMPS input script

我们用lammps做分子动力学模拟, 需要一个输入文件. lammps在执行计算的时候, 从这个文本文件中逐行读入命令. 大多数情况, lammps输入文件中各个命令的顺序并不是很重要. 但是你要注意以下

几点:

(1) lammps并不是将你的输入文件全部读入之后才开始进行计算的, 或者说, 每条命令在它被读入之后就会起作用了. 注意, 下面两组命令的执行效果是不相同的.

timestep 0.5 run 100 run 100 和

run 100 timestep 0.5

run 100

(2) 有些命令只有在另一些命令已经被定义的情况下才有效. 例如如果你要设定一组原子的温度, 那么用group命令定义哪些原子属于这个组才行.

(3) 还有一种情况就是: 命令B要用到命A设置的一些数值, 这样你也不能颠倒这两个命令的顺序.

每个命令的详细介绍中的Restrictions部分会说明要使用该命令定义的时候哪些命令必须要被预先定义.

如果你的输入文件书写的格式有问题,

lammps在执行的时候会提示ERROR或者WARNING , 出现类似信息时, 你可以到手册的第九章中查询原因.

1.2 Parsing rules

输入文件中的每一非空行都被认为是一条命令. lammps中命令的书写是对大小写敏感的, 不过一般的命令和参数都是小写的, 大写字母用于极少数的情况.

(1) 命令行后的 & 表示这一行跟下一行是同一条命令. 这一点跟FORTRAN很像.

(2) 命令行最开始的 # 表示这一行在执行

过程中被忽略, 你可以用它来写注释.

(3) $ 是跟声明变量有关系的, 我暂时还没用到过, 具体请参阅variable命令的详细介绍.

(4) 命令行被tabs, spaces间隔成各个“words”, 注意这里的“words”可以包含字母、数字、下划线、或标点符号.

(5) 一行中第一个词是命令名, 后续的词是相关的参数.

(6) 双引号内的文字空格被整体地当作一个参数, 其中的 # 或 $ 就没有前面说的作用了.

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