药物基因组学相关数据库

更新时间:2024-01-11 04:26:01 阅读量: 教育文库 文档下载

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药物基因组学数据库 1、Drugbank

http://www.drugbank.ca/ 2、dgidb

http://dgidb.genome.wustl.edu/ 3、pharmGKB

https://www.pharmgkb.org/ 4、cancercommon

http://cancercommon.com/ 5、ChEMBL

https://www.ebi.ac.uk/chembldb/ 6、mycancergenome

http://www.mycancergenome.org/ 7、TTD

http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/ 8、guidetopharmcology

http://www.guidetopharmacology.org/ 9、clearityfoundation

http://www.clearityfoundation.org/ 10、CIViC

https://civic.genome.wustl.edu/#/home

11、DoCM

http://docm.genome.wustl.edu/

1 Drugbank

药物和药物靶标资源库。DrugBank是一个独特的生物信息学/化学信息学资源,它结合了详细的药物(例如化学制品)数据和综合的药物靶点(即:蛋白质)信息。该数据库包含了超过4100个药物条目,包括超过800个FDA认可的小分子和生物技术药物,以及超过3200个试验性药物。此外,超过1.4万条蛋白质或药物靶序列被链接到这些药物条目。每个DrugCard条目包含超过80个数据域,其中一半信息致力于药物/化学制品数据,另一半致力于药物靶点和蛋白质数据。许多数据域超链接到其他数据库(KEGG、PubChem、ChEBI、Swiss-Prot和GenBank)和各种结构查看小应用程序。该数据库是完全可搜索的,支持大量的文本、序列、化学结构和关系查询搜索。DrugBank的潜在应用包括模拟药物靶点发现、药物设计、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物相互作用预测和普通药学教育。DrugBank可以在http://www.drugbank.ca使用。广泛应用于计算机辅助的药物靶标的发现、药物设计、药物分子对接或筛

选、药物活性和作用预测等。

在查询中,每一种药物对应1个DrugCard,即我们所得到的检索结果。每一个DrugCard都包含的数据信息分为药物、靶标和酶三部分。

药物信息包括了该药物的CAS号、商品名、分子式、分子量、SMILES、2D和3D结构、logP、logS、pKa、熔点、吸收性、Caco-2细胞穿透性、药物类别和临床使用、性质描述、剂型与给药途径、半衰期、体内的生物转化、毒性、作用于哪些生物体、食物对服用的影响、与其它药物的相互作用、作用机理、代谢途径、药理学特征、与蛋白质的结合情况、溶解度、物质形态、同义词、关于合成的相关文献等,还与ChEBI、GenBank、PubChem等外部数据库有链接。

靶标的信息包括ID、名称、靶标基因的名称、蛋白质序列、残基数目、分子量、等电点、功能和活性、参与的代谢途径和反应、体内分布、靶标信号、跨膜区域、靶标基因序列及其在GenBank、HGNC等外部数据库中的ID和链接、参考文献,以及在GenBank和Swiss-Prot中的链接。

酶的信息包括名称、蛋白质序列、基因名称、在Swiss-Prot 等数据库中的链接。

在DrugBank的主界面上,在Browse菜单下可以浏览数据库的内容,其中PharmaBrowse为用户提供了分类浏览的功能。这为药剂师、医生以及寻找潜在药物的研究人员提供了方便。在Search下拉菜单下,就是Drug Bank的4类检索方式。ChemQuery允许用户通过绘制结构图或书写SMILES、分子式进行结构搜索。在检索过程中还可以对搜索药物类型、分子量范围、搜索结果相似度、结果数量最大值等进行设置。TextQuery则为文本检索功能。文本检索支持逻辑运算符连接及在特定领域内搜索。例如,在“dextromethorphan”中检索混合物,可以键入“mixtures:dextromethorphan”,即用分号在后面输入领域,同时可以加入逻辑运算符,例如,在“dextrome thorphan”和“doxylamine”2“

个领域进行检索,可以键入

mixtures:dextromethorphan AND mixtures:doxylamine

SeqSearch为用户提供了通过序列检索蛋白质的功能。Data Extractor是1个组合检索工具。用户可以对DrugCard所包含的信息进行选择性的组合检索

(1) Browse按钮:Drug Browse、Category Browse、Geno Browse、Reaction Browse、Pathway Browse、Class Browse、Target Browse;

(2) Search按钮:ChemQuery Structure Search、Interax Interaction Search、Sequence Search、Advanced Search、MS Search、MS/MS Search、GC/MS Search、1D NMR Search、2D NMR Search;

(3) 其他Tool按钮:HMDB、T3DB、SMPDB、FooDB、PPT-DB、CSF、Serum Metabolome、CCDB、YMDB、BMDB、ECMDB、MarkerDB、BacMap、Ref-DB。 Drug Browse: 小分子药物、生物技术药物、显示药物在DrugBank中的ID、药物名称、分子量、化学式、化学结构、药物类型、治疗症状。 Drugs:显示ID、药物名称、治疗疾病

Drugs and Targets:显示ID、药物名称、作用位点(靶标)、靶标类型

总结:可以查找药物名称、分子量、化学式、分子结构、药物所属类型、靶标、靶标类型、治疗疾病、代谢途径等,还可链接到相关网站。(较实用)

Drug Browse:药名、分子量、化学式、化学结构、药物分类、药效

Geno Browse:药物名称,相互作用的基因/酶,SNP位点、等位基因名称、碱基变化、副作用

Pathway Browse:可查看代谢通路

Classification Browse:药物分类

Target Browse:查靶标及靶标分类和详细细节(药物分类、药理学等)

2 ChEMBL

生物活性药物类小分子数据库。

总结:输入分子结构或已知靶标描述或靶标蛋白,每条记录都包括分子的分类、名称、ChEMBI ID、功能、毒性、亚细胞定位、结构、序列、参考文献等。(偏向于化学)

3 clearityfoundation

关于卵巢癌的公益网站。治疗卵巢癌复发、有关肿瘤分子信息、临床试验、卵巢癌诊断和治疗分析、新型靶向制剂的临床开发、治疗结果。(基本无用) 4 DoCM

位点突变数据库,

总结:查找染色体、基因、疾病、突变类型、氨基酸、起始位置、参考文献(稍微简单了点)

5 CIViC

Search:查找描述、疾病名称、疾病DOID、药物PubChem ID、药物名称、 证据水平、基因名、PubChem ID、突变位点等查找相关信息。

总结:evidence ID、基因、氨基酸变化、描述、病名、药物、evidence level(A:经过验证的;B:临床;C:临床前;D:个体研究;E:推理的)、evidence type (predictive、diagnostic、prognostic)、evidence direction(supports、dose not support)、clinical significance(sensitivice/resistance or non-response/better outcome/poor outcome/positive/negative)、variant origin(somatic/germline)、trust rating(1/2/3/4/5 stars),可链接到代谢途径及下载。(比较实用) Search:可按不同类型搜索

输入要搜索的单词,如“breast cancer”

点击一个基因/疾病

单击“View Full Detials from MyGene info”,查基因介绍、蛋白结构域、通路。

本文来源:https://www.bwwdw.com/article/18so.html

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