jionmap使用说明

在Excel中输入，横向是用到的株系，纵向是marker，主题内容填A或B，保存为.csv（逗号分隔）格式。然后打开写字板，在写字板中打开这个.csv格式文件，另存为.loc格式即可。

在我给你的例子中， name = demoF2 popt = F2 nloc =65 nind = 104

name表示名字（自己取），popt表示群体，如F2;nloc表示标记的数目，nind表示单株的数目。

下面是标记名称和单株的基因型，在F2中，对于共显性标记,采用ABH记录法。即:亲本1的纯合带型记为“A”，亲本2的纯合带型记为“B”，杂合带型记为“H”，缺失数据记为“-”。对于显性标记，若亲本1无带时，只有A和C，有带记为“C”，无带记为“A”。若亲本2无带时，只有B和D，有带记为“D”，无带记为“B”。

在EXCEL中按以上格式整理后，考入文本文档，例如取名jiansheng

安装好joinmap后，打开joinmap，点击file，再点击new project，然后取一个文件名，点击保存，这时进入一个新的joinmap界面，再点击file，点击load data，选择上面我们的文本文档jiansheng，点击打开，又进入一个新的界面，会出现 name = demoF2 popt = F2 nloc =65 nind = 104

finial number indivals=104

这时点击options，再点calution options，可以修改 LOD lower 值，假定改为5.选择后，点

击OK,又回到刚才的界面。

然后点击LOD grouping tree，然后点击calcuate，（或者计算器的那个图形）。然后，会出现树状的图形。

如果你上面选的LOD值为5.0，则你用右键点击用5.0/1（56）、5.0/2（5），5.0/3(2)这里5.0表示LOD,1表示连锁群，56表示标记数。这里共有3个连锁群。如果你以前选择LOD=3,这里会出现1个连锁群，所以你自己可以选择LOD值，这样连锁上的标记数也不同。

用右键把这3个连锁群都点击，先变粉后变红，点击完以后，点击Population，再点击creat groups for mapping，会出现group1到group3。

然后左键点击group1，然后点击计算器图形右面的那个染色体性状的东西。然后出现一个界面，最下面的那一行英语表示标记11应该去掉，（这里只有1个标记，也可能在你以后的计算中有好多，都应该去掉），因此在本子上记下标记11，左键点击group1，然后再在右面栏中点击loci，会出现所有标记，找到11这个标记，点击这个标记左面的方框，然后再点击计算器图形右面的那个染色体性状的东西。连锁图就会画出。Group2和group3的画法同上。（这里的group2和group3不用去标记，因此会直接出现map1等。如果需要去标记，它会生成mapping1）

最后用右键点击每个连锁群的map，会变红，然后再点击join，再点击combine maps，这样就生成了所有连锁群。点击map chart，会出现图形；点击map text，会出现连锁群的标记。然后点击file，点击clip to cupboard，考到word中。

（注意，第1个连锁群下面出现了3个map，一般选第2个，但我不知道为什么。）

选不同的LOD值会出现不同的结果，在这个例子中，选LOD=3,会出现1个连锁群，这自己决定。

我对这个软件也不太了解，只是知道常规的用法，你可以看说明书，不懂的再联系。

数据一定要整理好，不然运算不成。

Joinmap在上面的过程中关掉，重新打开还会继续。我注意到，如果你选连锁群时，它不变红，你可以把它关掉，重新打开，就可以点击变红了。

总结：

①打开joinmap击file后点new project，然后取一个文件名保存 ②打开Preare data取文件名保存

③loading data →option→calculation option,修改LOD lower→ok

④点击LOD grouping tree→点击calcuate→如果你上面选的LOD值为5.0，则你用右键点击用5.0/1（56）、5.0/2（5），5.0/3(2)

⑤用右键把这3个连锁群都点击，先变粉后变红→点击Population，再点击creat groups for mapping

⑥然后左键点击group1，然后点那个染色体性状的东西, 最下面的那一行英语表示标记11应该记住

⑦左键点击group1，然后再在右面栏中点击loci，会出现所有标记，找到11这个标记，点击这个标记左面的方框

⑧然后再点击那个染色体性状的东西，连锁图就会画出

⑨最后用右键点击每个连锁群的map，会变红，然后再点击join，再点击combine maps，这样就生成了所有连锁群

⑩然后点击file，点击clip to cupboard，考到word中。

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