GROMACS安装

GROMACS安装：

Gromacs的安装首先需要3个文件fftw,lam-mpi,gromacs

或者可用openmpi代替lam-mpi，这里介绍用lam-mpi安装包。 fftw-3.3.2.tar.gz，lam-7.1.4.tar.gz，gromacs-4.5.5.tar.gz

1．解压

tar –zxvf fftw-3.3.2.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.4.tar.gz

tar –zxvf gromacs-4.5.5.tar.gz

2.安装lam-mpi

进入到解压出的目录下lam-7.1.4中

执行命令：./configure --prefix=HOME/lib/lam-7.1.4 --without-fc --with-rsh=\

其中—without-fc是不编译mpi77，可以去除，在天河机上编译需要去掉 再执行命令: Make

Make install

Lam安装完毕，对环境变量进行设置

Export PATH=&PATH:HOME/lib/lam-7.1.4/bin

3安装fftw-3.3.2

由于64位系统的运行环境在编译的时候可能会出现报错libfftw3f.a: could not read symbols: Bad value

所以在编译的时候需要添加选项-with-pic并在Makefile文件中为编译添加-fPIC选项 安装如下：

进入fftw-3.3.2文件

./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/hzl/lib/ fftw-3.3.2

如果没有添加—enable-float可能会出现configure: error: Cannot find fftw3f library的报错

在make之前需要先修改Makefile文件 将

CC = gcc -std=gnu99

CCDEPMODE = depmode=gcc3

CFLAGS = -O3 -fomit-frame-pointer -fstrict-aliasing -fno-schedule-insns -ffast-m 改为

CC = gcc -fPIC -std=gnu99

CCDEPMODE = depmode=gcc3

CFLAGS = -O3 -fomit-frame-pointer -fstrict-aliasing -fno-schedule-insns -ffast-m

修改完毕后保存,make Make install Make distclean

./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/hzl/lib/ fftw-3.3.2

完成fftw的安装，再配置环境变量

export CPPFLAGS=-I/HOME/lib/fftw-3.3.2/include export LDFLAGS=-L/HOME/lib/fftw-3.3.2/lib

4安装GROMACS

在gromacs-4.5.5文件下进行编译

./configure --prefix=/home/ gromacs-4.5.5 --enable-mpi --disable-shared

选项—disable-shared是对应fftw安装时为了避免libfftw3f.a: could not read symbols: Bad value问题而做的选项。 编译完文件之后修改Makefile文件 CC = mpicc CCAS = mpicc

CCASDEPMODE = depmode=gcc3

CCASFLAGS = -O3 -tpp7 -axW -ip -w -msse2 -funroll-all-loops -std=gnu99

CCDEPMODE = depmode=gcc3 CC_FOR_BUILD = cc

CFLAGS = -O3 -tpp7 -axW -ip -w -msse2 -funroll-all-loops -std=gnu99

改为

CC = mpicc -fPIC CCAS = mpicc

CCASDEPMODE = depmode=gcc3

CCASFLAGS = -O3 -tpp7 -axW -ip -w -msse2 -funroll-all-loops -std=gnu99

CCDEPMODE = depmode=gcc3

CC_FOR_BUILD = cc

CFLAGS = -O3 -tpp7 -axW -ip -w -msse2 -funroll-all-loops -fPIC -std=gnu99

主要是防止在64位系统上面无法fftw库无法编译，在fftw安装的时候已经用-fPIC编译过库文件，这里只是为了保险起见同样加上-fPIC 编译

Make

Make install make distclean

./configure --prefix=/HOME /lib/gromacs-4.5.5 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float 设置环境变量

export PATH=$PATH: /HOME /lib/gromacs-4.5.5/bin

问题总结：

configure: error: Cannot find fftw3f library

解决方案：configure fftw的时候要带上-enable-float libfftw3f.a: could not read symbols: Bad value 解决方案

在编译 fftw的时候添加选项-with-pic在编译GROMACS的时候加入--disable-shared 在Makefile文件中为cc和CFLAGS

项添加-fPIC选项安装。

注：每次configure后Makefile文件会还原到原始状态，要重新修改。

安装参考：

http://www.cuiyoutian.org/?p=128安装过程

http://www.ttjoin.com/blog/index.php/archives/46解决CFLAGS添加问题

http://baike.http://www.njliaohua.com//view/1571068.htm百度百科安装过程

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/3d06.html