vector NTI 使用教程

Vector NTI Suite使用简介

Vector NTI Suite 是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。它主要包括四 个组件，分别对DNA、RNA 和蛋白质进行各种分析和操作。

一、Vector NTI

作为Vector NTI Suite 的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数 据组织、编辑和分析支持。

（一）对分子序列的操作

我们以一个DNA 序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA 序列翻译成氨基酸序列， 并对此氨基酸序列进行各种分析。

A，DNA 序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。首先使用Vector NTI 的Create New 命

令将此序列导入到Vector NTI 的数据库中：

1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule 才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA??）；

2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General 填入导入序列的名称—— PGH；

3，在DNA/RNA Molecule 活页中，选中Linear DNA， Animal/other Eukaryotes，Replicon Type 中选Chromosome；

4，Description 中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;

5，在Sequence and Maps 中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA 序列复制后，点“Paste” 按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。

B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击 “Molecule” 菜单-Open-Molecule files 命令，找到序列文件，在File format 中选中GenBank Files；点击OK。

（二）常规操作：

当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右 侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。下面一个窗口显示的是序列：默认状 态下以双链形式出现，也可以更改为单链显示。

1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动鼠标左键，同时在最下端的状态栏中显示 出所选区域的范围。

2．删除：选中后直接点击键盘上的Delete 键，确认后即可删除。

3．选中序列片段后，点击Edit 菜单，用其中的命令可以完成对此片段的剪切、复制、删除、 定义为新的特征区和用其它序列来代替等。

4．当点在其一特定位置时，我们也可以在此位置插入新的序列：Edit – New – Insert Sequence as

5．当希望序列显示单链时，点击View – Show Both Strands

（三）常规分析：

1．设计PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes： 选中设计引物的模板区或点击Analyze 中的相应命令即可。

需要注意的是，在设计前，首先得将序列存入数据库中，具体设计由于我们推荐使用Oligo，所

以此处不详述。

2．序列基本信息分析：

选中序列区段后，选Analyze –Oligo Analysis, 在Oligo Analysis 对话框中，点击Analyze 按 钮，即可得到分子量、GC 含量、Tm 值、3‘端的自由能、回文结构及重复序列等基本信息。

3．酶切图谱分析

点击Analyze 菜单中Restriction Sites 命令，出现“Restriction Map Setup”对话框，点击Add

按钮，填入需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点Remove 按钮移除。为了显示正 确，我们可以设定超过一定位点数量的酶不显示，可以限定分析的区域等。点击OK 后程序自 动完成酶切分析。

4．Motif 查找

点击Analyze 菜单中的Motifs 命令，在出现的Motifs Setup 对话框中我们可以添加新的Oligo 或从Oligo Database 和Oligo List 中选取；选中后点击OK 按钮，程序完成Motif 的查找，同时 给出相似性的百分比。

5．ORF 查找

点击Analyze 菜单中的ORF 命令，在出现的ORF Setup 对话框中，填入ORF 的最小长度（多 少个密码子）以及其它一些设定后点击OK，程序自动完成ORF 的查找。

6．翻译

翻译前选中一个ORF 或一个区域，这里我们希望把pGHcDNA基因完全翻译成蛋白质，因此选 中最长的一个ORF（7－657bp）。点击Analyze 菜单中的Translate 命令中的“Into New

Protein”-“Direct Strand”,在出现的“New Protein Molecule”对话框中给出新蛋白质的名称 后点击确定，程序完成翻译并打开一个新的窗口，显示氨基酸序列。

7．反翻译

选中氨基酸序列片断，点击Analyze 菜单中的BackTranslate命令，确认是“整个序列”还是 “仅为选中的序列”后，即可设定简并度及组织特异性来完成反翻译。

（三）模拟电泳：

模拟电泳是指对DNA 片段进行酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，将酶切片段分离。该功能

有利于评估电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。

1．点击Gel 菜单 – Create New 命令：出现Gel Setup 对话框，首先选择电泳介质的类型－ “Agarose Gel”，以及胶的浓度、电压、胶长和Buffer 种类。

2．点击OK 后即打开一个电泳界面，左侧是对电泳情况的描述，右侧则为胶板。

3．首先配置一个Marker：点Gel 菜单 – Create Gel Marker, 出现New Gel Marker 对话框, 首 先输入Marker 的名称：pGH-Marker，在Gel Marker 活页中输入自己设定的片段，100，200， 300，400，500，600，1000bp,点击确定。

4．样品制备：点Gel 菜单 – Create Gel Sample 命令出现Create Gel Sample 对话框，选择来 源分子SSPGH，选中AvaI和SmaI两个酶，输入Sample 的名称SSPGH- AS。此时我们可以把 酶切的片段直接加入到胶上，也可以加入到样品列表中或保存为Marker，我们点击Add to Gel，则在胶上出现1 号样品。

5．点Marker 到胶中：点击第二行工具栏中的Add Marker Lane 图标，出现Choose Database Gel Marker 对话框，选中pGH - Marker，点击OK，则Marker 出现在2 道

6．电泳：用鼠标点击右侧窗口激活胶板，点击第二栏工具栏中的双箭头，开始电泳，同时在 旁边显示电泳时间，再次点击双箭头，电泳停止。

7．计算两条带分开时间：选中没有分开的条带，点工具栏中的计算器Calculate Seperation Time，即可得到所需信息。

8．导出胶图：激活胶板，点击工具栏中的Camera 工具,出现Camera 对话框,选中需要导出的 选项，结果可以到剪贴板，也可以保存成文件。到剪贴板后就可以在Word 等文档编辑器中粘 贴。

（四）图形操作

对于图形展示的序列信息，我们可以对图形进行各种修饰和改动，并最终导出需要的图形，如 果序列是质粒，则可得到质粒图谱。 我们还是以SSPGH 序列为例：

1．激活图形栏，点击工具栏中的Edit Picture。此时，点击任意一个需要改动的组件，则鼠标 变为四方向箭头，按住左侧则可以任意拖动其位置。

2．点击左键，选中Properties 命令，则在Properties 对话框中可以改变文字，字体，连线的粗

细和颜色。

3．对于特征序列，我们还可改变其填充方式，箭头方向等。

4．加入注释：点击工具栏中的回形针按钮，出现Annotation 对话框，输入注释文字（支持 中、英文），如：“这是一个测试Sequence”。点击确定后，文字就出现在图示窗口中，同样 可以改变其位置、字体、颜色等。

5．修改完成后，点工具栏中的命令，同样可以到剪贴板或文件。

二、组件AlignX

运行AlignX后出现四个窗口，从上到下，从左到右分别为序列信息窗口，进化树窗口，同源比 较图示窗口和序列比较窗口。对于同源比较可以分为两类：一类是两个或几个序列（包括

DNA/RNA 和蛋白质序列）的比较，此时仅限于比较序列的相似性；另一类则是多个序列间的比

较并得出系统进化树。

（一）导入外源序列的方法：点击Project 菜单中Add Files 命令，选择需要比较的序列文件， 点击打开按钮，确认是DNA/RNA 还是Protein Sequence 后，点击Import 按钮就可以完成序列 的导入任务。

（二）我们以程序本身提供的演示Project 来讲述AlignX的使用：

1．选择Project 菜单Open 命令，找到Vector NTI 的Demo Projects 文件夹，打开DNA.apr文 件；

2．在文本窗口中，使用鼠标左键双击任一文件名，就可以得到该文件的所有基本信息； 3．建立一个新的比较策略并进行比较：

①在文本窗口中，按住Ctrl 键选中四个序列：AF××××

②点击Alignment 菜单中Alignment Setup 命令，出现Alignment Setup 对话框，在此对话框中 有30 个选项来确定最终比较结果展示方式，这里我们使用默认值即可。

③点击Alignment 菜单中的Align Selected Sequence 命令，片刻后程序完成比较并给出结果和 进化树；

④在View 菜单中，我们可以通过Edit Alignment 命令来编辑比较结果，使用Display Setup 命 令来改变结果的展示方式和颜色等。 4．结果的导出：

①进化树的导出：激活进化树窗口，点击工具栏中的Export Tree 按钮即可将进化树保存为.Ph 文件，并可被其他树编辑软件所识别。或者点击Edit 菜单中的Camera 命令，将图像保存到剪 贴板后在Word 等文档编辑软件中粘贴；

②序列比较结果的导出；点击Project 菜单中的Export MSF Format 命令，将结果保存为.msf 文件后，用GeneDoc打开进一步进行编辑和修饰。

三、Contig Express

该组件让您能够直接从测序仪或其它文件格式（如GenBank和Fasta等）中导入序列，并将这 些阿序列片段拼接成一个长片段。在拼接的过程中可以显示测序图谱，可以自动去除载体序列 及测序模糊序列。同时能在拼接的完成序列碱基的改动。

1．点击Project 菜单中的Open 命令，找到Demo Project 文件夹中的DNA.cep文件。当然我 们也可以导入自己的序列，方法是点Project 菜单中的Add Fragments 命令，在此可以导入各 种格式的文件。

2．建立拼接策略：点击Assemble 菜单中的Assembly Setup 命令，出现Assembly Setup 对话 框，在此我们使用程序的默认值，不作改动。

3．使用Ctrl 键将.abi文件全部选中，并点击Assemble 菜单中的Assemble Selected Fragment 命令，程序自从完成拼接并出现一个Contig1 的图标。

4．双击Contig1 图标，出现另一个窗口展示一个8 片段拼接结果。

5．激活序列窗口后，点击View 菜单中的Show All Chromatograms 命令，就可以显示每个序 列的测序图谱。

6．编辑图谱及序列：如果想改变图谱或序列上的某个碱基，就可以用框标点击该碱基，后输 入新的碱基即可。同时，在图形窗口双击任一片段就可以打开一个新的窗口，在此窗口中可以 对此序列进行直接的改变了。

7．拼接结果的导出：点击Edit 菜单中的Select All 命令选上拼接结果序列，在此点击Edit 菜 单，使用Copy 命令将拼接结果复制出来。

四、BioPlot

该组件可以完成对DNA、RNA 和氨基酸序列的各种理化特性的分析，实际上在DNAStar中有两个组件来分别完成对DNA/RNA 和氨基酸序列的分析，其分析效果并不比BioPlot差，所以在此不再详述。

Page 4 of 4

本文来源：https://www.bwwdw.com/article/1zkd.html